Гибель Людовика Ягеллона крайне осложнила положение в Восточной Европе и привела к длительной борьбе империи и других держав за венгерскую корону. 13 ноября того же года сейм в Фейерваре избрал венгерским королем трансильванского воеводу Яноша Запольяи. Но почти одновременно 1 Декабря группа венгерских магнатов в Братиславе провозгласила королем брата императора Карла V Фердинанда I Чешского (женатого на сестре погибшего короля Лайоша II). Началась длительная междоусобная борьба между сторонниками обоих королей. Она сразу же осложнилась соперничеством Карла V (поддерживавшего Фердинанда) и польской шляхты, сторонницы Яноша Запольяи, пользовавшегося покровительством турецкого султана. Сам же польский король Сигизмунд придерживался политики нейтралитета, скорее благожелательного по отношению к Фердинанду.
На вопрос „кто виноват?“ в Европе давали разные и противоречив ответы. По-видимому, Габсбурги распространяли версию о том, что отвественность за поражение при Мохаче должен нести один из крупнейших венгерских магнатов — Янош Запольяи. Вслед за имперскими дипломатами так, вероятно, также оценивали роль Яноша Запольяи и в России. Судя по соинениям Герберштейна, в Австрийском эрцгерцогстве вину за поражение при Мохаче возлагали не только на Яноша Запольяи. Таким же ответчиком считали Сигизмунда I Старого, польского короля и великого князя литовского, не пришедшего на помощь своему племяннику. Противоположное мнение высказал сам король на приеме австрийского посла Герберштейна 28 января 1527 года. Все несчастья и ссоры между христианскими государями, по его словам, происходят по вине тех из них, которые мечтают о захвате других государств, ведомые надеждами на чужие земли, они „выдают христианство“ на поток и разграбление неприятелю. Несомненно, Сигизмунд I намекал при этом на государя, направившего к нему Герберштейна, — австрийского эрцгерцога Фердинанда.
Итак, три точки зрения — виноваты Янош Запольяи, польский король и великий князь литовский и, наконец, Габсбурги. Три виновника поражения при Мохаче — это три главные действующие силы на территории Венгрии, не считая Порты, в период с 1526 по 1549 год. Их борьба за раздел Венгрии то разгоралась, то утихала, их „вклад“ в „решение“ венгерского вопроса то сокращался, то увеличивался в зависимости от внутренней политики Польши и Австрийского эрцгерцогства, а также от соотношения сил с силами Османского султаната.
Два венгерских короля 14 апреля 1527 года заключили перемирие, завершившее раздел страны между ними. Тем не менее, отныне началось многолетнее кровавое соперничество партии Запольяи и Габсбургов в Венгрии. Первую поддерживала Польша. Герберштейн, будучи в Польше в очередной раз в конце февраля — начале марта 1528 года, сообщил Сигизмунду I требование Фердинанда — не предоставлять его сопернику Яношу Запольяи убежища в Польше. Большего он не осмелился потребовать.
Османская опасность не исчезла, было ясно, что ее объектом отныне могут стать не только славянские и венгерские земли, но и земли эрцгерцовства. Военная активность Сулеймана возрастала. Летом 1528 года османск войска вторглись в Крайну. В этих условиях венгерский вопрос временно отступил на второй план.
И вот в феврале — марте 1529 года Герберштейн отправился в Великое княжество Литовское со сложным дипломатическим поручением — добится военной помощи от Сигизмунда I. Двухнедельное пребывание в Вильнюсе с 20 марта по 7 апреля 1529 года закончилось безрезультатно. Ни красноречивое описание османских захватов и угрозы, нависшей надо всеми государствами Юго-Восточной Европы и Центра, ни просьбы о помощи не возымели должного действия.
Наряду с дипломатическими поручениями Герберштейн преуспевал и во внутриполитической жизни страны. После смерти Максимилиана он в составе посольства отправился в 1519 году к будущему императору Карлу V. А при Фердинанде, австрийском эрцгерцоге, Герберштейн защищал не только государственные, но и представлял интересы родной Штирии. В начале 1521 года он стал членом Высшего Государственного совета Штирии, в 1527 году — членом Нижнеавстрийской камеры, в 1537 году — членом Высшего военного совета, в 1539 году — президентом Нижнеавстрийской камеры. В 1532 году Герберштейн был возведен в баронское звание.
Вершиной своей дипломатической деятельности Герберштейн считал встречу с Сулейманом Великолепным, когда ему удалось говорить не распростертым ниц перед султаном, как было принято при османском дворе, но стоя на одном колене. Недаром позднее с разрешения императора Герберштейн пополнил родовой герб изображением „московита“ и „турка“, имея в виду две важнейшие дипломатические миссии своей жизни.
Герберштейн выполнял многие поручения австрийской короны и к концу жизни (он умер 28 марта 1566 года) заслужил славу одного из опытных и деятельных дипломатов империи. Но не меньшую известность принесла ему книга „Записки о московитских делах“. Труд Герберштейна издавался неоднократно и, безусловно, содержал информацию о России, интересную не только для европейских читателей, но и для русских.