На следующем этапе выбыла и дортмундская «Боруссия», а «Байер» и «Вердер» турнирная судьба свела в полуфинале. Как раз в том 1988 году «Вердер» стал чемпионом Германии, но в Кубке УЕФА победил скромный новичок — 1:0 и 0:0. Теперь впереди был финал из двух матчей. В первом из них «Байер» потерпел от «Эспаньола» на чужом поле разгромное поражение — 0:3. Казалось, судьба Кубка уже решена, но в Леверкузене теперь уже «Байер» выиграл с таким же счетом, причем третий гол был забит за 9 минут до конца второго тайма. В дополнительное время счет не изменился, а в серии пенальти удачливее оказался «Байер» — 3:2. Так был завоеван его пока единственный международный трофей.
Весной 1993 года «Байер» еще раз удивил футбольную Германию, завоевав свой первый и тоже пока единственный Кубок Германии, победив в финале берлинскую «Герту» — 1:0. Но с середины 1990-х годов с «Байером» начали считаться всерьез — теперь он вел борьбу за победу в Бундеслиге.
В эти годы в клубе играли такие футболисты, как форвард Кирстен Ульф, полузащитник Штефан Байнлих, защитник Йенс Новотны. Немного позже, в 1998 году, из бразильского клуба «Фламенго» пришел полузащитник Зе Роберто, годом позже в «Байере» появились Михаэль Баллак и Оливер Нёвилль. В 2000 году из бразильского клуба «Интернасьонал» перешел полузащитник Лусио. Но еще до их прихода, в сезоне 1996–1997 годов, «Байер» впервые занял в Бундеслиге второе место, отстав от чемпиона «Баварии» всего на 2 очка. В сезоне 1998–1999 годов «Байер» вновь был вторым, правда, теперь отрыв от той же «Баварии» был огромным — 15 очков.
А вот весной 2000 года поклонники клуба уже предвкушали радость первой победы — «Байер» лидировал до последнего тура, но как раз в нем оступился, позволив догнать себя все той же «Баварии». В итоге оба клуба набрали по 73 очка, но чемпионом по лучшим показателям стала «Бавария».
В сезоне 2001–2002 годов «Байер» снова боролся за чемпионство, на этот раз с «Боруссией» из Дортмунда, а вдобавок вышел в финал Лиги чемпионов, а также в финал Кубка Германии. Но вести борьбу на три фронта у клуба просто не хватило сил, и в апреле — мае 2002 года он проиграл все.
За три тура до окончания сезона Бундеслиги «Байер» опережал «Боруссию» на 5 очков, но 20 апреля он проиграл на своем поле «Вердеру» — 1:2, а 27 апреля в гостях «Нюрнбергу» — 0:1, позволив «Боруссии» опередить себя на одно очко. Победа, одержанная 4 мая в последнем туре над «Гертой» — 2:1, уже ничего не изменила: «Боруссия» в этот же день обыграла «Вердер» и стала чемпионом.
11 мая 2002 года «Байер» проиграл финальный матч на Кубок Германии «Шальке-04» со счетом 2:4. Наконец, 15 мая клуб из Леверкузена проиграл и финал Лиги чемпионов мадридскому «Реалу». Уже на 8-й минуте Рауль открыл счет, на 13-й Лусио его сравнял, а в самом конце первого тайма Зинедин Зидан с подачи Роберта Карлоса с линии штрафной площадки забил знаменитый гол ударом с лета, попав точно в верхний угол ворот. Он и оказался победным.
Вскоре после этой футбольной катастрофы ведущие футболисты «Байера» Михаэль Баллак, Лусио и Зе Роберто ушли в «Баварию», и некоторое время клубу из Леверкузена даже пришлось бороться за то, чтобы остаться в Бундеслиге. Но в последнее время от него снова ждут многого. В сезоне 2009–2010 годов «Байер» закончил первый круг на первом месте, но в конце чемпионата все же опустился на четвертое. В 2010 году в клуб вернулся Михаэль Баллак, до этого четыре сезона отыгравший в «Челси». Сезон 2010–2011 годов клуб завершил на втором месте, правда, отстав от чемпиона — «Боруссии» из Дортмунда — на 7 очков. Но на 3 очка опередил «Баварию», ставшую третьей.
«Боруссия» (Дортмунд)
Одна из легенд, связанных с основанием этого клуба, рассказывает, что у его истоков стояли… дортмундские семинаристы. Помимо изучения церковных наук в семинарии активно занимались спортом. Но глава этого учебного заведения отчего-то невзлюбил футбол и запретил своим подопечным гонять на спортивных площадках мяч. В пику ему группа недовольных юнцов-семинаристов и основала футбольный клуб, причем учредительное собрание прошло не где-нибудь, а в одной из дортмундских пивных, что уж семинаристам совсем не к лицу. Как бы то ни было, официальной датой основания «Боруссии» считается 19 декабря 1909 года. И путь в этот клуб с самого начала был открыт для всех любителей футбола, а не только будущим служителям церкви.