Его смерть была на руку обвинению. Теперь они были вольны найти эксперта, который скажет все, что от него потребуют. Двадцать шестого марта прокурор Чаплинский направил следователя Машкевича к профессору Д. П. Косоротову. Косоротов, доктор медицины, представил заключение всего через два дня. Его вывод гласил: «Повреждения нанесены с намерением получить возможно больше крови для каких-либо целей». В первый раз патологоанатом открыто высказал такое суждение. А. И. Карпинский, киевский судебно-медицинский эксперт, проводивший первое вскрытие, не обнаружил никаких указаний на то, что убийцы пытались собрать кровь. Профессор Оболонский и прозектор Туфанов только допустили возможность подобного мотива. Доктор Косоротов оказал обвинению услугу, восполнив важный пробел в его доводах. Но даже если преступление совершали с намерением получить как можно больше крови, то для чего? Профессор Косоротов отдал дань научному этикету, воздержавшись от рассуждений на этот счет. Объяснять, что стояло за «какими-либо целями», предстояло другим экспертам.
Защита тоже лишилась свидетеля: в ночь на 28 марта 1913 года Ивана Латышева по прозвищу Ванька Рыжий поймали после взлома лавки братьев Горенштейнов на Константиновской улице, откуда он пытался унести шелка на шестьсот рублей. Латышев был известен полиции как профессиональный взломщик и член шайки Веры Чеберяк. По версии Красовского и Бразуля, он был одним из трех убийц Андрея. Когда Латышева отвели в участок, происходящее выглядело как обычный арест. Но когда следователь упомянул, что узнал его по фотографии из газетных статей о деле Ющинского, Латышев перепугался. Он кинулся к окну, открыл ставни и шагнул наружу, поставив ногу на водосточную трубу. Упал он вниз головой и через несколько часов умер в больнице. Латышев как-то заявил, что его не тревожат кошмарные сны или галлюцинации, связанные с Андреем. Но именно про Латышева говорили, что его рвало после убийства. Не исключено, что его преследовало чувство вины, в чем он, конечно, не сознавался.
Двадцать четвертого мая Бейлису выдали новый обвинительный акт на сорока двух страницах.
Обвинение выдвинуло два тезиса: что еврейские ритуальные убийства — не миф, а реальность и что убийство Андрея Ющинского — чудовищный пример этого дьявольского обычая. Оба утверждения приводились в обвинительном акте со ссылками на двух свидетелей: профессора Сикорского, который в мае 1911 года высказал суждение, что убийству Андрея якобы присущи все признаки «вендетты сынов Иакова», и ксендза Иустина Пранайтиса, который был родом из Литвы и жил в Ташкенте. Властям действительно не удалось отыскать ни одного подходящего «эксперта» среди православных священников и ни одного светского специалиста по истории религий, который бы взялся подтвердить иудейский обычай ритуальных убийств.
Это не удивительно, так как миф о ритуальных убийствах восходил в первую очередь к католической традиции; по выражению известного историка Джона Клиера, кровавый навет — «продукт „католического“ импорта», который русские повторяли скорее как «заученный жест». Многие простые русские люди верили в этот миф, а многие православные священники в проповедях и даже в церковных изданиях говорили о нем как о факте. Более того, слухи о ритуальных убийствах отчасти спровоцировали ряд погромов. Но в целом Русская православная церковь никогда не поощряла этот миф, ее духовенство мало способствовало его распространению, а порой и порицало его.
Наиболее ярыми приверженцами мифа о ритуальных убийствах в Российской империи были римокатолики и католики восточного обряда, или униаты. Самым известным и влиятельным из них был Ипполит Лютостанский, польский католический священник, лишенный сана за несоблюдение целибата (в конце концов он даже заразился сифилисом), после чего он перешел в православие, принял монашеский обет, а затем отказался от него и стал автором сочинения под названием «Об употреблении евреями талмудистами-сектаторами христианской крови для религиозных целей в связи с вопросом об отношениях еврейства к христианству вообще». Лютостанский разыгрывал в петербургском трактире комические сценки на еврейские темы, утверждал, что видные евреи якобы предлагали ему сто тысяч рублей, чтобы он прекратил свои разоблачения. Он был обвинен в клевете собственным издателем, подавшим на него в суд, публично отрекся от антисемитских взглядов и осудил погромы, но после объявил, что к отречению его принудили евреи, и продолжил антисемитскую деятельность.