Но и после этих успехов Дженнеру еще много пришлось перетерпеть нападок и преследований со стороны завистников и врагов. Всякая неудача подчеркивалась и ставилась ему в вину. В обществе распространяли даже слух, что сам Дженнер не верит в свой способ, ибо не решился привить собственным детям коровью оспу, а привил им, по-старому, натуральную оспу. Поневоле Дженнеру приходилось вступать в полемику, писать, разъяснять, оправдываться; все это он делал из нежелания погубить и скомпрометировать дорогое дело. Из тогдашних его объяснений действительно оказывается, что двум старшим своим сыновьям он привил натуральную оспу, но по той простой причине, что тогда еще он никому не начинал прививать коровьей оспы. Младший же его сын Роберт был одним из первых людей на свете, которому отец сам привил коровью оспу, но, по странной случайности, она не привилась. Дженнер жил тогда в Чельтенгаме на минеральных водах и, не желая встревожить собравшихся больных, не хотел повторять прививки, чтоб не вызвать толков и опасений, что ожидается эпидемия натуральной оспы. Несколько позже, боясь, что Роберт захворает оспой, которая появилась в окрестности, и не имея под рукой коровьей оспы, Дженнер действительно привил сыну натуральную. И, хотя Дженнер откровенно рассказал всю эту историю, но ему не поверили, и многие газеты продолжали травить его. Один случай причинил Дженнеру особенно много неприятностей. В 1801 году Дженнер лично привил коровью оспу одному мальчику из английской аристократической семьи. Спустя 10 лет мальчик этот заболел натуральной оспой, притом в очень тяжелой форме. Врачи начинали уже опасаться за жизнь больного, но, к счастью, он выздоровел.
Этот случай произвел большой переполох, и враги по одному этому случаю объявили, что весь способ Дженнера ни к чему не ведет и никуда не годится. Но они, очевидно, позабыли, что изредка и натуральная оспа поражает людей дважды в жизни и что, следовательно, как ни велика предохранительная сила привитой оспы, но все же она не безусловна. Однако с каждым годом благодетельное влияние повсеместного распространения оспопрививания становилось все явственнее.
В конце XVIII и первой четверти XIX веков оспопрививание пользовалось редким торжеством, губительные эпидемии повсеместно так резко ослабели, что возникла даже серьезная надежда на то, что, быть может, оспа уже принадлежит к группе окончательно вымирающих и исчезающих болезней.
Виновник этого славного результата по-прежнему не покидал своего тихого деревенского убежища (хутор Чентри в Беркли), и сюда к нему отовсюду доносились благословения за его великое изобретение. Знаменитый Кювье сказал, что, если бы оспопрививание было единственным изобретением нашей эпохи, то одного его было бы совершенно достаточно, чтобы навсегда прославить эту эпоху.
Начиная с 1815 года, Дженнер жил почти в полном одиночестве, к этому времени умер его старший сын, а за пять лет перед этим скончалась жена; младшие дети находились еще в учебных заведениях. Беседы с друзьями, занятие должности сельского судьи и научные работы наполняли теперь всецело его существование. При нем неотлучно проживал его племянник Стивен. Дженнер прекрасно устроил свой деревенский хутор, развел сад, всюду было много цветов и редких растений. Кабинет Дженнера похож был на музей редкостей; тут были и громадные коллекции минералов, и чучела всевозможных животных, кости и черепа. Особое помещение служило библиотекой, и здесь Дженнер проводил свои утренние часы, разбирая книги, записки и фолианты. Выезды Дженнера из деревни всегда сопровождались овациями. В одну из своих поездок в Лондон он был представлен королю и королеве, которые с глубоким вниманием приняли знаменитого изобретателя. Ученые общества, академии и университеты наперебой награждали его дипломами и избирали его в свои почетные члены.
Многие из государей Европы переписывались с Дженнером и усердно старались ему заявить свое уважение. Под старость лет все эти знаки внимания немало тешили и радовали скромного ученого.
Вплоть до самого преклонного возраста Дженнер обладал хорошим здоровьем. На семьдесят первом году с ним сделался первый удар; гуляя в саду, он упал и некоторое время оставался без сознания. Однако параличные явления скоро исчезли, Дженнер на этот раз выздоровел, и жизнь его вошла в старую колею.