Для переговоров с восставшими вышли бояре, но их попросту прогнали, не желая иметь с ними дело. Порядком испуганный Алексей Михайлович был вынужден сам появиться перед народом и выслушать его требования. Держа в руках икону, царь стал уговаривать восставших, «чтобы им от шуму перестать». Однако «шум» все более нарастал. По городу пошли погромы дворов Морозова, Плещеева, Траханиотова, родственника царя Н.И. Романова, а также богатых купцов. Характерной чертой этих действий был ясно выраженный их социальный смысл. Так, разгром двора ненавистного Морозова сопровождался не расхищением награбленных им у народа богатств, а их уничтожением. Восставшие ничего не разрешали уносить с собой. При этом раздавались возгласы: «То наша кровь», а имущество уничтожалось. Драгоценные камни дробили до состояния порошка, затаптывая в землю; ломали золотые и серебряные вещи, рубили дорогие предметы. Очевидцы уверяли, что во дворе Морозова повстанцы даже гвоздя в стенах не оставили. Обрушившись на двор Н. Чистого, они отыскали перетрусившего хозяина, пытавшегося укрыться под грудой банных веников, и расправились с ним.
Случилось так, что социальная буря тогда соединилась со стихийным бедствием, столь обычным в городах того времени. 3 июня в Москве вспыхнул большой пожар. В народе говорили, что виновниками его были слуги Морозова, по наущению своего господина совершавшие поджоги, чтобы отвлечь внимание восставших. Пожар уничтожил тысячи домов, повлек большие человеческие жертвы. Сгорели хлебные запасы на казенном Житном дворе.
На Красной площади вновь забушевало людское море. Народ осаждал кремлевские палаты, требуя немедленного наказания Морозова, Плещеева и Траханиотова. Положение правительства оказалось критическим. Оно потеряло контроль над городом, будучи бессильно что-либо предпринять против восставших. Царь пошел на уступки. Плещеев был выдан и тут же казнен восставшими на Красной площади. Но другие вельможи выданы не были. Это не удовлетворило повстанцев.
4 июня восставшие опять подступили к царской резиденции с требованием выдачи Морозова и Траханиотова на расправу. Правительство пыталось спасти Траханиотова, отправив его на воеводство в Устюжну Железопольскую. Но под давлением народа царь вернул его с дороги и распорядился передать в руки восставших. Траханиотова казнили на Лобном месте. Хотел скрыться и Морозов, но его опознали ямщики, и он едва избег участи Плещеева и Траханиотова. Убежищем ненавистного народу временщика стали царские покои.
На следующий день восстание продолжалось и достигло высшей точки. Повстанцы упорно добивались передачи в их руки Б. И. Морозова. Царь вновь появился перед возмутившимся народом и со слезами на глазах стал упрашивать, чтобы Морозову сохранили жизнь. Он обещал, что отстранит боярина от управления государственными делами и вышлет из Москвы. Восставшие поверили царю, и жизнь Морозова, висевшая на волоске, оказалась спасенной.
Перед лицом грозной народной стихии правящие верхи принимают лихорадочные меры. Чтобы удержать на своей стороне находившихся в Москве провинциальных дворян, правительство пообещало им новые земельные пожалования и прибавку денежных окладов. Царица посылала подарки, всячески задабривала «чернь». Боярин И. Д. Милославский устраивал встречи со «знатнейшими гражданами» Москвы, заигрывал с верхушкой московского посада. Патриарх и духовенство также стремились всячески воздействовать на «православных», призывая к «умиротворению».
Задержка высылки Морозова грозила новой вспышкой волнений. Поэтому царь, скрепя сердце, под охраной отправил своего любимца в Кирилло-Белозерский монастырь. Власти монастыря получили личное послание Алексея Михайловича, в котором он просил позаботиться о безопасности боярина за монастырскими стенами, суля не забыть эти услуги. Согласно современному событиям свидетельству, как только несколько улеглось возмущение народа в начале июня 1648 г., царь распорядился тайно снабдить боярские дворы мушкетами на случай возобновления восстания.
Одновременно власти начали аресты и высылку отдельных участников восстания под всякими благовидными предлогами (якобы за недозволенное держание табака, игру в карты и кости и т. д.). Открыто принимать репрессивные меры опасались, так как обстановка оставалась напряженной.
10 июня 1648 г. состоялось совещание провинциальных служилых людей с торговой верхушкой (гостями, членами гостиной и суконной сотен). Участники совещания потребовали у царя созыва Земского собора, на что тотчас получили согласие. Но прежде чем осветить дальнейшее развитие событий, важно остановиться на вопросе о движущих силах восстания 1648 г. в Москве, на характере выдвинутых его участниками требований.
Изучение разнообразных документальных свидетельств, отражающих ход восстания, позволяет поддержать бытующее в специальной литературе мнение, что главной силой движения был простой люд города Москвы. На этот счет довольно единодушно высказываются отечественные и иностранные источники, современные событиям.