Франсиско Хименес де Сиснерос принял некоторые меры к ослаблению деятельности трибуналов, даже сменил многих агентов, злоупотреблявших властью, но упорство, с каким он соглашался на преобразования, требуемые народом, продлило существование зла, и во время его диктатуры число жертв увеличилось. Инквизиция встречала также нападки в Арагоне во все время, пока эта территория оставалась отдельной от Кастилии.
Король Фердинанд принужден был созвать кортесы, чтобы выслушать их жалобы на инквизицию. Депутаты громко сетовали на злоупотребления инквизиторов не только в делах веры, но и во многих пунктах, не относящихся к вере. Кортесы доложили королю, что инквизиторы вмешивались даже в сборы податей и создавали себе льготы, что отрицательно сказывалось на бюджете. Наконец, кортесы жаловались на дерзость и гордость инквизиторов, на то, что они притесняют светских чиновников. Кортесы говорили также, что только гласность процессов, требуемая законами и обычаями королевства, может предупредить многие несчастья и расстройство весьма многих знатных семейств.
В 1512 году арагонские кортесы собрались вторично, и король не мог не уважить их мнение в плане ограничения судопроизводства инквизиторов, в плане уменьшения льгот, которыми они злоупотребляли. Однако не было принято никаких мер касательно гласности инквизиционных процессов, и почти ничто не было изменено в системе конфискаций. Это повергло все королевство в уныние, и повсюду начало так или иначе проявляться народное недовольство.
В то время как арагонские кортесы ссорились с инквизицией и королем, «новые христиане» предоставили Фердинанду 600 тысяч дукатов золотом на военные издержки при условии введения некоторых для себя послаблений. Франсиско Хименес де Сиснерос, узнав об этом, тоже вручил королю не меньшую сумму, но на условии не проводить никаких реформ.
При этом он написал королю: