25 мая Думенко был тяжело ранен в бою у хутора Плетнева. Ему удалили три ребра и одно легкое. Пока он лежал на больничной койке, его дивизию отдали Буденному и на ее основе сформировали 1-й кавкорпус.
В сентябре Думенко, выздоровев, стал формировать 2-й сводный кавалерийский корпус. Но в ночь со 2 на 3 февраля 1920 года вблизи хутора Манычско-Балабинский, где находился полевой штаб корпуса, был убит новый комиссар корпуса В.Н. Микеладзе.
Комиссия реввоенсовета Кавказского фронта пришла к выводу, что убийцы сидят в штабе Думенко. Член РВС фронта Ивар Тенисович Смилга и прежде считал, что Думенко недостаточно надежен, не выполняет приказы.
«Я думал снять его с корпуса и отправить в тыл, — вспоминал Ивар Смилга в 1923 году. — После же бессмысленного убийства комиссара корпуса надо было кончить с Думенко раз и навсегда».
18 февраля он приказал командованию 9-й армии:
«Арестовать комкора Думенко и весь его штаб как виновников убийства и предать их суду реввоентрибунала, как только к этому представится возможность по соображениям оперативного характера.
В случае неповиновения и отказа сдаться добровольно, применить вооруженную силу и смести виновников с лица земли. Действовать решительно и иметь в виду, что быстрая ликвидация главного очага бандитизма в 9-й армии имеет огромное значение для всего фронта».
Штаб корпуса без единого выстрела арестовал командир 1-й бригады Дмитрий Петрович Жлоба.
Бориса Моисеевича обвинили в бандитизме и подготовке мятежа. Причем организаторы этой провокации, судя по телеграммам Серго Орджоникидзе, члена реввоенсовета фронта, Сталину, даже не пытались скрыть своего желания убрать Думенко во что бы то ни стало.
Во время следствия стало известно, что комиссар Микеладзе вполне поладил с Думенко.
Убил комиссара ночью неизвестный — всадил ему пулю из браунинга, а затем зарубил шашкой. Проезжавшие мимо двое красноармейцев из 1-го Кубанского полка имели возможность поймать убийцу, которого они видели, но предпочли поживиться. Как сказано в заключении чрезвычайной следственной комиссии, «они немедленно приступили к обычному для красноармейцев конного корпуса мародерству и сняли с убитого сапоги и револьвер».
Два дня, 5 и 6 мая 1920 года, дело рассматривал ревтрибунал в составе: Карл Данишевский (председатель), Константин Мехоношин и Семен Аралов. Все трое были членами Реввоенсовета. Показания против Думенко Буденный, Ворошилов и Щаденко написали заранее и передали в ревтрибунал. Они утверждали, что Думенко намеревался увести корпус к белым и только ждал подходящего момента. Буденный утверждал, что Думенко призывал его выступить против советской власти.
Защита просила вызвать всех троих на заседание, чтобы они подтвердили свои показания. Обвинитель сказал, что в этом нет необходимости:
— Мне не нужны никакие свидетели, ибо политкомы, Буденный дали показания, собственноручно написанные, и если Ворошилов написал что-то, то отвечает за свои слова.
Бойцы хотели освободить Думенко из тюрьмы. По приказу Буденного примчался Щаденко с эскадроном и велел всех бунтовщиков арестовать. 11 мая 1920 года Думенко и его помощники были расстреляны. Многие казаки именно Буденного считали виновным в гибели Бориса Думенко.
«Поскольку имена политически опороченных людей изгонялись со страниц героической истории, то подвиги, совершенные бойцами Красной армии под их командованием и оставшиеся как бы «бесхозными», пригодились Семену Михайловичу», — пишет Василий Поликарпов (
Десятилетиями считалось, что не Думенко, а Буденный организовал первые отряды красной кавалерии, из которых сформировали две конные армии.
В книге Буденного «Пройденный путь» описывается, как Первая конная в ноябре 1920 года ворвалась в Крым. Семен Михайлович с удовольствием описывал, как они с Климентом Ефремовичем ехали по освобожденному их конниками Симферополю.
Но найденные в архивах документы свидетельствуют о том, что первой в Крым ворвалась Вторая конная армия во главе с Мироновым и она же освободила Симферополь. Первая конная Буденного отстала от войск Миронова на сутки и появилась в районе Симферополя, когда части Деникина уже эвакуировались с полуострова...
Военная коллегия Верховного суда отменила 27 августа 1964 года приговор в отношении Думенко и его соратников «за отсутствием в их действиях состава преступления».
Взбешенный Буденный позвонил в главную военную прокуратуру:
— А не собираетесь ли вы и Врангеля реабилитировать?
— Нет, не собираемся, — спокойно ответил заместитель главного военного прокурора Борис Викторов.
— Ну, смотрите, — с угрозой в голосе произнес маршал.
В феврале 1970 года в журнале «Вопросы истории» появилась статья Буденного, в которой вновь повторяются все обвинения против Миронова и Думенко. Маршал спасал свою славу.