Младший царевич с матушкой проживали по-прежнему в Кремле. Царь Федор заботился о Петре, своем крестнике, и под присмотром старшего брата ему назначили в учителя Н.М. Зотова – подьячего из Приказа Большой казны. Царевич выучил с ним чтение и письмо. Часослов и Псалтырь, Евангелие и Апостол. Читали они вместе книжки с кунштами (картинками, рисунками), в том числе летописи и хронографы.
После кончины царя Федора (27 апреля 1682 г.) и провозглашения 10-летнего Петра царем последовали грозные события – восстание в Москве (середина мая), провозглашение первым царем Ивана Алексеевича, Петр стал вторым царем, Софья – регентшей при них. Ее фактическое правление государством продолжалось семь лет. Эти годы – время почетной ссылки царицы Натальи и ее сына Петра в селе Преображенском. Правда, второй царь иногда присутствовал в кремле на приемах иностранных послов и других торжественных церемониях.
Подраставший мальчик-царь был занят другим – своими «потешными робятками» (сокольники, кречетники и прочие, оставшиеся от отца, любившего охоту), изучением всякого рода математических наук, разного оружия, маневрами и фортификацией, строительством кораблей и штурмом крепостей в окрестностях Преображенского и Семеновского.
События «заговора Шакловитого» (начало августа 1689 г.) закончились полной победой Петра над «зазорным лицом» – Софьей, ее заточением в Новодевичий монастырь. Власть снова оказалась в руках Нарышкиной «партии». Правда, наряду с Петром царем оставался и Иван Алексеевич (до своей кончины в 1696 г.). По слабости здоровья, по слабоумию он в дела не вмешивался. Петра же управление государством не
очень-то интересовало. Как и раньше, он продолжал «Марсовы потехи», теперь – с гораздо большим размахом (десятки тысяч солдат и стрельцов). Привлекал на службу иностранных специалистов, собрал вокруг себя сотни, тысячи людей, в том числе – будущих генералов, адмиралов и проч.