Волнения достигли апогея 15 июня в воскресенье. Многотысячная толпа с оружием и дрекольем собралась у Лобного места против кремлевских ворот и потребовала царя для объяснений. Шуйский шел к обедне, когда ему сообщили об опасности. Со всех сторон ко дворцу бежали люди, непонятным образом просочившиеся в Кремль. Окруженный со всех сторон, царь Василий не мог сдержать слез, бросил царский посох и объявил боярам, что отказывается от власти, если он им неугоден. «Если так, – воскликнул он, – выбирайте, кого хотите!» Теснившиеся подле придворные выразили царю свою преданность и просили наказать виновных. Шуйский не дал себя долго упрашивать и с видимой поспешностью принял жезл, который подали ему услужливые руки.
Начальник дворцовой стражи Маржерет, находившийся весь день подле государя, пережил много неприятных минут. Если бы Шуйский вышел на площадь, писал позже Маржерет, ему не миновать бы участи Лжедмитрия. Бояре несколько раз выходили к толпе и Христом Богом заклинали посадских разойтись. Время шло, и толпа стала редеть. К ночи на Красной площади никого не осталось. Стража приметила тех, кто шумел больше всех. Их вскоре же схватили, заманив в западню. Несколько дней спустя вожаков мятежного посада били кнутом и сослали в ссылку.
Царь Василий использовал случай, чтобы отделаться от оппозиции в Боярской думе.
Под предлогом борьбы с крамолой он удалил из Москвы многих лиц, выступавших против его избрания. Нареченный патриарх Филарет Романов был согнан с патриаршего двора. Многие недавние любимцы Лжедмитрия лишились титулов и отбыли в изгнание – в пограничные крепости и башкирские степи.
Низшее духовенство, близкое по своему положению к посадским людям, оказалось вовлеченным в массовые движения. «Взбесились тогда многие священники и иноки, – повествует один церковный автор, – и чин священства с себя свергли и много крови христианской пролили». Покончить с разбродом в собственных рядах мог лишь пастырь, обладавший твердым характером и решительностью. По этой причине царь и бояре, отделавшись от Филарета, поставили в патриархи казанского митрополита Гермогена. Нового святителя многие считали даже излишне крутым в «словесах» и деяниях. Гермоген, не щадя живота, боролся с крамолой «священного чина». Он наказывал «бешеных» проклятиями и запрещениями, но проклятия не слишком помогали. В стране неумолимо поднималась волна новых восстаний.
Члены Боярской думы не желали расставаться с землями, полученными от самозванца. Они постановили признать законными все его пожалования. Решение не распространялось на опальных и на мелкую сошку. «Приятель» самозванца Михаил Молчанов был обвинен в «воровстве» и чернокнижии. Его подняли на дыбу и отделали кнутом так, что он едва дышал. Но у Молчанова были во дворце свои люди. Они выкрали несколько лучших скакунов с царской конюшни и помогли ему бежать. В пути к нему присоединился князь Григорий Шаховской, сосланный на воеводство в Путивль. Сначала Молчанов трусил, ожидая погони. Но затем осмелел и, покидая постоялый двор, дал понять хозяевам, что он сопровождает некую высокую особу. Добравшись до границы, Молчанов во всеуслышание заявил, будто помог спастись царю Дмитрию. Не желая вторично отведать дыбы, беглец ушел в Литву. Григорий Шаховской, оставшись в Путивле, скоро убедился в том, что население Северского края возбуждено до крайних пределов и готово восстать против боярского царя. Шаховскому не терпелось посчитаться с Василием Шуйским, и он объявил путивлянам, что истинный Дмитрий жив, а Шуйский готовит расправу с ними за их преданность законному царю. В Путивле все было готово для нового восстания. Тщетно Василий Шуйский обещал путивлянам «держать их в своем царском жалованье свыше прежнего». Тщетно приглашал их прислать в Москву трех-четырех лучших людей с челобитьем о их нуждах. Путивльские казаки и служилые люди вторую весну не пахали государеву десятинную пашню, а горожане и мужики из дворцовой Комарицкой волости пользовались податными льготами, полученными от Лжедмитрия. От нового царя никто не ждал добра.
Тучи гражданской войны, нависшие над страной, еще более сгустились. Дворянство успело оценить выгоды крепостного режима, расширившего их власть над крестьянством до невиданных ранее пределов. Но крестьяне не желали мириться с возмутительными новшествами. Справедливость, традиция и обычай были на их стороне. Право крестьянского перехода существовало веками. Отменив Юрьев день, дворяне преступили закон и справедливость. Мольбы и просьбы были бесполезны. Социальный взрыв давно назрел. И хотя Лжедмитрий I много обещал, но мало сделал, монархические иллюзии не покидали деревню. Если истинный царь, считали крестьяне, не дал им обещанной воли, то это значит, что ему помешали лихие бояре. Убиение царя от бояр служило лучшим тому доказательством. Царь стал жертвой той самой злой силы, от которой страдал и народ. Природные господа на поверку оказались государевыми изменниками.