Что касается взаимоотношений между Церковью и государством, то здесь дело осложнялось тем, что Лютер ввел два новых и неравнозначных понятия. Он назвал их царством Христа и царством мира. Ни одно из них реально на земле не существует. Они являют собой противопоставленные друг другу принципы, подобно граду Божьему и граду земному св. Августина. Царство Христа - это поступки людей, побуждаемых Духом Христа, и в этом случае они не нуждаются ни в законах, ни в мече. Подобного общества, однако, никто еще не наблюдал, даже в самой Церкви, в которой наряду с пшеницей есть и плевелы. Царство же мира - это поведение людей, не ограниченных законом и государством. Но фактически такие ограничения присутствуют. Церковь и государство в таком случае нельзя отождествлять с царством Христа и царством мира. И Церковь, и государство раздираются борьбой между демоническим и Божественным.
Граница между сферами церковной и государственной соответствует, грубо говоря, дуализму, характеризующему природу Бога и человека. В Боге сочетаются гнев и милосердие. Государство является орудием Его гнева, а Церковь - Его милосердия. В человеке присутствуют обе сферы - внешняя и внутренняя. Преступление относится к сфере внешней и является компетенцией государства. Грех относится к сфере внутренней и является компетенцией Церкви. Все, что принадлежит человеку, есть внешнее и относится к сфере государственной. Вера же есть состояние внутреннее и относится к сфере церковной, поскольку "вера есть свободный труд, к которому никто принужден быть не может. Ересь суть вопрос духовный, и предотвратить ее принуждением нельзя. Сила может быть применена либо для укрепления равным образом веры и ереси, либо для сокрушения искренности и превращения еретика в лицемера, исповедующего устами то, во что он не верует своим сердцем. Лучше позволить человеку заблуждаться, нежели подтолкнуть его ко лжи".
Наиболее важное в политическом мышлении Лютера разграничение пролегало между низшими и высшими способностями человека, что соответствовало отношениям между природой и разумом, с одной стороны, и между благодатью и откровением - с другой. Человек природный, если он не побуждаем эгоистическими мотивами, обладает достаточными честностью и умом для того, чтобы управлять государством в соответствии с принципами правосудия, справедливости и даже великодушия. Это гражданские добродетели. Церковь же утверждает кротость, смирение, долготерпение и любовь - христианские добродетели, достигнуть которых, пусть даже и в относительной степени, способны лишь те, кто наделен благодатью, и, соответственно, от масс этих добродетелей ожидать нельзя. Вот почему обществом невозможно править согласно Евангелию. И вот почему вопрос об установлении теократии неактуален. Далее вновь возникают различные уровни. Бог государства - это Бог-Вседержитель, возвышающий низких и смиряющий гордых. Бог Церкви - Бог Гефсимании, Который страдал от рук людей, не пытаясь отомстить, не обвиняя и не позволив поднять меч в Свою защиту.
Все эти разграничения указывают и на разделение Церкви и государства. Но, с другой стороны, Лютер не делил Бога и не делил человека. И, не помышляя о христианизированном обществе, он в то же время не был приверженцем секуляризованной культуры. Лучше Церкви пойти на риск утраты своего единства, чем оставить государству лишь холодный свет разума, не смягчаемый любовью. Конечно, если управитель не христианин, то результатом скорее всего будет разделение. Но если он верный член Церкви, то Церковь не должна отказываться от его помощи, открывая доступ к благам религии всем людям. Управитель должен быть отцом-попечителем для Церкви. Такой параллелизм напоминает сон Данте, который никогда фактически не стал явью, поскольку там, где государство и Церковь выступали как союзники, кто-то из них обязательно занимал главенствующую роль, в результате чего устанавливалась либо теократия, либо цезарепапизм. Лютер возражал против отделения Церкви и государства, выступал против теократии и поэтому оставил открытой дверь для цезарепапизма, сколь бы ни были далеки от этого его намерения.