7 октября 1942 года ГКО принял постановление «Об увеличении выпуска истребителей», где говорилось и о производстве Як-9. В частности, директору Омского авиационного завода № 166 Соколову предписывалось прекратить постройку бомбардировщиков Ту-2 и перейти на изготовление Як-9, при этом завод должен был сдать заказчику в декабре 10 самолетов, в январе 1943 года – 25, а в феврале и марте – 50 и 75 машин соответственно. Начиная с апреля каждый день сборочный цех предприятия должно было покидать не менее шести «яков».
Согласно этому документу, завод № 391 (директор Журавлев) прекращал выпуск штурмовиков Ил-2 и переходил на производство Як-9. До апреля ему запланировали изготовление истребителей в количестве, предписанном Омскому авиазаводу, а затем темп их выпуска планировался по пять машин в день.
Всего в Омске с января 1943 года построили 294 самолета (шесть серий) Як-9 с мотором М-105ПФ.
В 1944 году к выпуску Як-9 подключился третий завод – № 82 в Москве. До конца 1945 года это предприятие сдало заказчику 817 боевых машин.
На завершающем этапе Великой Отечественной войны появилось предложение освоить производство Як-9 на заводах Дальнего Востока. 22 марта 1945 года секретарь Хабаровского крайкома ВКП (б) Р. Назаров, командующий войсками Дальневосточного фронта генерал армии М. Пуркаев и уполномоченный Госплана СССР В. Костенников направили И. В. Сталину докладную записку «О комплексном развитии авиационной промышленности Дальнего Востока» следующего содержания:
«Слабость внешних и внутренних транспортных связей Дальнего Востока, удаленность его от основных промышленных районов страны создают исключительно сложные и трудные условия вероятного театра военных действий. Единственная железнодорожная магистраль, связывающая Дальний Восток с промышленными центрами Союза и проходящая вдоль государственной границы, может затруднить в период военных действий своевременную доставку материальных ресурсов фронту вообще, самолетов и авиамоторов в особенности.
Учитывая нужды фронта и народного хозяйства края, необходимо теперь обеспечить комплексное развитие авиационной промышленности на базе трех действующих и одного недействующего авиационных заводов Дальнего Востока…
Мощности авиационных заводов недостаточно загружены и позволяют, при рациональном их использовании, организовать производство новых самолетов, нужных ВВС Дальневосточного фронта. Поэтому необходимо завод № 126 в г. Комсомольске-на-Амуре перевести на производство самолетов типа Ил-2 вместо производимых им Ил-4; завод № 83 в г. Хабаровске перевести на производство самолетов типа Як-9 вместо производимых им агрегатов к Ил-4 для завода № 126 и россыпи к самолетам ВВС Дальневосточного фронта; завод № 116 в Семеновке Приморского края перевести на производство самолетов типа Як-9 вместо производимых им самолетов Ту-2. Самолеты Ту-2 Дальневосточному фронту не нужны, [они] вывозятся на запад и загружают тем самым железнодорожный транспорт…»
Однако реакции руководства страны (по сведениям автора) на это послание так и не последовало.
В 1943 году на серийных истребителях Як-9 выявился серьезный дефект. На нескольких машинах в полете оторвалась деревянная обшивка крыла. Для устранения этого дефекта в воинские части командировали бригады рабочих завода № 166, и к началу Курской битвы все машины находились в строю.