Тем временем первый консул Бонапарт вторгся в Италию: австрийские войска терпят сокрушительное поражение от французов при Маренго 14 июня 1800 г., последние вновь овладевают Генуей. Итальянцы зовут Ушакова со всеми войсками и кораблями к Неаполю. Павел, обиженный на вероломных союзников, тем временем круто меняет политический курс, но адмирал еще о том в неведении: очень часто отплытие Ушакова с Корфу в Черное море связывают с получением царского указа от 22 мая о полной свертке всех действий и эвакуации всех кораблей и воинских частей – да только получил-то адмирал сей указ уже, видимо, в Дарданеллах под 30 августа, и сам адмирал пишет Томаре в письмо от того дня, что отплыл он из Корфу «…предупредительно и по известным вашему превосходительству обстоятельствам, вновь тогда последовавшим», то есть РАНЕЕ этого указа), а пока Ушаков продолжает готовить вверенные ему подразделения к отправке на Мальту (5 батальонов войска, несколько линкоров и фрегатов) и домой; 26 июня он отдает приказ начальнику крепостей на острове Кефалония поручику Поджио о подготовке личного состава и имущества гарнизона к отправке на Черное море. К 28 июня адмирал узнает, что «… государем императором все постановления об островах конфирмованы; и новый план внутреннего правления в островах опробован». В рапорте царю от 2 июля отметим лишь, в подтверждение нашего тезиса об отсутствии идеи оккупации Корфу и создания там военно-морской базы Ушаковым, временность пребывания на Корфу артиллерийских сил, и то на время военных действий, притом по просьбе самих жителей островов «для охранения»: «Артиллерийския и инженерная команда под начальством артиллерии подполковника Гастфера, который по высочайшему вашего императорского величества повелению за [от] бытием из Корфу генерал-лейтенанта Бороздина находится в крепостях Корфу комендантом, остается при оных впредь до высочайшего ж повеления сообразно высочайше опробованной конвенции, с которой от полномочного в Константинополе министра Томары прислана ко мне копия, также в рассуждении просьбы Республики Семи островов в предосторожность предвидимых ныне опасностей для охранения». О том же Ушаков пишет в инструкции Гастферу от 3-го числа: «С командою оставайтеся вы при крепостях Корфу при должности, высочайше вам вверенной, тем паче, что и команда, с вами находящаяся, наименована корфским артиллерийским гарнизоном, то сообразно повелению и исправлять должность по уставу. Но поелику город ныне имеет временное правление, то и сообразоваться постановлениям, быть имеющим, кои посредством господина полномочного министра и кавалера Томары, в Константинополе находящегося, сведомы вам будут, и потребные объяснения по сему предмету требовать вам от господина полномочного министра Томары, понеже он имеет доверие по части всех островов республики по должности комендантской, о командах, о снабдениях к продовольствию, о сумме на исправление крепостей и артиллерии и обо всем, об чем должно, находясь уже вы старшим, обязаны лично доносить государю императору. Следовательно, и разрешение обо всем получить имеете. В рассуждении предвидимой в нынешнее время необходимой надобности, по убедительной просьбе Сената Соединенных островов и по опробованной же его императорским величеством конвенции о сих островах, полагается оной конвенциею быть при Корфу российским и турецким войскам равным количеством для охранения крепостей от неприятеля. Сие полагается только на военное время, а после оные войска сняты быть имеют. По таковым обстоятельствам вы и остаетесь здесь, как выше означено… Обо флаге российском, до коих пор должен он быть на крепостях, получите уведомление от полномочного российского министра, в Константинополе находящегося… Малое количество команды, с вами находящейся, обязывает вас иметь главным предметом к благоустройству города. И с крайней рассмотрительностью и в самонужнейших только случаях делать вспомоществование правительству по его требованиям о командировках и то, когда разве последствия угрожать будут мятежом в городе. Впрочем, ни в какие разбирательства гражданских дел входить не должно, ибо оное следует правительству островов… Для предполагаемой вами обороны должны сообразоваться с обстоятельствами и меры предпринимать с общего совета турок и Сената с начальниками земских войск. Власть ваша должна простираться по силе устава военной части, всякая же предприимчивость и потребности должны быть с общего согласия с турками и правительством, а по части гражданской все надлежит здешнему правительству».