Вообще, почти полуторатысячная команда сократилась в несколько раз. После сложных и опасных походов новая служба казалась сонным существованием. Целый год некогда грозный тяжелый крейсер простоял у стенки, и это в разгар войны! Только 1 марта 1944 года «Адмирал Хиппер» вновь формально вошел в состав флота, хотя и в несколько унизительном статусе учебного корабля. Именно так Дёниц и командование флота пытались спасти большие корабли от окончательной сдачи на слом. Последовало некоторое оживление деятельности. Работы в Готенхафене продолжались до конца июня, однако и к назначенному сроку не удалось привести некогда отличную боевую машину в пригодное даже для действий против берега состояние. Сгоревшее и затопленное в «новогоднем бою» котельное отделение №3 так и не отремонтировали. Не хватало людей и запчастей, а активность советской и союзной авиации все возрастала, мешая нормальным работам.
В течение 4 месяцев, с апреля по август, крейсер проходил ходовые испытания; при этом всё еще без котельного отделения №3. Наконец, в сентябре «Хиппер» вышел в свой первый учебный поход с кадетами на борту, после которого было решено, что корабль в принципе годится для службы.
Однако в конце 1944 года Кригсмарине уже было не до учебных походов. Советские войска выходили на берега Балтики, и оставшиеся тяжелые артиллерийские корабли предполагалось использовать для более полезного дела — поддержки своих войск. 26 октября последовал соответствующий приказ и «Хипперу». Предполагалось, что ноябрю он вновь сможет выходить в море, где уже относительно активно действовал «Ойген». Но проблемы продолжали громоздиться одна на другую. Главной оставалась нехватка личного состава, часть которого бросили на рытье противотанковых рвов в окрестностях Готенхафена. А в декабре в процесс вмешалась британская авиация, выставившая солидное минное поле у выхода из порта.
Последняя вспышка активности имела место спустя ровно 2 года после злополучного новогоднего сражения. 1 января поступил приказ за 3 месяца привести в боевую готовность оба крейсера — «Хиппер» и «Ойген». 15 января корабль поступил на завод, но ненадолго. Советские войска стремительно приближались, и вместо запланированного ремонта пришлось заняться спешной эвакуацией. На борт снова приняли зенитную артиллерию, сданную на берег на время ремонта, и ее боезапас. Крейсер получил приказ находиться в 18-часовой готовности к выходу. 22 января последовал приказ выйти в море вместе с «Эмденом». Тяжелый корабль представлял собой печальное зрелище: ход могла дать лишь одна турбина, управлять зенитным огнем могли только два носовых КДП. Вечером того же дня последовал приказ выгрузить 203-мм боезапас, но степень расстройства немецкого военного механизма достигла столь высокой степени, что приказ не был выполнен и до 16.00 29 января, когда на «Хиппер» начали прибывать эвакуируемые. За несколько часов на борт поднялись 1529 человек, в основном женщины и раненые. Ночью крейсер все-таки выполз в море и направился на запад под командой последнего командира капитана цур зее Ганса Хенигста.
Вскоре после выхода «Хиппер» оказался в районе потопления лайнера «Вильгельм Густлов» советской подводной лодкой С-13. Ему пришлось маневрировать между шлюпками, спасательными плотиками и людьми, плававшими в ледяной воде. Хенигст оставил для спасения единственный миноносец эскорта, Т-36, а сам направился дальше, опасаясь за свой «хромой» корабль, на котором находилось 2,5 тысячи человек команды и эвакуировавшихся. Согласно записям в вахтенном журнала, в походе крейсер уклонился от двух торпед, хотя об атаках на него сведений нет.