В 60-е годы XIX в. в Хивинском ханстве начались междоусобицы во главе с туркменскими и узбекскими феодалами. В Хорезме была эпидемия холеры, большинство городов и селений пришли в запустение, начался голод. В этот период реальная власть оказалась в руках инака Мухаммед-Эмина из узбекского рода конграт-балгалы. Формально у власти были казахские чингизиды. В 1767 г. возглавлял Хивинское ханство Нуралы-хан (сын Барак-султана). Но после свержения Мухаммед-Эмина инака, туркменская знать посадила на трон Джехангира – сына Каип-хана. В 1770 г. хивинским ханом был Акым-хан (внук Абулхаир-хана). В Хивинском ханстве начинается экономическая и политическая стабилизация. Каракалпаки осушили часть дельты Амударьи, обводнили левобережье вдоль Устюрта. Казахи родов канглы и кипчак часть воды направили в Арал. В этот период, по данным А. В. Каульбарса, Жаныдарья и Яныдарья были полноводными. Сюда и в низовья Амударьи переселились сырдарьинские каракалпаки, которые не зависели от Хивы. Часть из них, во главе с Айдосом, приняла хивинское подданство[178].
Большая группа каракалпаков поселилась в западной части дельты Амударьи, что отразил П. Е. Величко в опубликованном им отчете об экспедиции 1861 г.
При Аманкули-бие каракалпаки перекочевали в Хорезм, был построен канал «Аманкули-бий» на землях каракалпаков рода кенегес, между Куня-Ургенчем и Булдымсаз[179].
Каракалпакские селения, пашни и кочевья занимали земли между Куня-Ургенчем, Устюртом и Кунградом. На побережье, в дельте Амударьи селились каракалпакские роды – ашаймайлы, кият, балгалы, костамгалы, жаунгары; на канале Аманкули – кенегесы, вдоль реки Кок-Узяк, в местностях Ярты-Кум, Ак-Жатыс и Тенгри-Яр: ктай, колдаулы, муйтен и др.[180].
При хивинском хане Мухаммед-Рахиме (1806–1825) была восстановлена крепость Акжагыс (Айдос-Кала) на р. Кок-Узяк. Она занимала выгодное стратегическое положение для Хивинского ханства в его борьбе с кундградскими узбеками и каракалпаками. При Мухаммед-Рахиме хивинцы подчинили жаныдарьинских каракалпаков, изолировав их от аральских узбеков и каракалпаков. Жандарьинцев хивинцы переселили в низовья Амударьи. Каракалпаки рода ктай, изъявив покорность, переехали в Хиву. Сюда перекочевали 2 тыс. семей бухарских каракалпаков. Часть каракалпаков отправилось на север к р. Кувандарье, рассчитывая на помощь казахов.
После похода Мухаммед-Рахим-хана на Кунград в 1811 г. закончился важный этап формирования этнической территории каракалпаков. До 1873 г. большая часть их проживала в Хивинском ханстве[181].
В первой половине XIX в. подвластные Хиве узбеки, каракалпаки, казахи, туркмены, находясь в тяжелом экономическом и политическом положении, неоднократно поднимают антихивинские восстания. Этому способствовало продвижение российских войск к границам Хивы, Бухары и Коканда. Россия в 1847 г. заложила укрепление Раим (с 1851 г. – укрепление Аральское или форт 1). Началось строительство Аральской флотилии, исследовались морское побережье и дельты Сырдарьи и Амударьи. Готовилось военное наступление на ханство Средней Азии. Западная часть Среднего жуза, юг – Младшего жуза были под властью Коканда. Хиве принадлежали казахские земли от низовьев Сырдарьи до Эмбы[182].
Завершение строительства Сырдарьинской линии укреплений, реально обеспечило защиту российских казахов от вооруженных набегов из среднеазиатских ханств.
Царское правительство запретило российским казахам содержать рабов, захваченных в плен или купленных в соседних ханствах[183].
Каракалпаки избрали своего хана во главе Каракалпакского ханства, в которое объединились многие каракалпакские роды двух арысов-конграт и он-торт уру. Каракалпакские войска, служившие у хивинского хана присоединились к восставшим. Ханом каракалпаков был избран Зарлык-торе – одного «из бедных и ничем не выделявшихся до этого времени казахских “торе”»[184].
Во время восстания каракалпаков против Хивы в 1855–1856 гг. произошло и объединение каракалпакских племен и объявление ими себя самостоятеьными. Восстание возглавил Ерназар-бий, конграт рода колдаулы, по прозвищу «Алагоз». Под его влиянием восставшие каракалпаки и туркмены выбирают ханом Зарлык-торе. Об этом Ерназар-бий сообщил на Сырдарьинскую линию укреплений войсковому старшине султану Илекею: «Мы, все сословия народа, начиная от Урганжа до Кунграда… видя, что прежний хан наш стал притеснять подданных своих так, что злодеяниям его не стало границы, и к тому же между нашим народом началось безвинное кровопролитие и другие явные несправедливые истязания, с общего согласия нашего возвели в ханы из поколения древних ханов Зарлыка для того, чтобы никому между нами не были причиняемы вред и тому подобные злодеяния»[185].
В январе к 1856 г. к каракалпакам и туркменам присоединились казахи и узбеки Северного Хорезма[186].