Прошло семь лет. При слабом царе Федоре Иоанновиче правил Россией брат его жены Ирины, Борис Годунов. Один из современников потом сказал про него: "Пришел к власти как лисица, правил как лев, умер как собака". Умный, волевой и полный благих намерений, он, однако, видимо, также шел против воли и власти Всевышнего в отношении России. Все благие начинания Годунова оборачивались почти непостижимым образом во вред стране, народу и ему лично. К тому же несколько лет подряд были неурожайные годы и свирепствовала чума. Как свидетельствует тот же Джером Горсей, в 1590/91 годах правитель отослал свои личные богатства в Соловецкий монастырь: "Он хотел, чтобы в случае необходимости они были там готовы к отправке в Англию..." Между тем сам англичанин собирался вернуться на родину, вокруг него сгущались тучи придворных заговоров, некоторые его слуги были отравлены, другие признались, что были подкуплены, чтобы отравить его.
Борис Годунов, опасаясь за жизнь Горсея, отправил его в мае 1591 года на время до отъезда в Ярославль. Этот город расположен примерно на сто км восточнее Углича. Hаступил день 15 мая 1591 года:
"Кто-то застучал в мои ворота в полночь. Вооружившись пистолетами и другим оружием, которого у меня было много в запасе, я и мои пятнадцать слуг подошли к воротам с этим оружием. "Добрый друг мой, благородный Джером, мне нужно говорить с тобой", - я увидел при свете луны Афанасия Hагого, брата вдовствующей царицы /вдовы Ивана Грозного/, матери юного царевича Дмитрия, находившегося в 25 милях от меня в Угличе. "Царевич Дмитрий мертв, дьяки зарезали его около шести часов; один из его слуг признался на пытке, что его послал Борис; царица отравлена и при смерти, у нее вылезают волосы, ногти, слезает кожа. Именем Христа, заклинаю тебя, помоги мне - дай какое-нибудь средство!" - "Увы! У меня нет ничего от яда действенного". Я не отважился открыть ворота, вбежал в дом, схватил банку с чистым прованским маслом (ту небольшую склянку с бальзамом, которую дала мне королева) и коробочку венецианского териака. "Это все, что у меня есть. Дай бог, чтобы это помогло.", - я отдал все через забор, и он ускакал прочь. Сразу же город был разбужен караульными, рассказавшими, что был убит царевич Дмитрий".
Это свидетельство человека, всегда бывшего в очень хороших отношениях с Борисом Годуновым, и связанного с ним также значительными финансовыми обязательствами, не оставляет сомнений, что последний Рюрикович, девятилетний Дмитрий, был убит - скорее всего по тайному приказу одного из членов совета Бориса Годунова, от его имени. Возможно, что сам правитель и не знал об этом тайном приказе, или узнал позже. Документы "Угличского дела", расследованного по указу Годунова Василием Шуйским, казалось бы не оставляют сомнений в нечаянном убийстве царевича, якобы напоровшегося во время игры в "тычки" и случившегося с ним припадка эпилепсии ("падучей") на ножик. Много раз (уже и в наше время) эти документы исследовались историками на предмет подлинности свидетельств; есть и свидетельства современной судебно-медицинской экспертизы о том, что в принципе такое нечаянное самоубийство во время начальной стадии эпилептического припадка возможно (Ю.Молин. "Тайны гибели великих", СПб, 1995), но тот же Юрий Молин после этого заключения пишет следующее:
"Основное внимание всех исследователей, изучавших работу угличской следственной группы, было приковано к В.И.Шуй-скому... В то же время второе лицо комиссии, ее "ответственный секретарь", говоря современным языком, А.Луп-Клешнин, остался в исторической тени. А зря! Андрей Петрович, ранее бывший особо доверенным лицом Ивана Грозного, был еще воспитателем ("дядькой") царевича Федора. Будучи активным сторонником и сподвижником Годунова, он выполнял ряд ответственных поручений правителя. Загадочна судьба его после угличских событий. Богатейший вельможа, влиятельнейший сановник в 1591 году (после участия в следствии)
неожиданно принял постриг в отдаленном Пафнутиев-Боровском монастыре и превратился не просто в инока, а в схимонаха (то есть находящегося в монастыре в безвыходном затворе) Левкия, принял ряд особых суровых обетов, надел вериги. Что случилось с Луп-Клешниным? Стремился ли он скрыться за монастырскими суровыми стенами? От кого? Томило ли его раскаяние? В связи с чем? Сплошные вопросы...
Сцена встречи Годунова и Левкия, описанная в трагедии "Царь Борис" А.К.Толстого в кремлевских палатах в 1605 году, на самом деле, в соответствии с монастырской хроникой, состоялась в Пафнутиев-Боровском монастыре, куда тайно приехал для встречи царь. О чем он просил? Тайна сия велика есть. Существует предположение, что Клешнин скрыл в монастыре ряд документов комиссии, свидетельствовавших о сути происшедшего". Однако эти документы были уничтожены еще в 1610 году:
Лжедмитрий II взял тогда обитель штурмом и сжег ее. К.Толстой вложил в уста Годунова и схимонаха такие слова:
Борис: