Известие о мятеже чехословацкого корпуса Подвойский получил в Самаре утром 27 мая. Ему вспомнились слова Ленина о нависшей опасности: организованный на англо-французские денежки мятеж преследовал цель свергнуть Советскую власть. Подвойский принял решение ускорить формирование частей Красной Армии в поволжских и уральских городах. По прибытии в Уфу он встретился с одним из местных военных работников — Эразмом Кадомцевым. Тот сообщил, что в губернии созданы вооруженные рабочие дружины, организованы инструкторские школы, готовившие командиров. Слушая Кадомцева, Николай Ильич отметил для себя: уфимские товарищи не спешили переформировать дружины в регулярные части Краской Армии.
— Противник располагает значительными силами, — говорил Кадомцев, — мы же уступаем ему, но рабочие дружинники не пожалеют сил в борьбе с мятежниками.
— Товарищ Кадомцев, — перебил его Подвойский. — Сразу видно, что в Уфе еще не развернули всерьез работу по строительству регулярной армии. Слова «дружина», «дружинники» необходимо сдать в архив. Нам нужны регулярные части. Что же касается денежных средств на их формирование — постараемся помочь.
Прибыв в район боевых действий у Златоуста и Миасса, Подвойский и члены инспекции убедились в том, что сильные революционным духом красные бойцы были слабо подготовлены в военном отношении и не могли успешно действовать против регулярных белочешских частей. Во время боя у станции Миасс в отрядах началась паника. Подвойский, Берзин, Белицкий быстро навели порядок, проявив при этом личное мужество.
При содействии инспекции был создан Северо-Урало-Сибирский фронт, объединивший все части, действовавшие против мятежников и белогвардейцев. Его командующим стал Берзин, член партии с 1905 года. По указанию Подвойского в составе управления фронта образовали политотдел — один из первых в Красной Армии.
В Большом театре открылся V Всероссийский съезд Советов. Он проходил в напряженной обстановке. Один за другим в стране раскрывались заговоры. Левые эсеры открыто перешли на сторону контрреволюции, подняли мятеж.
Сигналом для их выступления послужило убийство германского посла. Мятежники захватили телеграф и разослали по всей стране телеграммы, в которых сообщалось, что партия левых эсеров взяла власть, требовали не исполнять распоряжений за подписью Ленина и Свердлова.
Только что вернувшийся из инспекционной поездки Подвойский был вызван в Кремль. В кабинете застал Ленина и Свердлова.
— На вас мы решили возложить командование частями, которым предстоит подавить мятеж. Свяжитесь с командиром Латышской дивизии Вацетисом.
Владимир Ильич внешне спокоен, лишь выделялись углубившиеся складки у рта и бледнее обычного было лицо.
— Помните, — предупредил он, — медлить нельзя. Мятеж должен быть подавлен ночью или в крайнем случае завтра утром. По нашим сведениям, такие же мятежи произошли на Волге. Нити тянутся отсюда, из Москвы. Действуйте быстро, решительно.
Вечером части латышских стрелков стали теснить мятежников, выбили их с телеграфа. В руках левых эсеров осталось несколько зданий, в которых они укрепились. Подвойский и Вацетис находились в расположении отрядов, оцепивших захваченные здания. Ночью, еще раз объехав войсковые части, они доложили Ленину о принятых мерах.
Рано утром после артиллерийских залпов по гнездам мятежников латышские стрелки пошли в атаку. Их натиск был настолько стремителен, пулеметный огонь так меток, что в окнах стали появляться белые флаги. Мятеж был подавлен. Докладывая об этом Владимиру Ильичу, Подвойский отметил исключительное мужество латышских стрелков, а также отряда интернационалистов под командованием Бела Куна.
Работа съезда Советов возобновилась. В состав Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета, избранного съездом, вошел и Подвойский.
Через несколько дней после подавления эсеровского мятежа Николай Ильич заболел. К болезни прибавилась тревога за жену. Нина Августовна уехала с эшелоном: повезли голодающих детей рабочих в сытные восточные края. Взяла с собой и своих девочек Олесю, Лиду и маленькую Нину. В Уфимской губернии она занималась устройством трудовой детской колонии. И вдруг ворвались белочехи. Почти все сотрудники колонии арестованы карателями, находятся в уфимской тюрьме. Жену наркома вряд ли пощадят.
Едва поправившись, Подвойский выехал с поездом Высшей военной инспекции, так и не выяснив ничего о судьбе жены и детей.
А тем временем Свердлов, узнав, в каком положении оказалась семья Николая Ильича, направил к уфимским подпольщикам снабженного явками надежного товарища. Уфимским большевикам удалось освободить арестованных и переправить за линию фронта. Об этом Подвойский узнал от жены, когда на одной из станций, удивленный и обрадованный, увидел ее вместе с детьми.
Два дня инспекция провела в Орле и Курске. По сравнению с апрелем положение здесь изменилось к лучшему. Налаживалась работа военных органов, революционный порядок все прочнее входил в жизнь.