В то же время стало известно о задержании капитана второго ранга С.Жемчужного. Главный военный прокурор А. Савенков сообщил, что причиной катастрофы стали грубые нарушения, допущенные задержанным. По словам прокурора, он уже возбудил уголовное дело по статье 352 УК РФ (Нарушение правил вождения или эксплуатации военных кораблей, повлекшее по неосторожности смерть человека либо иные тяжкие последствия). Также запрещена буксировка подлодок подобным образом — до разработки более безопасной схемы. Тем не менее, в истории гибели подлодки остаются неясности. Первой из них является время катастрофы. Первоначально было сообщено, что лодка затонула около 4 часов утра — то есть на час позже. Это не очень большое расхождение не привлекло бы внимания, если бы не странное объяснение, которое ему дали сами военные. Оказывается, после получения сигнала о ЧП, в район бедствия вылетели вертолеты. Наблюдатели якобы спутали К-159 с другой лодкой, буксировка которой происходила в это же время в этом же районе и завершилась благополучно. Также военные добавляют, что в районе острова Кильдин на учениях или на боевом дежурстве находилась третья подлодка, что тоже усложнило выстраивание общей картины.
Если учесть, что затонувшая лодка шла на буксире, который, соответственно, находился в непосредственной близости от нее в момент затопления, эти объяснения выглядят странно. Не вполне понятно также, обладала ли лодка собственной плавучестью или держалась только за счет понтонов, как связана течь в восьмом отсеке с их отрывом и так далее. Но главным вопросом, безусловно, является гибель команды. Зачем на буксируемой лодке, не имеющей собственного хода, находились люди, понять еще можно — экипаж нужен для контроля за ее состоянием.