Следствие по делу о гибели атомной подводной лодки К-159 и девяти членах ее экипажа велось год и семь месяцев. 14 мая 2005 года уголовное дело против капитана 2 ранга С.Жемчужнова было прекращено Военной прокуратурой СФ в связи с отсутствием в его действиях состава преступления.
Но вопреки действующему законодательству РФ, ни восстановления в должности, ни извинений Военного прокурора и Командования флота за поруганное достоинство и честное имя офицер не получил. После отказа Командования СФ в восстановлении в должности и досрочного увольнения с военной службы С.Жемчужное решил самостоятельно бороться за свои законные права. Он считает, что виной всему — испокон века существующий принцип единоначалия в Вооруженных Силах, когда звание военнослужащего практически лишает человека всех прав.
В гарнизоне Гремиха сослуживцы — на стороне Жемчужнова, только об этом не желает знать руководство флота. Сколько унижений и боли прошел за эти полтора года офицер, писать не хочется. Это наверняка известно каждому, столкнувшемуся с абсурдами отечественной правовой системы. Вот слова капитана 2 ранга С.Жемчужнова из объяснения по делу кассационной жалобы:
2. Весь ход событий выработал у меня крайне негативное отношение к службе под командованием людей, которые не имеют собственной точки зрения или боятся признать свои ошибки, перекладывая всю ответственность на плечи подчиненных.
Решением Северного военного флотского суда, командующий Северным флотом адмирал Г.Сучков был признан виновным в совершении преступления, предусмотренного частью второй статьи 293 Уголовного кодекса РФ, и приговорен к четырем годам условно с испытательным сроком в два года. В отношении заместителя командира базирующегося в гарнизоне Островной дивизиона атомных подводных лодок капитан 2-го ранга С.Жемчужнова, который руководил операцией по буксировке атомной подводной лодки К-159, уголовное дело было прекращено в мае 2005 года.
После аварии руководство страны и ВМФ говорило о необходимости подъёма подводной лодки, но по состоянию на 2012 год подъём не осуществлён. Водоизмещение К-159 в 4,8 раза меньше, чем атомной подводной лодки К-141 («Курск»), В феврале 2004 года при обследовании корпуса подводной лодки затонул телеуправляемый подводный аппарат «Tiger», который вскоре был признан безвозвратно утерянным и списан.