Он как будто задумывается. По-прежнему расправы в Медне, в Торжке, в Бежецком верхе ведутся по заранее составленным спискам, однако уже не переходят в варварский тарарам, то есть в бессмысленное выламывание дверей и крушение скамей и столов. Больше того, он старается не отставать от своего своеобразного воинства и следует за ним по пятам, точно желая быть постоянно у него на виду. К Великому Новгороду передовые отряды, ведомые Зюзиным, подходят второго января 1570 года и в тот же час делают то, что должны были сделать и не сделали новгородские власти по случаю мора: по всем дорогам и тропам выставляют заставы, чтобы ни один человек из города не мог ускользнуть, разумеется, в первую очередь заботясь о том, чтобы из Великого Новгорода не разбежались крамольники. Похоже, имена крамольников и здесь хотя бы отчасти известны. Опять, как в Твери, обвинение падает не на ремесленников, не на чёрный люд, не на торговых людей. Иоанн располагает доказательствами, имеет все основания обвинять в заговоре лишь новгородское духовенство, новгородских подьячих, новгородских бояр, и опричники Зюзина спокойно, никому не причиняя вреда, занимают монастыри, опечатывают казну во всех обителях и церковных приходах, берут под стражу игуменов, попов и соборных старцев, видимо, уже обличённых в ереси, в отрицании Евангелия и толковании Ветхого Завета как основы вероучения, передают арестованных приставам, набранным из новгородских служилых людей, знак намерения вести розыск и судить виновных с участием самих новгородцев, и поручают приставам держать обвиняемых в кандалах. Позднее местный летописец солжёт, будто всех взятых под стражу игуменов, попов и соборных старцев несколько дней спустя выводят связанными на рыночную площадь, забивают насмерть железными палицами. Числом более пятисот — таково количество игуменов, попов и соборных старцев в Великом Новгороде, а тела убиенных для погребения развозят по окрестным монастырям, однако пером новгородского летописца, тоже монаха, водит ненависть и месть, желание убедить тех, кто эти строки станет читать, что жертвы московского царя и великого князя многочисленны и, конечно, безвинны, что царские палачи действуют без малейшего основания, без малейшего смысла, единственно из слепой жажды смертоубийства, и что московский царь и великий князь невиданный миром злодей, видимо, ничего не слыхавший о кровавых подвигах герцога Альбы.
В действительности начинается следствие. Следствие ведётся неторопливо, обстоятельно, тщательно. Каждое слово заподозренных или обвинённых в измене и ереси записывается в следственный протокол. Позднее все наличные протоколы складываются в архивные ящики, точно бы для того, чтобы оставить верные свидетельства для потомков. Эти свидетельства правильного следствия и правильного суда хранятся в Москве по меньшей мере лет пятьдесят и лишь в середине XVII столетия таинственным образом исчезают. Всё-таки до нашего лживого времени доходит опись Посольского приказа, сделанная в 1626 году. Добросовестный дьяк перечисляет громадное количество дел, заведённых во время новгородского следствия: