Но годы пребывания в монастыре прошли не даром. Он понял, что служение Господу Богу есть великая благодать, открывающая путь к совершенствованию духа и плоти. Ему, образованному человеку, было легче, чем другим, смириться с догмами церкви и веры, открыть в них тайну влияния на сознание, открыть беспредельность мироощущения, почувствовать прибывающую силу душевной стойкости и способность без надрыва освободиться от пороков светской жизни. Судьба была милостива к нему на пути восхождения по лестнице иерархов, дала возможность обогатить себя знаниями богословия. А служа митрополитом в Ростове Великом, Филарет постиг церковное искусство. Он умел направлять помыслы верующих на стремление к горнему миру и предостерегать людей от искушений. Его проповеди о вероучении были всегда доходчивы и глубоки. Позже, уже в плену, долгие споры с богословом-иезуитом Петром Скаргой укрепили в нём веру в то, что Русская Православная Церковь есть самая милосердная и человеколюбивая, она не угнетает духа верующих, но возносит его.
С годами Филарет обрёл духовную мудрость и талант пастыря. И судьбе было угодно указать на него как на первосвятителя Русской Православной Церкви. Но духовность истинного священнослужителя, каким стал Филарет, не вытеснила других его ярких положительных начал. В нём уживались и дух пастыря, и дух государственного мужа, боль и радение за церковь и за державу в целом.
И потому вечер, проведённый Филаретом в палатах патриарха в обществе митрополита Ефрема, воеводы Бутурлина и ясновидицы Катерины, не только побудил его надеть святительские одежды патриарха, но и взять в руки бразды государственного правления. Вернувшись в царские покои, Филарет удалился в свою опочивальню, прочитал молитву на сон грядущий, но в постель не лёг, а сел в кресло и взялся кропотливо перебирать в памяти всё то, что увидел, узнал за прошедшее время в Москве после возвращения из плена. Он вспоминал посещение государевых приказов, своё присутствие в Боярской думе, свои встречи со многими вельможами и служилыми людьми. И постепенно перед его взором высветились все изъяны государственного правления. И как не было печально сие знать, но родимой матушкой многих извращений была его бывшая супруга инокиня, Марфа-правительница или же — государыня, как величали её царедворцы. Она была полновластной хозяйкой державы. По её повелению издавались царские указы, она меняла неугодных ей служилых людей всех рангов, её волей снимались и назначались воеводы. Да многое же из того, в чём нуждалась разорённая Россия, опять же по её воле, вовсе не делалось.
Установив одну очевидную истину, Филарет двинулся к постижению другой. Могла ли властная женщина управлять государством только по наитию, не сведая в искусстве управления, подбирая на высокие должности людей лишь по родству и свойству, не способная охватить державу взором и не ведающая её скрытой мощи? Явно не могла, пришёл к выводу Филарет, но всё делала вкупе с корыстолюбцами и мшеломцами, кои окружили её и увлекли державу не к процветанию, а к окончательной разрухе.
«Во всём ли была виновна государыня Марфа?» — спрашивал себя Филарет. Ответ он нашёл, казалось бы, убедительный. Привлекая к управлению державой людей по родству и свойству, она несла в себе два начала, и прежде всего личную вину. Не следовало бы ей так близко подпускать к власти многих из тех, кого допустила Марфа. Того же князя Михаила Салтыкова давно уже нужно было лишить всякой силы и отправить в вотчину, дабы там наводил порядок, ежели сможет. А сколько таких Салтыковых в Кремле? Была Марфа виновна и в том, что государевы приказы работали спустя рукава. И суд неправый вершила над россиянами только своей властью. Несчастье Марфы крылось в том, что Господь не наградил её державным умом. И в этом она была достойна снисхождения.
Но видел Филарет и другое — добрые деяния Марфы. Она, как могла, укрепляла дух царствующего сына. Ой как трудно было бы ему, если бы не было рядом матери с её твёрдой и скорой на расправу рукой. Противники Романовых многажды пытались поднять головы, да скоренько их опускали. Она не давала им простору. Даже князь Иван Хворостинин, первый бунтовщик и смутьян той поры, был ею приведён в чувство. К её чести, она сумела подобрать для борьбы с поляками таких воевод, которые не посрамили российского войска, но разбили поляков и добились перемирия. Четырнадцать с половиной лет передышки — это немало. За эти годы Россия может так прирасти мощью, что никакой супостат не будет страшен.