Особенности воспитания, собственная романтическая неудача, или какие-то другие причины привели к появлению некоего ханжества в характере юноши. Он разделял популярную в те времена точку зрения о том, что женщины от природы лишены «врожденного этического стандарта». Одному из своих друзей он советовал не поощрять «безрассудную страсть» в отношениях с противоположным полом, писал, что женщина «может поступать правильно лишь тогда, когда она не выходит за рамки привычного, подчиняясь тому, что общество считает правильным», и что «приучая бедняжек к лести и галантности, мы наносим им вред». Позже Фрейд придерживался такого же подхода, «воспитывая» свою будущую жену: не позволял ей оставаться ночевать у подруги, которая «вышла замуж до свадьбы», запрещал кататься на коньках, так как существовала возможность того, что во время этого невинного развлечения ей придется брать под руку посторонних мужчин.
В 1876 году Фрейд получил стипендию, благодаря которой смог весной на месяц отправиться в Триест, на побережье Адриатического моря. Здесь он работал в недавно организованном профессором Карлом Клаусом небольшом зоологическом институте. По заданию Клауса Фрейд изучал особенности размножения угрей. В частности, он должен был установить, есть ли семенники у самцов угрей – в те времена особенности размножения угрей были науке неизвестны. Зигмунда очень захватила исследовательская работа. Он не только исследовал угрей, но и препарировал практически всю живность, которую доставляли на берег рыбацкие лодки. Юноша очень гордился тем, что наконец-то стал настоящим ученым, и в своих письмах с восторгом описывал обстановку выделенного ему кабинета. Осенью Фрейд смог вновь получить деньги на поездку в Триест. О результатах своих исследований он сообщил в докладе «Наблюдения строения и тонкой структуры дольчатого органа угря, который рассматривается в качестве его семенников».
Во второй половине XIX столетия в естественных науках утвердился механистический подход к изучению живых существ. Ведущие ученые рассматривали организмы животных и растений как сложные механизмы, работающие за счет проистекающих в них химических и физических процессов. Такой подход стал залогом настоящего прорыва в анатомии. Студенты во всей Европе присутствовали при вскрытиях, исследовали органы и ткани человеческого тела. Подобные исследования привлекали и Зигмунда. Неслучайно его первые научные достижения были сделаны именно в области анатомии. Но всему свое время.
В Венском университете физиологию преподавал профессор Эрнст Брюкке, директор Института физиологии. Он обратил внимание на талантливого студента, стал руководить его обучением и первыми научными работами. В 1876 году в институте профессора Брюкке и под его руководством Фрейд приступил к подробному изучению центральной нервной системы. Одной из его первых работ было сравнение нервных клеток рыб с нервными клетками более высокоорганизованных животных. Работа была довольно серьезной. Фрейд показал, что клетки очень близки. Во время представления результатов исследования нашего героя ждала награда в виде бурного одобрения аудитории. В 1877–1878 годах Зигмунд исследовал нервную систему раков. Многие исследователи и биографы полагают, что выбор последнего объекта изучения не случаен. Рак по-немецки «Flusskrebs». Легко заметить, что первая часть этого слова совпадает с фамилией первой возлюбленной Зигмунда. Слово «Krebs» же означает и животное, и болезнь. Имеют ли такие предположения под собой реальную почву – неизвестно.
Помимо изучения нервных систем различных животных, Фрейд разработал собственную методику окрашивания нервных тканей с помощью азотной кислоты. Результаты своих исследований молодой ученый опубликовал в нескольких статьях, безусловно обладающих научной ценностью. Между тем сам Фрейд еще не принял окончательного решения, с чем связать свою карьеру: с наукой или с медицинской практикой (или, как он сам выражался, со свежеванием животных или пытками над людьми).
В 1879 году настало время отдать долг обязательной военной службе. Студенты-медики не призывались в армию, но отбывали армейскую повинность в виде дежурств в больницах на протяжении года. В 1880/81 году Зигмунд сдал экзамены на степень врача. Но к медицинской практике он не приступил. Фрейд остался в лаборатории Брюкке, где довольствовался минимальным жалованьем и продолжал свои исследования. Казалось, что был сделан выбор в пользу научной деятельности. Но вскоре знакомство с Мартой Бернейс заставило Зигмунда переменить свое решение.