С приходом к власти кардинала Ришелье французское духовенство воспряло духом. Однако энтузиазм священнослужителей иссяк, как только они столкнулись с необходимостью платить налоги в казну, как и прочие землевладельцы. Убедить церковников подчиниться Ришелье сумел следующим образом: он намекнул им, что в случае их упорства легко сможет конфисковать в пользу государства всю землю, принадлежавшую на тот момент монастырям и церквам (а это было ни много ни мало почти четверть всей французской земли). Более того, католический кардинал, в свое время ездивший в Рим и просивший благословения у папы, вдруг стал резко выступать против некоторых из прав, издавна признаваемых за папами. Раскол произошел после того, как во Франции получила широкое распространение книга иезуитского священника Санктареля. В своем сочинении тот указывал, что именно папа обладает высшей властью на территориях, где обитают христиане, и может даже свергать с престола монархов и королей. Естественно, такая точка зрения резко противоречила доктрине Ришелье о неограниченной власти короля. Первый министр и кардинал передал книгу Санктареля в суд, и тот нашел сочинение еретическим и присудил сжечь его на площади руками палача. Иезуиты пробовали было протестовать, однако им тут же пригрозили конфискацией земель и высылкой из страны. В результате иезуиты проявили типичную для своего ордена гибкость суждений. Книга Санктареля была к тому времени публично одобрена папой и главой ордена иезуитов; несмотря на это большинство влиятельных французских иезуитских священников сочли нужным подписать приговор об уничтожении данного сочинения.
Комментируя отношения Ришелье с иезуитским орденом, современник кардинала сказал: «Он их скорее боялся, чем любил». Не зря, между прочим, — рука этого ордена чувствовалась во многих заговорах против Ришелье и его политики. Из всех орденов кардинал отдавал предпочтение капуцинам — их настоятель был его давним другом. Со временем появилось своеобразное «министерство капуцинов», представители которого занимались в основном дипломатической деятельностью.
На взаимоотношения папы и Ришелье случай с книгой Санктареля практически не повлиял. Дело в том, что папе в то время было выгодно усиление Франции и неминуемо последовавшее бы за ним ослабление Испании и Австрии. Поэтому при папском дворе старались не обострять отношения с кардиналом, который проводил весьма выгодную для Ватикана политику. Но вот в вопросах, касавшихся исключительно религиозных дел, отношения были далеки от идеальных. Так, папа пришел в ярость, услышав требование Ришелье разрешить дочери Людовика XIII выйти замуж за английского принца, ведь с точки зрения Рима тот считался откровенным еретиком. Тем не менее папа был вынужден благословить этот брак, поскольку кардинал успел намекнуть, что бракосочетание вполне может состояться и без папского благословения. В отместку за это папа отказался возводить Ришелье в сан папского легата.
Иногда конфликты между папой и кардиналом так обострялись, что французский король даже запрещал принимать при своем дворе посланников папы. Однако в конце концов взаимоотношения наладились, и снова не без помощи памфлетов. В одном из них, выпущенном во Франции, утверждалось, что Ришелье планирует вообще отделиться от власти папы и основать независимую галльскую церковь. От имени кардинала был распространен ответ, где данный тезис отвергался, но вместе с тем подчеркивалось, что в самой подобной идее нет ничего противоестественного и, вероятно, к ней вскоре придется прибегнуть. Папа, напуганный возможностью очередного раскола в церковном мире, пошел на компромисс с Ришелье.
Надо отметить еще один удивительный факт. Ришелье — министр и кардинал — боролся с французскими гугенотами лишь как министр, а как кардинал демонстрировал к ним всяческое уважение и терпимость. Большую опасность для Франции представляло то, что на момент прихода Ришелье к управлению страной гугеноты обладали собственной армией и не стеснялись просить помощи у врагов Франции для защиты своих интересов. Это существенно подрывало единство страны и делало ее весьма уязвимой в случае возможной войны с кем-либо из внешних врагов.
Главной базой гугенотов была хорошо укрепленная крепость Ла-Рошель. Она считалась абсолютно неприступной еще и потому, что была расположена у моря, а флот Франции тогда был крайне слаб и не мог серьезно угрожать обороне Ла-Рошели. Поэтому первое время Ришелье старался не осложнять отношений с гугенотами, но в то же время энергично укреплял армию и флот, копя силы для удара.
Когда армия и флот были достаточно усилены, кардинал Ришелье убедил короля издать декрет, согласно которому все крепости, не играющие важного значения для государственной обороны, должны были быть уничтожены. Это было очередным нарушением Нантского эдикта, и гугеноты пришли в ярость. Но до открытого противостояния дело пока не дошло.