В Испании Цезарю пришлось вести борьбу против легатов Помпея – Луция Афрания и Марка Петрея. Военные действия сосредоточились в районе города Илерда. Вначале они развивались не очень успешно для Цезаря. Был даже такой момент, когда бурным течением реки Сикарис оказались разбиты и снесены мосты, а Цезарь со значительной частью своих войск очутился чуть ли не в положении осажденного, отрезанного от продовольствия и подкреплений. Хорошо что ему удалось тайно от противника навести мост через реку в 30 километрах от своего лагеря. Огромное значение во всей испанской кампании сыграла та добрая слава, которую традиционно покровительствовавший провинциальным общинам Цезарь оставил о себе, еще будучи пропретором. На его сторону стали переходить без всякого боя города к северу от Ибера (Эбро). Афраний и Петрей пытались отступить в места, где позиции помпеянцев были сильнее, но Цезарь отрезал противнику путь к Иберу, окружил и вынудил сдаться в начале августа 49 года до н. э. Этому предшествовали массовые братания солдат двух армий, переговоры Цезаря с вождями подчинявшихся Афранию испанских племен. В дальнейшем Афрания упрекали в том, что он проиграл не полководцу, а купцу и дипломату. Действительно, Цезарь опять продемонстрировал умение одерживать победы не военным, а дипломатическим (а иногда, чего греха таить, и финансовым) путем. Цезарь провел в Кордубе (Кордове) всеиспанский съезд, где не забыл поблагодарить и наградить все общины, поддержавшие его в борьбе. Вскоре под ударами цезарианцев пала Массилия (сейчас Марсель). Таким образом, Цезарь полностью подчинил себе запад. Восток же оставался у Помпея. Он все еще не уступал противнику ни в количестве войск, ни в каких-либо других ресурсах, зато имел подавляющее превосходство на море. Туда Цезарь мог даже и не соваться. Тем более, что и то незначительное количество кораблей, которое у него было, Долабелла потерял в сражении у берегов Иллирии. Так что в Цизальпинскую Галлию могли в любой момент нагрянуть войска Помпея из Македонии, а в Испанию – из Африки, где погиб в боях с нумидийским царем Курион.
Новоявленный диктатор вернулся в Рим и провел здесь всего одиннадцать дней. Как всегда, очень плодотворно. Он провел консульские выборы, получив эту должность вместе с Публием Сервилием Исавриком. Был принят ряд законов. Народное собрание по предложению Цезаря распространило права римского гражданства на всю Цизальпинскую Галлию, такие же права получили жители Гадеса в Испании. Из изгнания возвращались те, кто вынужден был покинуть Рим в консульство Помпея. Самые серьезные изменения произошли в правилах и законах о долгах, в которых в смутное время успели запутаться и должники, и кредиторы. Консул провел закон, согласно которому специально назначенные третейские судьи должны были провести оценку земельных владений и движимого имущества по ценам довоенного времени и сообразно с этой оценкой удовлетворять кредиторов. Восстанавливался старинный закон, запрещавший держать наличными слишком большие суммы. (Это мероприятие было направлено на оживление денежного обращения.) Проведя очередную хлебную раздачу, Цезарь вернулся к войне с Помпеем.
К тому моменту войско Помпея находилось в Македонии. Оно насчитывало девять легионов, кроме того, свои отряды выслали ему на подмогу союзные государства и города Востока. Два легиона вел к Помпею из Сирии Квинт Метелл Сципион. Особенно сильна была конница Помпея. В ней было около 7 тысяч всадников, в том числе цвет римской и италийской молодежи. В Адриатическом море базировался огромный (500 судов) флот Помпея, командовал которым Кальпурний Бибул.
В то же время в распоряжении Цезаря в Брундизии было двенадцать легионов, но многие солдаты устали от войны и перехода из Испании. Кроме того, не представлялось возможным переправить все легионы на Балканский полуостров из Брундизия. Не хватало судов, да и флот Бибула легко бы перехватил и уничтожил корабли. Однако примерно 20 тысяч человек Цезаря сумели достичь берегов Эпира. Чем занимался в это время флотоводец Помпея – большая загадка. Наверное, не верил в то, что Цезарь решится на столь рискованное предприятие, потому и проспал врага. Разгневавшись сам на себя, Бибул усилил патрулирование и в следующий раз караван судов с легионами Цезаря, плывший из Италии, все-таки выследил и уничтожил.