Узнав о высадке противника на Балканском полуострове, Помпей поспешил к побережью, чтобы предотвратить захват Цезарем приморских городов. Скорость не входила в достоинства этого полководца, поэтому Цезарь все же успел установить контроль над большинством городов побережья Эпира. Повторялась не раз уже имевшая место в этой войне ситуация. Диктатор внушал доверие горожанам, открывавшим перед ним ворота. Наконец Помпей со своей армией разместился вблизи города Диррахий. Напротив стана врага, на другом берегу реки, расположился и Цезарь. Оба полководца готовились зимовать на занятых позициях. Цезарю удалось прервать связь флота Помпея с сушей, но и Бибул не давал возможности противнику получить подкрепление из Италии – по крайней мере, пока не умер от какой-то болезни. Однажды Цезарь даже предпринял безумную попытку проплыть на небольшом суденышке сквозь ряды патрульных кораблей, чтобы лично организовать отправку своих легионов из Брундизия, но поднявшийся шторм заставил его отказаться от этой мысли. Однако Марк Антоний справился самостоятельно: отрезав в Брундизии блокирующий берег флот врага от пресной воды, он добился отхода этих кораблей. Четыре легиона под командованием отважного цезаревского соратника отплыли к Балканскому полуострову. Уйдя от преследования, Антоний с этими легионами высадился в Лиссе, севернее Цезаря. Помпей пытался помешать соединению войск, легионы двигались в пределах видимости, но Цезарь и Антоний проявили большее мастерство маневра, чем Помпей, и соединили свои силы в Тиране, в 30 километрах к востоку от Диррахия.
Теперь Цезарь имел преимущество – одиннадцать легионов против девяти у Помпея. Маневрами своих войск он пытался выманить соперника из укрепленного лагеря, вызвать на бой. Ничего не удавалось. Тогда Цезарь рискнул распылить свои силы. Два легиона отправились навстречу сирийской армии Сципиона, полтора ушли в глубь Эллады и занимались привлечением греков на сторону своего полководца. Подкрепления же, идущие к Цезарю по суше через Иллирию, задержались в пути. Легионы диктатора, оставшиеся против войск Помпея, были измучены долгой осадой вражеского лагеря. Не хватало продовольствия, солдаты пекли хлебцы из кореньев.
Одна из стычек превратилась в серьезную битву, в ходе которой Помпей просто смял левый фланг противника и обратил его в бегство; потери были огромны, казалось, лагерь Цезаря ждет полное уничтожение, но Помпей неожиданно отказался от преследования уже бегущего врага и вернулся на исходные позиции. По этому поводу Цезарь иронически заметил, что имеет дело с противником, который не умеет побеждать. Такие же мнения насчет своего командующего витали, собственно, и среди помпеянцев. Вообще, в лагере эмиграции царил раздор. Соратники Помпея были уверены в конечной победе над Цезарем, а потому беспрерывно интриговали друг против друга, ссорились с самим Помпеем. Полководца упрекали в том, что он не может ни на что решиться и, кажется, хочет как можно дольше продержаться в роли современного Агамемнона, «царя царей»: ему, мол, нравится, что в его палатку приходят с поклоном самые разные выдающиеся люди. Действительно, среди сторонников Помпея были видные деятели эпохи: Цицерон, Катон и даже предавший патрона герой войны в Галлии Лабиен. Как относились друг к другу представители противоборствовавших в недавнем прошлом политических группировок, можно догадаться.
После этих событий Цезарь принял решение отправиться в глубь Греции для соединения с посланными туда ранее частями и пополнения совершенно оскудевших запасов. В Фессалии его армия начала угрожать временной столице эмигрантского правительства – Лариссе. Помпею пришлось двинуть войска вслед за противником. Армии некоторое время шли по Фессалии параллельными дорогами, и в конечном счете Помпей, заняв удобную укрепленную позицию, преградил путь Цезарю у Фарсала. 6 июня (по юлианскому календарю, 9 августа по римскому на тот момент) Цезарю доложили, что неприятельские войска строятся для боя.
По свидетельству Цезаря, в этой битве в распоряжении Помпея было 45 тысяч человек пехоты и 7 тысяч кавалерии. В армии же Цезаря насчитывалось (по тем же данным) 22 тысячи пехотинцев и тысяча кавалеристов.[18]
Глубина всех линий когорт Помпея составляла 30 человек (глубина каждой линии 10 человек). Справа у Помпея стояли киликийский легион и когорты из Испании. Поскольку этот правый фланг примыкал к ручью Энипей с крутыми берегами, полководец поставил всю кавалерию и легкую пехоту на своем левом фланге. Здесь же находились все лучники и пращники. В центре войска расположились сирийские легионы. Гней Помпей находился на самом важном для себя левом фланге. Именно здесь он хотел нанести удар своей сильной конницей во фланг и в тыл неприятеля.