В конце 1807 года, когда Гойя был занят заказами короля, французские войска вошли в Испанию. Ссылаясь на намерение осуществить совместное вторжение в Португалию, они пересекли границу с согласия правительства и королевства. В марте 1808 года в Аранхуэсе в 50 км к югу от Мадрида, где располагалась летняя резиденция испанских королей, произошло народное восстание. Всесильный Годой был арестован. Интересно, что общая стоимость имущества, конфискованного у князя Мира, превышала годовой бюджет Испании. Карл IV отрекся от престола, и его место 19 марта 1808 года занял Фердинанд VII. Вскоре Наполеон уговорил Фердинанда VII и его родителей уехать в Байону, где как отца, так и сына обязали отречься. Когда Фердинанда, а также принцев Карлоса и Антонио вывозили из Мадрида в Валансэ, толпа на площади пыталась вмешаться и отбить Карлоса, но по приказу Мюрата была расстреляна. Вместо арестованных королей Наполеон назначил на трон Испании своего брата Жозефа (по-испански – Хосе). 2 мая народное возмущение в Мадриде ознаменовало начало испанской войны за независимость. (Мятеж и репрессии, последовавшие в тот день, позже были увековечены Гойей в двух знаменитых картинах – «Разгон мамелюков» и «Расстрелы в Монклоа».) Все слои населения – военные и граждане, в т. ч. мужчины, женщины и дети – подвергались опасности, и любой вид вооруженного сопротивления против врага считался законным. Когда производство остановилось, начался голод, и улицы заполнились трупами и умирающими. Гойя был свидетелем ужасов – увечий, насилий, истязаний, казней и смертей от голода, и в серии, известной как «Бедствия войны» (более полное название – «Роковые последствия кровавой войны с Бонапартом и другие капричос»), запечатлел страдания своего народа.
Отрекшиеся от престола Карл и Мария-Луиза были препровождены во Францию. Большую часть времени они прожили в Компьене.
15 июня 1808 года французы осадили Сарагосу. Осада длилась до 14 августа. Не успели ее снять, как началась вторая осада. После многочисленных артиллерийских обстрелов и пожаров город с почти двухтысячелетней историей был взят. За два месяца в стенах Сарагосы погибло более пятидесяти тысяч человек.
В городах одна власть сменяла другую, по дорогам бродили мародеры. Вельможи терялись в догадках – к кому выгоднее примкнуть. Граф Лабисбаль в ожидании возвращения Фердинанда VII даже умудрился на всякий случай послать к королю доверенного офицера сразу с двумя письмами – в одном с похвалами конституции, а в другом – с резкими нападками на нее же.
Метания и сумятицу тех дней очень хорошо иллюстрирует история с «Аллегорией Мадрида». В 1810 году Гойя на медальоне в мадридской ратуше создал заказанную ему композицию «Аллегория города Мадрида», в которой по имеющейся гравюре изобразил Жозефа Бонапарта. Это произведение глухого художника претерпело целый ряд метаморфоз. Сначала в 1812 году после битвы при Саламанке и отступления французов из Мадрида портрет Жозефа был заменен в медальоне словом «Конституция». Когда в 1813 году французы возвратились, было возвращено лицо Жозефа, а после окончательного изгнания оккупантов его вновь заменили словом «Конституция». Во времена реакции при Фердинанде VII крамольное слово снова убрали, освободив место для портрета короля, но в 1841 году произошла обратная замена. И наконец в 1871 году было принято окончательное решение: написать в медальоне слова «Второе мая» – именно в этот день произошло народное восстание в Мадриде в 1808 году.
В 1812 году жена Гойи Хосефа умерла после принятия в католической церкви Святого таинства соборования больных и была похоронена на кладбище Фуэнкаррал. Изоляция, в которой оказался художник из-за глухоты десять лет назад, со смертью жены усилилась.
После поражения в Витории в июне 1813 года французы покинули Испанию, и многие офранцуженные испанцы последовали за ними. Фердинанд VII, которому особым договором, заключенным в Валансэ, за несколько месяцев до отречения Наполеона была возвращена корона, вернулся в Мадрид 22 марта 1814 года, полный накопившейся злобы. 4 мая он заявил о непризнании конституции 1812 года, распустил кортесы и в течение недели издал 60 декретов, отменяющих демократические решения испанской революции. Были аннулированы все акты кортесов, восстановлены все старые учреждения, в том числе инквизиция, возвращены иезуиты, восстановлен абсолютизм. В ночь на 10 мая были проведены массовые аресты. Из друзей Гойи были арестованы поэты Кинтана-и-Гальего, актер Майкес, который сошел с ума и умер в тюрьме.
Гойю, как и многих других, укрыл от гнева короля Хосе Дуасо-и-Латре – отец друга семьи Гойи.
Затем была создана Комиссия для следствия по лицам, подозреваемым в сотрудничестве с оккупационным правлением. Среди таких подследственных оказался и Франсиско Гойя, который занимал пост художника двора Хосе Бонапарта. Гойя, вызванный в Трибунал реабилитаций, сумел оправдать свое поведение во время оккупации. Он был объявлен невиновным и восстановлен в роли художника Палаты.