В алтаре мантуанской церкви Питер Пауль разместил холст «Семейство Гонзага поклоняется Троице», а по бокам от него расположил «Крещение» и «Преображение». К сожалению, это полотно сохранилось до наших дней не полностью. В 1773 году орден иезуитов был распущен, и церковь потеряла постоянных хозяев и владельцев. Во время французского нашествия в Италию здание церкви использовалось в качестве склада (как это нам знакомо!). При этом центральный холст композиции «Семейство Гонзага поклоняется Троице» был сильно поврежден, и в 1801 году его разрезали на несколько частей. Потомки герцога сохранили и перенесли в герцогский дворец в Мантуе центральную часть холста, на которой был изображен молящийся Винченцо I Гонзага, его супруга и родители. Рядом с герцогом Рубенс изобразил фигуры его детей. Сохранилось три отдельных фрагмента с их погрудными изображениями. Наиболее известен один фрагмент, который в настоящее время находится в собрании Венского музея истории искусства. Вероятнее всего, этот венский портрет изображает сына Винченцо – будущего герцога Мантуи Винченцо II Гонзага. Учитывая время, когда он был создан, можно считать, что этот портрет открывает целую галерею замечательных камерных портретов детей и подростков, созданных Рубенсом без аффектации и помпезности (чаще всего их заказывали для себя и своих близких). Мимолетно и живо схвачено выражение лица подростка. Кажется, что он не позирует, а случайно проходя мимо, оборачивается к зрителю. Это умение передать индивидуальную неповторимую сущность человека свойственно лучшим работам фламандца.
Оно же присуще и самому раннему автопортрету Рубенса на картине «Автопортрет с мантуанскими друзьями». На картине мы видим шесть человек. Среди них только лицо самого Рубенса опознается всеми исследователями без сомнений. Пятеро его друзей, написанных на горизонтальной линии рядом с ним, что придает некоторое однообразие и скованность движения, достоверно не разгаданы до сих пор. Изображая собственную фигуру, Рубенс проявил большую свободу, чем в остальных случаях, и поэтому она заметно выделяется. Лицо и взгляд Питера Пауля обращены к зрителю в три четверти (его любимый разворот в автопортрете). Молодой красивый человек с темными усами и бородкой спокойно вглядывается в нас, уверенный в своих силах, мыслях, надеждах и стремлениях.
В 1607 году Рубенс вместе с герцогом отправился в Геную. Здесь он воспользовался случаем и тщательно изучил архитектуру и позднее, в 1620-е, издал двухтомный труд «Дворцы Генуи».
Отцы-иезуиты заказали художнику картину «Обрезание» для высокого алтаря Генуэзского собора. В этой алтарной композиции Рубенс сделал упор на порывистом устремлении вверх, которое он перенял у Корреджо, когда изучал его картины в Пармском соборе. Влияние Корреджо сказалось и в изображении сияния, исходящего от младенца. Богатством красок и насыщенной густотой мазка Рубенс во многом обязан Тициану. А в фигуре Богоматери чувствуется благородная осанка римских статуй. Его Богоматерь сочетает в себе реализм чувств с идеализированной формой, на которой настаивала Церковь.
В Генуе Рубенсу, уже зарекомендовавшему себя умелым портретистом, пришлось писать много портретов по заказам генуэзской знати. Ему уже не нужно искать заказы – они сами находят его. Паоло Агостино Спинола писал из Генуи 26 сентября 1606 года Аннибале Кьеппио: «У меня нет вестей о господине Пьетро Паоло. Я очень желал бы получить от него письмо и иметь случай быть ему полезным. Мне хотелось бы знать, когда он сможет, не причиняя себе неудобств, исполнить портреты – мой и моей супруги».
Заказные портреты, выполненные в Генуе и других городах, не составляли сферу интересов художника. Тем не менее, парадные портреты генуэзской аристократии в исполнении Рубенса стали эталоном барочного портрета и определили направление этого жанра в Италии, Испании, Фландрии, Франции, Англии. Сформировалась целая иерархия различных атрибутов, сразу определяющих социальное положение и область деятельности портретируемого. Фон вслед за Рубенсом стало принято делать гладким нейтральным или драпировать тяжелыми тканями, иногда позади портретируемого изображались колонны, пышные здания. Очень большое внимание уделялось костюму, его тщательной выписке. Характер облагораживался, спокойная поза подчеркивала значительность героя картины. Жесты писались полными достоинства, спокойствия, на заднем плане часто присутствовали эффектно брошенные плащи, тщательно выписывались родовые гербы.
Все возрастающая популярность и загруженность Рубенса работой позволяла ему отказываться от периодически навязываемых герцогом Мантуанским портретов хорошеньких женщин – в одном из писем Питер Пауль в отменно почтительной форме просил освободить его от поездки во Францию, чтобы рисовать там придворных красоток. Хотя, повинуясь своему господину, во время пребывания в Испании художник все же выполнил портреты нескольких красивых испанских дам.