«В лицевой структуре так называемый греческий профиль
является отличительным признаком большой красоты. Такой профиль образуется почти прямой или слегка изонутой линией лба и носа… В идеальном варианте глаза неизменно посажены глубже, чем это встречается в природе, что подчеркивает верхний край глазного углубления… Подбородок, красота которого заключается в плавной округлости его форм, не делится пополам ямочкой… эта ямочка, которая и в природе встречается весьма редко, не считалась греческими скульпторами… необходимым признаком чистой и универсальной красоты. Широкая, с глубоким изгибом грудь признавалась неотъемлемым атрибутом красоты мужских фигур… живот характерен для людей, которые умеют наслаждаться отдыхом и не страдают плохим пищеварением, не имея, при всем при том, брюшка… половые органы, как и все остальное, имеют свою особую красоту. Левое яичко по размерам всегда несколько больше правого, как это и бывает в природе, и это в точности так же относится к глазам — замечено, что левый всегда больше правого».Художественная красота, по мнению Винкельманна, обладает моральной силой. Стоя перед статуей Аполлона Бельведерского, он написал: «Созерцая это волшебное произведение искусства, я забыл про все вокруг и почувствовал позыв к самосовершенствованию, чтобы быть достойным стоять рядом с этим шедевром». В античной Греции душа и тело были неразрывным целым. «Греческая гимназия, — восторженно писал Винкельманн, — была школой художников, где молодежь занималась физическими упражнениями полностью раздетой, хотя, находясь в обществе, она одевалась пристойно и ничем не оскорбляла мораль. Так жили они, философы и художники. Сократ, который учил… Фидий, который обогащал свое искусство через созерцание этих прекрасных созданий».
Рассмотрев все аспекты художественного творчества — от технологических подробностей до влияния климата, — «История античного искусства» стала краеугольным камнем, по сути, новой научной дисциплины — сейчас она называется «историей искусства». Наряду с этим поездки Винкельманна в Геркуланеум и в Помпею и его «открытые письма», в которых подвергались критической оценке преподносившиеся как откровения результаты первых, неумелых археологических раскопок, создали ему заслуженную репутацию «отца современной археологии».
Винкельманн никогда не был в Греции, хотя друзья время от времени соблазняли его возможностью совершить трудное в то время путешествие. Для него Греция всегда оставалась неким состоянием духа, а не конкретным географическим понятием. В этом смысле идеализированная Винкельманном Греция стала мощным по своему влиянию интеллектуальным фактором XIX века не только как эталон, давший толчок бурному росту неоклассицизма в искусстве, но и как образец классического мира, в котором обожествлялась красота мужского тела, что было так важно для внутреннего мироощущения геев. Работы Винкельманна оказали также наиважнейшее влияние на творчество таких видных представителей гей-литературы, как Уолтер Патер («Ренессанс») и ДжА-Саймондс («Вопросы этики в Древней Греции»).
В 1768 году Винкельманн вернулся в Дрезден, впервые за десять лет после отъезда в Италию. 8 июня, возвращаясь назад в Рим, он был убит в Триесте молодым человеком по имени Франческо Арканджели, с которым он познакомился за день до этого.
Гете так писал об особой одаренности Винкельманна:
«Если обычно личности многих, особенно ученых, отходят на второй план, когда мы рассматриваем их достижения, в случае Винкельманна характерно обратное: все, что им делается, величественно и замечательно лишь потому, что является проявлением его личности».