Теперь в карантины и больницы шли уже с охотой: там каждому полагалось на день два фунта хлеба, фунт мяса и 120 граммов водки. Выздоравливающим Орлов давал подъемные – женатым по десять рублей, холостым по пять, и это в городе, где три рубля считались неплохим месячным жалованьем. Появились даже симулянты, желавшие поболеть в такой роскоши. Эпидемия прекратилась в апреле 1772 г., унеся, по официальным данным, 56 672 жизни.
Из лекаря Самойлович стал штаб-лекарем и ведущим сотрудником противочумной комиссии при сенате. Фактически он три года координировал борьбу с чумой во всех концах империи. Осенью 1774-го ему довелось иметь дело с отдаленным последствием чумного бунта. В Москву доставили пленного «государя Петра Фёдоровича». Это был Емельян Пугачёв, который решил использовать слухи и выдать себя за убитого в Ропше царя.
Прокурор вызвал Самойловича в застенок на монетном дворе, где содержался самозванец, из опасения, что Пугачёв не доживет до казни. Вождь крестьянской войны явно умирал от воспаления легких. Запертый в холодном подвале, он не мог прилечь в своей тесной клетке. Пугачёв висел на короткой цепи как распятый. Самойлович распорядился перевести его в теплое помещение, выписал лекарства из сенатской аптеки и на две недели запретил допросы.
Когда пациент пошел на поправку, к нему перестали допускать врача. Совершенно здоровый Пугачёв был публично четвертован на Болотной площади. Штаб-лекарь Самойлович стоял у самого эшафота и наблюдал, как государь Пётр Фёдорович умирает в последний раз.