Несколько дней две эскадры лавировали в море, наблюдая друг за другом. Турецкий флот насчитывал 17 линейных кораблей, 8 фрегатов, 3 бомбардирских и 21 мелкое судно с 1100 пушками против русских 2 кораблей, 11 фрегатов и 18 более мелких судов с 550 орудиями. Вес турецкого залпа превышал русский в 2, 5 раза, корабли были быстроходнее. 3 июля у острова Фидониси (Змеиный) турки решили принять бой. Гасан?паша построил линию из одних линейных кораблей. Авангард под командованием самого капудан?паши атаковал русский авангард капитана бригадирского ранга Ф.Ф. Ушакова (корабль «Святой Павел» и 3 фрегата), тогда как остальные турецкие корабли связывали боем русские центр и арьергард. Чтобы отразить удар, Ушаков выслал вперед 2 фрегата и сам поторопился за ними под всеми парусами. Он намеревался выйти на ветер и охватить голову турецкого флота. Гасан также прибавил парусов, причем его линия растянулась. Ушаков открыл огонь, только когда флоты сблизились настолько, что можно было использовать пушки всех калибров. Гасан?паша, пользуясь преимуществом в артиллерии, старался держаться за пределами дальности стрельбы 12?фунтовых пушек русских фрегатов. Стрельба корабля и 2 фрегатов нанесла неприятелю такие повреждения, что капудан?паша был вынужден отвести свой корабль за линию флота, чтобы погасить пламя. Корабль «Преображение Господне» серьезно повредил корабли турецких вице?адмирала и контр?адмирала. Остальные корабли русской линии также сражались решительно. После трехчасового боя турецкий флот был вынужден прекратить сражение и уходить, пользуясь преимуществом в скорости.
Победа при Фидониси продемонстрировала, что из командира корабля вырос способный флагман. Войновича к концу 1788 года перевели в Херсон. Ушаков остался командующим Севастопольской эскадрой. Осенью и зимой он занимался подготовкой судов к следующей кампании. 14 апреля 1789 года Ф.Ф. Ушакова произвели в контр?адмиралы. К середине мая эскадра уже была готова к плаванию, однако Войнович, как главный начальник «над всеми частями правления и флота Черноморского», избегал встреч с противником.
В конце августа 1789 года Потемкин приказал Войновичу принять в Херсоне парусные суда Лиманской флотилии и отвести их в Севастополь. В то же время Ушакову предстояло с Черноморским флотом постараться отвлечь турецкий флот от устья Днепра, чтобы дать возможность гребной флотилии пройти к Хаджибею, на который уже направлялась колонна войск Гудовича, а парусным судам — безопасно дойти до Севастополя. Операция была успешно проведена: одно появление эскадры Ушакова заставило турецкий флот удалиться от Хаджибея и Очакова.
Чтобы активизировать действия на море, в марте 1790 года Г.А. Потемкин назначил Войновича командующим Каспийской флотилией, а командование Черноморским флотом «по военному употреблению» поручил Ушакову. Весной 1790 года по приказу Потемкина контр?адмирал боролся с турецким судоходством у берегов Анатолии. Сразу же по возвращении флотоводец поторопился снарядить главные силы. К 26 июня были готовы 10 кораблей, 6 фрегатов и другие суда. При нехватке средств Ушакову приходилось занимать деньги и даже заложить свой дом. Флагман ожидал, что противник будет высаживать десант в Керченском проливе. Он не ошибся. 1 июля большой турецкий флот проследовал на восток. Следующим утром в море отправилась русская эскадра. 6 июля, подойдя к Феодосии, Ушаков узнал, что турки прошли мимо накануне, и пошел в Керченский пролив.