В Риме появились опасения, что Помпей может, пользуясь войском, захватить единоличную власть. Однако полководец обещал распустить легионы после триумфа и даже добился восстановления власти народных трибунов, отмененной Суллой.
Консульство Помпея (совместно с Крассом) в 70 году ознаменовалось отменой некоторых постановлений Суллы. После консульства он вел спокойную жизнь частного гражданина, пока не появилась вновь нужда в его способностях.
Когда в Риме шли гражданские войны, средиземноморское пиратство, зародившееся в Киликии, распространилось на все море. Многие пираты служили матросами во флоте Митридата, что дало им необходимый опыт. Не ограничиваясь захватом судов, пираты опустошали острова и прибрежные города. Во многих пунктах у них существовали якорные стоянки и наблюдательные башни. Быстроходные, прекрасно украшенные пиратские суда стали угрозой для всех приморских государств. Свыше тысячи пиратских кораблей разграбили до 400 городов, покушаясь даже на святыни. Они особенно ненавидели римлян (топили их в море, захватывали официальных лиц, грабили имения). Но последней каплей, переполнившей чашу терпения, стал рост цен на продовольствие в Риме в результате деятельности пиратов. Римляне, опасаясь голода, поручили Помпею Великому очистить море. Это позволило полководцу проявить свой талант и на море.
Друг Помпея, Гамбиний, внес особый законопроект. По нему в 67 году до н. э. Помпей получил от сената на три года чрезвычайные полномочия, чтобы справиться с пиратством в Средиземном, Мраморном и Черном морях. В его неограниченное распоряжение перешли 50?мильная береговая полоса, огромные силы и средства. Все римские должностные лица и правители союзных государств должны были исполнять любые его требования. Народное собрание утвердило законопроект. Помпей добился принятия дополнительных постановлений, которые позволили ему снарядить 500 судов, набрать 120000 человек тяжелой пехоты 5000 всадников, избрать 24 сенатора в качестве подчиненных начальников и квесторов в помощь. Сразу же цены на продовольствие упали. В народе считали, что сыграло роль уже имя полководца.
Помпей разделил Средиземное море на тринадцать частей. В каждой части он сосредоточил отряд кораблей, в основном маневренных либурн, во главе с начальником. Такая густая сеть позволила захватить множество пиратских судов и отвести их в порты. Очистив за сорок дней Тирренское, Ливийское моря и воды вокруг Сардинии, Корсики и Сицилии, сам Помпей с 60 кораблями направился к Киликии, где собрались уцелевшие пираты. Так как в Риме консул Пизон стал препятствовать действиям Помпея и даже распустил экипажи кораблей, полководец высадился в Брундизии, был торжественно встречен народом в Риме, навел порядок и продолжил плавание. Встречавшиеся на пути разбойники в большинстве проявляли покорность, и Помпей брал у них суда, оставляя жизнь. Это привело к тому, что пираты в основном сдавались добровольно. При их помощи римляне находили и истребляли тех, кто не желал сдаваться.
Самые могущественные пираты собрали свои сокровища и семьи в укрепленных городах на Тавре, а флот сосредоточили у Коракесии в Киликии. В сражении римский флотоводец разбил разбойников, а крепости их взял в осаду. В конце концов пираты предпочли сдать свои хорошо укрепленные города и острова. Всего за три месяца было покончено с морским разбоем. По некоторым сведениям (вероятно, преувеличенным), при битве у пиратской крепости Коракесия (вблизи турецкого города Аланья) было потоплено свыше 1300 и захвачено 40 пиратских кораблей, погибли 10000 пиратов и 2000 попали в плен. После этой решительной операции, по словам Страбона, в течение 15 лет мореходство было безопасным.
Помпей взял 90 судов с окованными медью носами. 20000 пленников он расселил в местностях, где населения было мало.
Так как Лукулл не смог довести до победы войну с Митридатом и войска отказались ему подчиняться, народный трибун Манилий предложил подчинить Помпею почти все провинции Рима и сохранить командование флотом для войны с царями Митридатом и Тиграном. Решение это было принято всеми трибунами. В 66 году Помпей принял командование, распределил флот для охраны моря между Финикией и Боспором, а сам направился против Митридата, нанес ему поражение и заставил бежать. Царь надеялся укрыться в союзной Армении, но был изгнан и оттуда. Помпей благодаря раздорам армянского царя с сыном вступил в Армению и подчинил ее. Затем он преследовал Митридата через земли кавказских племен, воевал с албанцами, не дошел до Каспийского моря только на три перехода, послал войско в Парфию и намеревался идти до Красного моря. Для блокады Митридата он оставил у Боспора флот, под страхом смерти запретив купеческим судам проходить заслон. Полководец подчинил Сирию, покорил Иудею. В новых владениях Рима его признавали как справедливого верховного судью. Тем временем Митридат, против которого выступил сын Фарнак, кончил жизнь самоубийством.