При вторичном приближении к Цейлону соединение вновь было обнаружено «Каталиной», и для атаки Тринкомали утром 9 апреля Нагумо выслал 125 самолетов. Над портом им противодействовали 23 истребителя, 11 из которых были сбиты. Бомбардировщики потопили торговое судно, повредили несколько кораблей и подожгли портовые сооружения. 9 британских двухмоторных бомбардировщиков «Бленхейм» безуспешно пытались атаковать авианосцы. 5 из них были сбиты, но ценой гибели 4 «Зеро».
Полагая, что англичане своевременно убрали из Тринкомали крупные корабли, Нагумо вместе с ударной группой направил разведчиков, которые обнаружили авианосец «Гермес» в сопровождении австралийского эсминца «Вампир». Высланные 80 бомбардировщиков за четверть часа потопили оба, а также торговое судно и 2 небольших корабля.
На этом действия Нагумо в Индийском океане завершились. Главные его силы вернулись в Японию. 5?ю дивизию контр?адмирала Хара Ямамото направил в Коралловое море, где обнаруженная американская эскадра, включавшая авианосец, угрожала японским операциям на Соломоновых островах и в Новой Гвинее. 7–8 мая в Коралловом море японские самолеты с авианосцев потопили танкер «Неошо», эсминец «Симс», авианосец «Лексингтон» и повредили авианосец «Йорктаун», однако понесли большие потери в опытных летчиках, что сказалось впоследствии. Неопределенный исход сражения заставил японцев отказаться от высадки в Порт?Морсби.
Несмотря на эту неудачу, японское верховное командование решило продолжать наступление. Чтобы удержать завоеванное, требовалось добиваться все новых побед. На начало июня были запланированы две операции, значительно расширявшие оборонительный периметр Японии. Японскому флоту предстояло захватить остров Мидуэй, продвигая к востоку линию патрулирования кораблей и самолетов, и овладеть Алеутскими островами, чтобы не допустить американских авианалетов на Японию. Адмирал Ямамото ожидал, что в сражении с противодействующим американским флотом он добьется решающей победы, и собрал огромные силы. Наиболее важную роль предстояло сыграть авианосному соединению Нагумо.
5 июня самолеты с 4?х японских авианосцев нанесли удар по атоллу Мидуэй и легко преодолели сопротивление малочисленных истребителей. Так же легко японские истребители отбили атаку американских базовых торпедоносцев на авианосцы, затем отразили нападение двух волн пикирующих бомбардировщиков и торпедоносцев с американских авианосцев. Однако еще одна группа пикирующих бомбардировщиков на большой высоте подошла к соединению Нагумо, которое противостояло торпедоносцам. Американцы потопили авианосцы «Акаги», «Кага» и «Сорю». Японцы в ответ выслали ударную группу с уцелевшего «Хирю», которые нашли, атаковали и повредили авианосец «Йорктаун». В то же время самолеты «Энтерпрайза» потопили «Хирю». Японцы лишились наиболее подготовленных летчиков. В значительной мере поражение предопределило отсутствие радиолокаторов на японских кораблях.
После сражения у Мидуэя Морской Генеральный штаб отказался от наступательной стратегии и перешел к обороне дальних подступов к Японии. Ямамото разделил флот на две части, в каждой по 3 авианосца с эскортом. В октябре 1943 года соединения маневрировали восточнее Соломоновых островов, причем вице?адмирал Н. Кондо, у которого оставался единственный авианосец «Дзунье», поддерживал японские силы на Гуадалканале, а Нагумо прикрывал его с востока от возможного нападения американских авианосцев.
После 16 октября японцы не могли обнаружить американские авианосцы, которые отошли, предоставив наблюдение за противником базовым патрульным самолетам. Только 23 октября проявилась их активность. Японцы полагали, что американский флот 27 октября решит отметить День ВМФ победой. Утром 25 октября летающие лодки обнаружили соединение Нагумо. Тем не менее вечером Кондо подготовил самолеты для удара по Гуадалканалу. Соединение Нагумо шло в 100 милях восточнее. Используя опыт, вице?адмирал выдвинул линкоры «Хиэй» и «Кирисима» с 7?ю эсминцами вперед на 60–80 миль, а с востока авианосцы прикрывали в 200 милях крейсер «Тонэ» и эсминец.
В ночь на 26 октября неприятельский самолет сбросил бомбы, взорвавшиеся вблизи «Дзюйкаку». Командир авианосца передал сообщение на «Секаку» для Нагумо, который решил, что его завлекают в ловушку, и приказал всем кораблям отходить 24?узловым ходом. Утром такое же решение принял и Кондо. Полагая, что американские авианосцы недалеко, Нагумо выслал разведку. Утром самолет с «Секаку» обнаружил юго?восточнее неприятельский авианосец с охранением, движущийся к северо?западу. Донесение получили в 4 часа 50 минут, и уже через 25 минут по приказу Нагумо начала взлетать первая атакующая волна с «Секаку», а через 45 минут флагман, узнав о приближении неприятельских самолетов, досрочно поднял в воздух и вторую волну.
Это было сделано вовремя. В 5 часов американские разведчики сбросили несколько бомб на авианосец «Дзуйхо», повредив кормовую часть палубы. Около 6 часов 15–16 американских самолетов атаковали «Секаку» и вывели из строя взлетную палубу и средства связи.