В Англии знали об испанских планах. Контрудар готовили в строжайшей тайне. В марте 1587 года Дрейк собрал 13 кораблей и несколько меньших судов с отрядом пехоты. Ему предстояло уничтожать испанские суда и запасы на стоянках, чтобы не позволить собрать все силы Санта?Круца в Лиссабоне. 19 апреля Дрейк внезапно вступил в гавань Кадиса, где стояли еще не готовые к походу корабли. Отбив попытки испанских галер контратаковать его суда, Дрейк приступил к истреблению кораблей и запасов. Было уничтожено 30 судов, 10000 тонн провизии. Дрейк захватил во внутренней гавани огромный галеон самого маркиза Санта?Круца, после чего благополучно вышел в море.
По пути к Лиссабону англичане разрушили замок Сагриш — жилье Генриха Мореплавателя, истребили рыболовные суда и захватили 47 каравелл, перевозивших продовольствие в Лиссабон. Подойдя к сильно укрепленной португальской столице, Дрейк попытался выманить испанцев в море. Однако и здесь их флот еще не был готов. Так как атаковать Лиссабон было рискованно, Дрейк ушел в море, к мысу Сан?Висенти, где препятствовал соединению испанских кораблей. В мае Дрейк ходил к Азорским островам, взял большой каррак «Святой Филипп» с восточными товарами огромной ценности и 26 июня 1587 года вернулся в Плимут. Уничтожение кораблей и запасов для них побудило испанцев отложить экспедицию на год. 9 февраля 1588 года скончался маркиз Санта?Круц. Назначенный вместо него против своего желания герцог Медина Сидония, по собственному признанию, не имел для этой экспедиции ни опыта, ни знаний.
Елизавета, обеспокоенная приготовлениями испанцев, пробовала умилостивить Филиппа II, но безуспешно. Тогда она вновь обратилась к своему генерал?адмиралу. В конце 1587 года она назначила его командиром эскадры из 30 судов, которым предстояло уничтожать испанские корабли при встрече. Однако после смерти Санта?Круца Елизавета рассчитывала на мирные переговоры и остановила действия флота. Дрейк был вынужден ограничиваться разведкой. Он упрашивал королеву разрешить поход для истребления испанских кораблей к Лиссабону. Только 10 мая Тайный совет решил создать два флота: один под командованием первого лорда адмиралтейства Хоуварда и второй — под командованием его заместителя Дрейка, который в этом году получил чин вице?адмирала. Через несколько дней 34 корабля и 8 пинас Хоуварда и 40 судов Дрейка соединились в Плимуте. Пока эскадры готовились, пришло известие, что «Непобедимая армада» готова выйти из Лиссабона.
К маю 1588 года у испанцев на реке Тахо стояли 130 судов водоизмещением 57 тысяч тонн с 2400 орудиями, 8000 матросов и 19000 солдат. У англичан главные силы из 80 судов под командою адмирала Хоуварда были сосредоточены в Плимуте, эскадра пролива из 50 линейных судов под командою Сеймура — на Темзе в Дуврском проливе, и эскадра графа Юстина Нассауского блокировала Дюнкирхен и Ньевпорт, в которых стояли плоскодонные суда герцога Пармского.
30 мая флот испанцев выступил. Герцогу Медина Сидония следовало при встрече с Дрейком у устья Ла?Манша стараться его уничтожить. Так как английская артиллерия была лучше, испанцы рассчитывали на абордаж.
Уже после первой бури герцогу Медина Сидония пришлось зайти с частью флота на ремонт в Корунью. Ввиду значительных повреждений флота и приближения осени, военный совет высказался за отсрочку экспедиции; но так как приказание короля было категорично, то Сидония все же решил наступать и вышел из Коруньи 12 июля по направлению к мысу Лизард. По пути треть флота рассеяла буря. На военном совете большинство высказалось за нападение на неприятельский флот в Плимуте. Но герцог отказался от удобного случая, заявив, что главная его задача — соединение с герцогом Пармским. Тем временем Дрейку стало известно, что армаду видели у мыса Лизард, в 60 милях от Плимута. На следующий день, как только позволил ветер, англичане вышли в море. К вечеру выступили и 50 судов Хоуварда, предупрежденного Дрейком, а жители страны с оружием направлялись к побережью.