После триумфального дебюта 26 сентября 1900 года в спектакле «Снегурочка» Качалову доверили большую роль Рубека в пьесе Ибсена «Когда мы, мертвые, пробуждаемся». Пройдет совсем немного времени, и Немирович-Данченко будет рекомендовать молодого актера на роль Тузенбаха в «Трех сестрах». В другой пьесе Чехова «Вишневый сад» Качалов предстанет в образе Пети Трофимова. «Отказав им [Тузенбаху и Трофимову] в импозантности, он наполнил их своим собственным оптимизмом, мягким юмором и душевной ясностью, — пишет биограф В.Я. Виленкин. — Они волновали зрителя значительностью своего внутреннего мира, в котором переплетались и тоска, и тревога, и невозможность примириться с окружающим, и жажда счастья, и одиночество и предчувствие надвигающихся бурь». Чехов писал 5 ноября 1902 года из Москвы: «Отсутствие Мейерхольда незаметно; в „Трех сестрах“ он заменен Качаловым, который играет чудесно…»
Одновременно произошла первая встреча Качалова с Горьким: он сыграл в пьесе «На дне». Актер воплотил в образе Барона «одну из самых катастрофических кривых человеческого падения». Горький после премьеры спектакля говорил по поводу Барона: «Я и не подозревал, что написал такую чудную роль. Качалов ее выдвинул и развил и объяснил великолепно».
Крупным событием в жизни театра был шекспировский спектакль «Юлий Цезарь». Через месяц после премьеры Немирович-Данченко написал Чехову: «От Цезаря все чурались, а я говорил, что это самая эффектная роль, и чуть не силой заставил Качалова прославиться». По мнению критиков, актеру удалось достигнуть великолепного сочетания «мрамора и бронзы». Пресыщенный властью честолюбец, счастливый баловень судьбы, обладающий острым умом и железной волей, Цезарь одновременно восхищал и отвращал своим сложным внутренним миром.
В 1903 году Качалов подружился с профессиональным революционером-большевиком — Николаем Бауманом, который, тайно вернувшись в Россию, несколько месяцев скрывался от полиции в квартире Василия Ивановича.
В декабре 1906 года Качалов сыграл на премьере «Бранда» Ибсена. Успех был грандиозным. Затем были роли адвоката Нуллюса в «Анатэме» Л. Андреева и Ивана Карамазова. Качалов говорил: «Я любил в Иване Карамазове его бунт против Бога, навязанного человеку, как камень на шею, его страстную веру в силу разума, дерзновенно разрушающего все преграды на пути к познанию. И эта идея освещала для меня каким-то особенным светом каждое, пусть и страшное переживание Ивана». За такое исполнение роли, писал один из критиков после спектакля «Братья Карамазовы», «некогда венчали золотыми венками».
В 1909 году состоялся спектакль «У врат царства» по пьесе Кнута Гамсуна. Критики писали о качаловском герое Иваре Карено, что это «едва ли не самый совершенный из всех образов, созданных артистом» и что он «предстал прямо в ослепительном блеске». «Бунт Карено — это подлинно человеческий, благородный бунт», — говорил актер.
Вызвала общественную бурю и следующая роль Качалова. Однако на этот раз горячо обсуждалась «вина» артиста", дерзнувшего разрушить традиционную трактовку Глумова — героя комедии Островского «На всякого мудреца довольно простоты». Московские студенты даже обратились к Василию Ивановичу с письмом, в котором говорилось, что они привыкли видеть в нем путеводную звезду: «Качалов — Бранд, Качалов — Карено, Качалов — Тузенбах смутил нас, внес разлад в нашу душу, дав нам Качалова — Глумова. Зачем Вы заставляете нас сочувствовать Глумову против нашего желания, против нашей совести?»
Русская сцена еще не знала такого сатирического Глумова. «…Я поставил задачу, — писал Качалов, — показать, что Глумов не только умен, но и очень талантлив, что в нем живет нечто от сатирического Пушкина и эпиграммиста. И потом Глумов из тех натур, для которых жизнь — увлекательная игра. Эта игра сильнее тешит его, чем правит им злоба на людей или забота о карьере. В основе Глумова лежит чуткий наблюдатель, улавливающий все смешное в окружающих людях».
Тридцать пять разных ролей сыграл Качалов на сцене Художественного театра, прежде чем предстал в образе Гамлета. Постановка была задумана в театре в 1908 году, а премьеру удалось показать только через четыре года.
Известный английский режиссер Гордон Крэг, приглашенный в 1911 году для совместной работы, объяснит неудачу своего символистского замысла прежде всего тем, что Качалов ему не подчинился и захотел создать в Гамлете образ «живого человека». Василий Иванович говорил Н. Эфросу: «Меня больше всего волнует мировая скорбь Гамлета, которую дало ему презрение к жизни за ее несовершенство, скудость, бессмыслицу, зло. <…> Трагедия Гамлета — проклятие от двойного сознания: несовершенства жизни и невозможности обратить ее в совершенство».
Критики сходились во мнении, что Качалов нарисовал совершенно новый портрет принца датского, сведя его с привычного пьедестала, на котором он стоял сотни лет.