С помощью Цезаря Помпей смог провести законы, которыми утверждались сделанные им на востоке распоряжения относительно наделения ветеранов земельными участками в Кампании. Все это привело к тому, что благодаря поддержке римского войска, населения и всадников, которым были облегчены их выкупные контракты, сенатская партия потерпела серьезное поражение и власть перешла в руки триумвиров. Для скрепления союза Цезарь выдал свою единственную дочь за Помпея.
В 58 году до н э. Цезарь отбыл в Галлию, и Помпей во главе комиссии начал выделение ветеранам земельных участков. Кроме того, он построил в Риме новый театр, в котором после освящения были проведены гимнастические состязания и устроена травля диких зверей. Под конец Помпей показал гражданам Рима битву со слонами – невиданное до этого зрелище, поразившее римлян. Оно добавило Помпею как любовь населения, так и зависть к нему его противников. Вскоре в Риме при подстрекательстве демагогов, из которых самым активным оказался сторонник Цезаря Клодий, начались беспорядки. В числе преследуемых оказался и сам Помпей; Клодий несколько раз нападал на него и даже подвергал осаде его дом.
Пока Цезарь совершал свои подвиги в Галлии, Помпей продолжал бездействовать в Риме. Он передал войска и управление провинциями своим доверенным легатам, а сам проводил время со своей женой, переезжая из одного имения в другое. Это окончательно подорвало его авторитет среди римского населения. И когда Помпей попытался вернуть себе прежнюю власть и предложил назначить себя на пять лет проконсулом для упорядочения хлебного вопроса, с предоставлением себе войска и казны, сенат значительно урезал его полномочия. Помпей не получил ни войска, ни казны, ни власти над наместниками.
К этому времени относится начало вражды между Цезарем и Помпеем, который стал видеть в первом своего соперника. Однако время для разрыва между триумвирами пока не пришло. Опасаясь возвышения аристократической партии во главе с Катоном, триумвиры съехались в 56 году до н э. в Луку. Достигнув примирения Помпея с Клодием, Цезарь предложил принять следующие меры: Помпею и Крассу оставаться в должности консулов в 55 году до н э., затем, после истечения своих полномочий, Помпей должен на пять лет отправиться в качестве наместника в Испанию, а Красс – в Сирию; Цезарь сверх положенного срока оставался на пять лет наместником Галлии.
Но Помпей не отправился в Испанию, а под предлогом заботы о столице остался в Риме. Еще более обострились отношения между триумвирами в 54 году до н э., когда при помощи подкупа в консулы были проведены два оптимата. В том же году умерла при родах жена Помпея Юлия, и родственные связи Помпея и Цезаря были тем самым разорваны. А в Сирии вскоре погибает Красс.
Воспользовавшись беспорядками, возникшими в Риме в 52 году до н э. из-за убийства Клодия, Помпей выставил свою кандидатуру на диктаторскую власть и был назначен единоличным консулом. Ему удалось провести законы о подкупах, о буйствах и о праве наместничества в провинции лишь по истечении 5-летнего срока со времени сложения магистратуры.
Отношения Помпея и Цезаря все более обострялись. В 52 году до н э. Помпей женился на дочери Квинта Цецилия Метелла Корнелии – вдове погибшего в войне с парфянами Публия (сына Красса), и тем самым он окончательно связал себя с сенатской партией. Помпей в поисках поддержки против усиливающейся власти Цезаря стремился сблизиться с сенатом и даже допустил, чтобы на 51 год до н э. в консулы были избраны два представителя сената.
Когда в 50 году до н э. Цезарь потребовал для себя консульства, то встретил резкие возражения Помпея, сославшегося на закон, запрещавший соединять магистратуру с промагистратурой. Помпей предложил Цезарю сложить с себя управление Галлией и распустить свои легионы. В ответ на это подкупленный Цезарем оптимат Курион предложил Помпею распустить свои войска и отказаться от наместничества в Испании. Помпей уклонился от определенного ответа, и тогда Курион вынес этот вопрос на рассмотрение всего сената и встретил поддержку. Решение сената также было поддержано и населением Рима. Оптиматы и Помпей решили пойти на крайний шаг и объявили войну Цезарю. Помпей получил полномочия производить набор войска.
Такие чрезвычайные меры были в резком противоречии с осторожным поведением Цезаря, который в начале 49 года до н э. прислал Помпею письмо с предложением сохранить мир. Однако письмо Цезаря было резко отвергнуто, Цезарю было предложено к определенному сроку распустить свое войско под угрозой, что в противном случае с ним поступят как с врагом отечества. В это же время Помпей был назначен главнокомандующим всеми сухопутными и морскими силами республики с неограниченной военной властью и правом свободного распоряжения казной. Вызов был принят, и Цезарь перешел Рубикон.