В 1571 году было совершено нападение турок на принадлежавший венецианцам остров Кипр. Чтобы преградить путь турецкой экспансии на Средиземном море, Филипп II, папа Пий V и Венецианская республика заключили между собой союз, направленный против общего врага; этот союз получил название Священная лига. Вскоре к союзу присоединились Мальта и целый ряд итальянских государств: Генуя, Неаполь, Сицилия, Савойя, Тоскана, Парма и др. Силы союзников насчитывали около 200 галер, 100 кораблей, 50 тысяч пехоты и 4, 5 тысячи конницы. Дон Хуан получил звание главнокомандующего союзным флотом и приказ «вести крест против полумесяца». Сборным пунктом для кораблей союзников был назначен Отранто.
В начале октября корабли союзников вышли в море и у гавани Лепанто в заливе Патраикос встретились с силами турецкого флота под командованием Али-паши, у которого было 210 галер и 66 галиотов.
В начале сражения (6 октября) шесть венецианских галеасов, выдвинутых перед фронтом галер, артиллерийским огнем расстроили боевой порядок турецкого флота, который не имел даже артиллерии. Это вынудило турецкого главнокомандующего идти на абордаж первой линии союзных кораблей. Однако преимущество здесь также было на стороне союзников, встретивших турок, вооруженных лишь холодным оружием и луками, огнем из аркебузов.
К концу сражения турецкий флот потерпел полное поражение, потеряв 224 корабля, из которых 117 было захвачено союзниками. Потери войска дона Хуана не превышали 15 галер. Из неволи было спасено 12 тысяч христианских рабов, томившихся в турецкой неволе. Сражение у Лепанто стало «лебединой песней» галерного флота. Оно показало, что турецких моряков можно побеждать. Однако на сам ход войны победа при Лепанто не повлияла. Антагонизм, царивший между членами Священной лиги, помешал им довести разгром Турции до конца и позволил туркам построить новый флот и удержать остров Кипр.
Победители вернулись в Мессину, и скоро Филипп II охладел к борьбе на Востоке, занявшись другими делами. Он очень подозрительно смотрел на своего младшего брата, стремившегося к самостоятельному положению.
С испанской эскадрой дон Хуан осенью 1573 года высадился на африканский берег, взял Тунис и разрушил Бизерту. Он уже составил план создания здесь собственного государства и надеялся в этом на помощь папы, также желавшего преобразования Триполи в христианское государство, королем которого стал бы дон Хуан. Однако когда дон Хуан обратился к Филиппу II с просьбой признать его королем Туниса, то получил от своего брата не только отказ, но и приказ снести стены Туниса. Король не желал тратить свои силы и средства на защиту такого отдаленного города.
Впоследствии, когда дела отвлекли дона Хуана в Северную Италию, вице-короли Неаполя и Сицилии по приказу из Мадрида сдали туркам не только Тунис, но даже Гелетту, находившуюся в испанских владениях еще со времени походов Карла V.
По окончании войны Филипп II сделал брата генерал-губернатором Милана, а с 1576 года – королевским наместником в Нидерландах. Однако дон Хуан считал эти посты слишком мелкими для себя и мечтал о собственном государстве. Отношения его с Филиппом II резко ухудшились. В нем стало заметно проявление мелкого тщеславия, напоминая всем, что он сын императора. Ранее романтически настроенный, дон Хуан стал теперь бессердечно относиться к своим возлюбленным и к своему многочисленному потомству. Вместе с тем он продолжал лелеять романтические планы освободить находящуюся в заключении в Англии Марию Стюарт и жениться на ней. План этот поддерживал папа, и теперь дон Хуан рассчитывал на его помощь.
Эти мечты рассеялись, когда брат назначил его правителем Нидерландов. Вначале дон Хуан сумел завоевать расположение голландцев, помнивших его отца, к которому они всегда относились с большой симпатией, но затем ситуация осложнилась.
Незадолго до прибытия Хуана в Нидерланды в Генте 8 ноября 1576 года было заключено соглашение между католическими и двумя кальвинистскими провинциями (Голландией и Зеландией) о борьбе за изгнание испанских войск и уничтожение порядков, заведенных здесь герцогом Альбой и его преемниками. От дона Хуана требовалось одобрение этого соглашения и удаление из Нидерландов испанских войск. Лишь после этого он мог быть признан королевским наместником Нидерландов. Вильгельм Оранский вначале советовал арестовать дона Хуана, а затем оставил это намерение и теперь лишь вредил его авторитету.
В январе 1577 года дон Хуан заключил с Генеральными штатами так называемую Брюссельскую унию, преобразованную в феврале в «постоянный эдикт», по которому подтверждалось Гентское соглашение, восстанавливались права и вольности 17 провинций, утверждались права принца Оранского в качестве штатгальтера Голландии и Зеландии. Дон Хуан лишь требовал взамен господствующего положения для католической религии.