Перемирие с Польшей 1600 году не обеспечило России безопасности западных границ. Король Сигизмунд III вынашивал планы широкой экспансии на востоке. Он оказал энергичную поддержку Лжедмитрию I и заключил с ним тайный договор. Взамен самых неопределенных обещаний самозванец обязался передать Польше плодородную Чернигово-Северскую землю. Семье Мнишек, своим непосредственным покровителям, Отрепьев посулил Новгород и Псков. Лжедмитрий не задумываясь перекраивал русские земли, лишь бы удовлетворить своих кредиторов. Но самые дальновидные политики Речи Посполитой, включая Замойского, решительно возражали против войны с Россией. Король не выполнил своих обещаний. В походе Лжедмитрия I королевская армия не участвовала. Под знаменами Отрепьева собралось около двух тысяч наемников — всякий сброд, мародеры, привлеченные жаждой наживы. Эта армия была слишком малочисленной, чтобы затевать интервенцию в Россию. Но вторжение Лжедмитрия поддержало донское казачье войско.
Несмотря на то что царские воеводы, выступившие навстречу самозванцу с офомными силами, действовали вяло и нерешительно, интервенты довольно скоро убедились в неверности своих расчетов. Получив отпор под стенами Новгород-Северского, наемники в большинстве своем покинули лагерь самозванца и ушли за рубеж. Нареченный тесть самозванца и его «главнокомандующий» Юрий Мнишек последовал за ними. Вторжение потерпело провал, но вооруженная помощь поляков позволила Лжедмитрию продержаться на территории Русского государства первые, наиболее трудные, месяцы, пока волны народного восстания не охватили всю южную окраину государства. Голод обострил обстановку.
Когда Борису донесли о появлении самозванца в Польше, он не стал скрывать своих подлинных чувств и сказал в лицо боярам, что это их рук дело и задумано, чтобы свергнуть его. Кажется непостижимым, что позже Годунов вверил тем же боярам армию и послал их против самозванца. Поведение Бориса не было в действительности необъяснимым.
Дворянство в массе своей настороженно отнеслось к самозваному казацкому Царьку. Лишь несколько воевод невысокого ранга перешли на его сторону. Чаще крепости самозванцу сдавали восставшие казаки и посадские люди, а воевод приводили к нему связанными.
Бывший боярский слуга и расстрига Отрепьев, оказавшись на гребне народного выступления против Годунова, попытался сыграть роль казацкого атамана и народного вождя. Именно это и позволило авантюристу, явившемуся в подходящий момент, воспользоваться движением в корыстных целях.
Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно формировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. Самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Войско Лжедмитрия тем не менее было наголову разбито царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 года. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против крепостнического государства. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости решилась судьба династии.
Обуреваемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете.
13 апреля 1605 года Борис скоропостижно умер в Кремлевском дворце. Передавали, будто он из малодушия принял яд. Находившийся при особе царя во дворце Яков Маржарет засвидетельствовал, что причиной смерти Бориса явился апоплексический удар.
Незадолго до кончины Годунов решил доверить командование армией любимому воеводе Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.
Между тем Лжедмитрий медленно продвигался к Москве, посылая вперед гонцов с письмами к столичным жителям. Когда разнесся слух о приближении «истинного» царя, Москва «загудела как пчелиный улей»: кто спешил домой за оружием, кто готовился встречать «сына» Грозного Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле» и усилили стражу. Военные меры имели своей целью «обуздать народ», ибо, по словам очевидцев, «в Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Димитрия».