Но Иеремия не успокоился! Он отправился во дворец и выступил с обвинениями перед самим царем Иоакимом. Он сказал: «Так говорит Господь: «Производите суд и правду и спасайте обижаемого от руки притеснителя, не обижайте и не тесните пришельца, сироты и вдовы, и невинной крови не проливайте на месте этом. Ибо если вы будете исполнять это слово, то будут входит в ворота этого дома цари, сидящие вместо Давида на престоле его. А если не послушаете этих слов, то Мною клянусь, что дом этот сделается пустым». Ибо так говорит Господь дому царя иудейского: «Я сделаю тебя пустынею и города необитаемыми и приготовлю против тебя истребителей, каждого со своими орудиями. И многие народы будут проходить через город этот и говорить друг другу: «За что Господь так поступил с этим великим городом?» И скажут в ответ: «За то, что они оставили завет Господа Бога своего и поклонились иным богам и служили им»". Не плачьте об умершем и не жалейте о нем; но горько плачьте об уходящем в плен, ибо он уже не возвратится и не увидит родной страны своей. А об Иоакиме, сыне Иосии, царе иудейском, Господь говорит так: «Ослиным погребением будет он погребен; вытащат его и бросят далеко за ворота Иерусалима. Всех пастырей твоих унесет ветер, и друзья твои пойдут в плен; и тогда ты будешь пристыжен и посрамлен»». За эти дерзкие и бесстрашные слова Иеремию прогнали вон и заключили под домашний арест.
Борьба за ассирийское наследство между тем продолжалась. Расправившись с ассирийцами, Набопаласар в 607 г. до Р.Х. начал борьбу с Египтом. Более двух лет шли постоянные стычки на берегах Евфрата. В 606 г. до Р.Х. вавилонянам удалось переправиться через реку. Пришло время решительной битвы. Старый больной Набопаласар уже не принимал в ней участия, поручив командование сыну Навуходоносору. Оплотом египтян в Сирии был сильно укрепленный город Каркемиш. Неожиданно форсировав Евфрат, Навуходоносор атаковал египетский лагерь под городскими стенами. В ожесточенном бою вавилоняне сломили сопротивление солдат фараона и на их плечах ворвались в Каркемиш. Потерпев поражение на улицах города, остатки египетской армии в панике бежали к Хамату. Здесь Навуходоносор настиг врагов со своей конницей и перебил большую их часть. Этот разгром произвел сильное впечатление на правителей Сирии, которые тут же безропотно признали власть вавилонского царя. В разгар этих событий старик Набопаласар умер. Навуходоносор поспешил в Вавилон и на 23-й день после кончины отца занял царский трон (он правил в 605–582 гг. до Р.Х.). В следующие годы царь постоянно совершал походы в Сирию и Палестину, постепенно расширяя свои владения. В 604 г. до Р.Х. Навуходоносор взял восставший против него Аскалон, разграбил и разрушил его.
В 603 г. до Р.Х. Навуходоносор заставил признать свою власть иудейского царя Иоакима. Последний не терял надежды освободиться от зависимости и вынашивал планы восстания. Иеремия знал об этом и пытался предостеречь царя от пагубного шага. Однажды он послал во дворец свиток со своими Боговдохновенными пророчествами, но Иоаким сжег его, а пророка повелел схватить и казнить. Иеремия, предвидя это, успел скрыться.
Последующие события показали, что царь напрасно не слушался советов пророка. В 601 г. до Р.Х. Навуходоносор совершил поход к границам Египта, захватил Газу, но не смог победить египтян в сражении. Оппозиционное движение вавилонянам в Сирии и Палестине оставалось очень сильным. Оплотом недовольных была Иудея. В 599 г. до Р.Х. Навуходоносор узнал о тайных сношениях иудейского царя с Египтом и подверг его владения опустошению. В 598 г. до Р.Х. вавилоняне подступили к самому Иерусалиму. Царь Иоаким не решился оказать сопротивление и открыл перед осаждавшими ворота. Навуходоносор велел немедленно казнить его. После этого труп царя был брошен непогребенным за городской стеной.
Престол перешел к сыну Иоакима Иехонии (598–597 гг. до Р.Х.). Но он находился у власти всего сто дней. В начале 597 г. до Р.Х. Навуходоносор во второй раз подступил к Иерусалиму и начал его осаду. До штурма на этот раз также не дошло. Весной город капитулировал. Навуходоносор поступил с побежденным сурово, но никого не казнил. Царь Иехония, вся знать и до 10 тыс. человек отборного населения были насильно переселены в Вавилон. В числе изгнанников оказались видные государственные деятели, военачальники, священники и книжники. В плен ушли также многие солдаты, все богатые ремесленники, художники и строители, так что в иудейской столице не осталось ни кузнецов, ни плотников – одни только бедняки. Навуходоносор вывез из Иерусалима все сокровища храма и сокровища царского дома. Золотые сосуды, сделанные в свое время Соломоном, были изломаны и переплавлены в слитки.