Положение повстанцев поначалу было очень тяжелое. Сирийцы взяли Иерихон, Эммаус, Газару, а также многие другие иудейские города. Ионафан и его сподвижники отступили к озеру Асфар и укрылись в болотистой местности на его берегах. Вакхид узнал об этом и неожиданно напал на иудеев с большим отрядом. Однако Ионафан встретил врага во всеоружии и крепко бился с ним среди болот. Когда положение сделалось опасным, евреи, бросившись в Иордан, переплыли на другой берег. Вакхид, который потерял многих солдат, не решился преследовать их и вернулся в Иерусалим.
В 159 г. до Р.Х. первосвященник Алким начал разрушать стены вокруг храма, но внезапно был поражен ударом и умер. Вакхид ушел обратно к царю, расставив во всех городах крепкие гарнизоны. В течение двух лет в Иудее сохранялся хрупкий мир. Ионафан занял в пустыне город Вефваси и хорошо укрепил его. Вакхид подступил к городу, подвел к его стенам машины и долгое время вел безуспешную осаду. Иудеи, во главе которых стоял брат Ионафана Симон, сделав вылазку, сожгли все осадные орудия. Вакхиду пришлось уйти.
Его поражение ослабило власть сирийцев над Иудеей. Ионафан утвердился в Махмасе, а весь окрестный народ признал его своим правителем.
Между тем сирийцы были отвлечены от Иудейской войны собственными междоусобиями. Чтобы избавиться от Деметрия I, его враги придумали подучить некоего молодого человека по имени Балас выдать себя за Александра, сына Антиоха IV Епифана. Самозванец в 153 г. до Р.Х. высадился в Сирии и завладел Птолемаидою (этот город до македонского завоевания назывался Акко; при Птолемеях он превратился в морские ворота Северной Палестины и имел большое стратегическое значение). Деметрий должен был готовиться к тяжелой войне. Ионафан мог легко пристать к его противнику. Чтобы не допустить этого, Деметрий поспешил заключить с ним выгодный мир. Царь позволил ему набирать войска и приготовлять оружие, а также выдал ему всех заложников, которые томились в иерусалимской крепости. Ионафан прибыл в Иерусалим и прочитал перед народом царское письмо. Его враги, напуганные таким поворотом дел, на время присмирели. А Ионафан, поселившись в столице, начал спешно отстраивать крепостные стены вокруг горы Сион.
Александр Балас также постарался привлечь иудеев на свою сторону. Он написал Ионафану письмо и объявил, что ставит его первосвященником в Иерусалиме. Когда Деметрий узнал, что Ионафан облекся в мантию первосвященника, он, в свою очередь, даровал иудеям новые льготы: освободил их от многих податей, а Иерусалим отдал под полную власть первосвященника. Но даже такими посулами он не смог переманить евреев на свою сторону: слишком хорошо помнили они то зло, которое претерпели от него.
В 150 г. до Р.Х. два претендента на сирийский престол сразились друг с другом. В конце концов армия Александра, которому оказал сильную поддержку его тесть египетский царь Птолемей VI, одержала победу. Деметрий погиб в бою. Александр Балас (150–145 гг. до Р.Х.) завладел его престолом. Ионафан пользовался при нем большим почетом.
Впрочем, спокойное царствование Баласа продолжалось только три года. В 147 г. до Р.Х. у него появился грозный соперник – сын Деметрия I, также Деметрий. Ионафан отложился от Александра и повел себя как независимый правитель. Он двинулся к морю и овладел Иоппией. Отсюда иудейское войско отправилось к Азоту, где бесстрашно сразилось с наместником Келесирии Аполлонием.
Сирийцы были разбиты, Азот – сожжен. Затем Ионафан подступил к Аскалону и овладел этим городом. Александру пришлось признать его завоевания, поскольку его положение ухудшалось с каждым днем. Египетский царь Птолемей рассорился с зятем, отнял у него свою дочь Клеопатру и выдал ее за Деметрия. Александр двинулся против врагов, но был разбит ими. Он бежал к набатейским арабам, однако тамошний царь велел его казнить, а голову отослал Птолемею. Деметрий II (145–141 гг. до Р.Х.) сделался сирийским царем. Он оказался ничем не лучше своего беспутного отца: вел беспорядочную, праздную жизнь и вовсе не интересовался делами. Войску между тем постоянно задерживали жалование, и солдаты были сильно этим раздражены.
У Александра Балсы был полководец по имени Трифон. Он узнал, что все войско ропщет на Деметрия, и привез из Набатеи в Сирию малолетнего сына своего прежнего господина по имени Антиох. Наемники тотчас перешли на его сторону. Трифон овладел сирийской столицей Антиохией и провозгласил царем своего ставленника Антиоха VI (141–140 гг. до Р.Х.). Деметрий бежал из Сирии в Месопотамию. Ионафан признал нового государя, выступил против военачальников Деметрия и разгромил их на равнине Насор. В то же время он старательно укреплял Иерусалим, а городскую крепость (по-прежнему занятую сирийцами) обнес внешней стеной, чтобы ее гарнизон не мог учинять неожиданные нападения на город.