Получив весть о разгроме, Деметрий в 161 г. до Р. Х. послал в Иудею новую карательную армию во главе с Вакхидом. Врагов было много. Значительное число иудеев устрашилось и оставило Иуду. Маккавей был опечален их трусостью, но не захотел отступить перед Вакхидом. Он сказал своим сподвижникам: «Встанем и пойдём на наших противников! Быть может, Бог опять пошлёт нам победу». Советники отговаривали его от этого неблагоразумного шага, но Иуда настоял на своём. Он сказал: «Не было со мной такого прежде, и не будет никогда, чтобы я бежал перед врагом! Если пришёл наш час умереть, встретим смерть мужественно и не посрамим нашей былой славы!» Евреи напали на сирийцев у деревни Вифзифы и бились с ними всю ночь. Иуде удалось опрокинуть правое крыло неприятеля. Он стал преследовать бегущих, но тут враги с левого фланга ударили ему в тыл. Началась яростная сеча. Иуда, храбро отбивавшийся от врагов, пал в этом бою, а прочие обратились в бегство.
Ионафан
По смерти Иуды повсюду возобновились беззакония и поднялись все деятели неправды. Иудея была разорена дотла. Свирепствовал голод. Люди тяжко страдали от угнетения, но должны были подчиняться сирийским ставленникам. Отступники разыскивали друзей Маккавея и приводили их к Вакхиду, который жестоко мстил им за прежние успехи. Тогда вожди повстанцев собрались вместе и сказали Ионафану, младшему сыну Маттафии: «С того времени, как скончался твой брат, нет подобного ему мужа, чтобы выйти против врагов и Вакхида. Теперь мы избрали нашим начальником тебя, чтобы ты стал вождём вместо Иуды и продолжал войну».
Положение повстанцев поначалу было очень тяжёлое. Сирийцы взяли Иерихон, Эммаус, Газару, а также многие другие иудейские города. Ионафан и его сподвижники отступили к озеру Асфар и укрылись в болотистой местности на его берегах. Вакхид узнал об этом и неожиданно напал на иудеев с большим отрядом. Однако Ионафан встретил врага во всеоружии и крепко бился с ним среди болот. Когда положение сделалось опасным, евреи, бросившись в Иордан, переплыли на другой берег. Вакхид, который потерял многих солдат, не решился преследовать их и вернулся в Иерусалим.
В 159 г. до Р. Х. первосвященник Алким начал разрушать стены вокруг храма, но внезапно был поражён ударом и умер. Вакхид ушёл обратно к царю, расставив во всех городах крепкие гарнизоны. В течение двух лет в Иудее сохранялся хрупкий мир. Ионафан занял в пустыне город Вефваси и хорошо укрепил его. Вакхид подступил к городу, подвёл к его стенам машины и долгое время вёл безуспешную осаду. Иудеи, во главе которых стоял брат Ионафана Симон, сделав вылазку, сожгли все осадные орудия. Вакхиду пришлось уйти. Его поражение ослабило власть сирийцев над Иудеей. Ионафан утвердился в Махмасе, а весь окрестный народ признал его своим правителем.
Между тем сирийцы были отвлечены от Иудейской войны собственными междоусобиями. Чтобы избавиться от Деметрия I, его враги придумали подучить некоего молодого человека по имени Балас выдать себя за Александра, сына Антиоха IV Епифана. Самозванец в 153 г. до Р. Х. высадился в Сирии и завладел Птолемаидою (этот город до македонского завоевания назывался Акко; при Птолемеях он превратился в морские ворота Северной Палестины и имел большое стратегическое значение). Деметрий должен был готовиться к тяжёлой войне. Ионафан мог легко пристать к его противнику. Чтобы не допустить этого, Деметрий поспешил заключить с ним выгодный мир. Царь позволил ему набирать войска и приготовлять оружие, а также выдал ему всех заложников, которые томились в иерусалимской крепости. Ионафан прибыл в Иерусалим и прочитал перед народом царское письмо. Его враги, напуганные таким поворотом дел, на время присмирели. А Ионафан, поселившись в столице, начал спешно отстраивать крепостные стены вокруг горы Сион.
Александр Балас также постарался привлечь иудеев на свою сторону. Он написал Ионафану письмо и объявил, что ставит его первосвященником в Иерусалиме. Когда Деметрий узнал, что Ионафан облёкся в мантию первосвященника, он, в свою очередь, даровал иудеям новые льготы: освободил их от многих податей, а Иерусалим отдал под полную власть первосвященника. Но даже такими посулами он не смог переманить евреев на свою сторону: слишком хорошо помнили они то зло, которое претерпели от него.
В 150 г. до Р. Х. два претендента на сирийский престол сразились друг с другом. В конце концов армия Александра, которому оказал сильную поддержку его тесть, египетский царь Птолемей VI, одержала победу. Деметрий погиб в бою. Александр Балас (150–145 гг. до Р. Х.) завладел его престолом. Ионафан пользовался при нём большим почётом.
Впрочем, спокойное царствование Баласа продолжалось только три года. В 147 г. до Р. Х. у него появился грозный соперник — сын Деметрия I, также Деметрий. Ионафан отложился от Александра и повёл себя как независимый правитель. Он двинулся к морю и овладел Иоппией. Отсюда иудейское войско отправилось к Азоту, где бесстрашно сразилось с наместником Келесирии Аполлонием.