При императоре Домициане (81–96), когда начались гонения на христиан, Иоанн был сослан на остров Патмос. Случилось так, что на пути к месту ссылки на корабль обрушилась сильная буря и унесла его далеко в море. Вскоре вышла вся пресная вода. Моряков и воинов стала донимать сильная жажда. Тогда Иоанн велел Прохору: «Наполни кувшины морской водой!» Когда сосуды были наполнены, апостол сказал: «Во имя Иисуса Христа черпайте и пейте!» Воины попробовали воду, и оказалось, что в кувшинах содержится пресная вода, такая свежая и прохладная, словно только что взятая из ключа. Поражённые этим чудом, многие спутники Иоанна крестились.
Поселившись на Патмосе, Иоанн продолжал проповедовать христианство и многих обратил в свою веру. На этом острове был храм Аполлона. Жрецы храма увидели, что последователей Христа становится всё больше, а приверженцев их бога — всё меньше, и сильно встревожились. Они стали думать над тем, как бы им опорочить Иоанна, и тут вспомнили об одном знаменитом колдуне по имени Кинопс, который жил неподалёку. Они приехали к нему и стали молить о помощи. Кинопс сначала не соглашался на их просьбы, но потом уступил их настояниям.
Колдун приплыл на Патмос и явился к тому дому, где жили Иоанн и Прохор. Увидев, что они проповедуют перед народом, Кинопс сказал: «Мужи славные! Гладко говорит Иоанн, но вы не верьте ему. Пойдёмте на берег, и там каждый из нас покажет, на что он способен. Если Иоанн окажется сильнее меня, значит его Бог Истинный. А если я окажусь сильнее, значит истинный бог — Аполлон!»
Так говорил хитрый Кинопс, хотя прекрасно знал, что Аполлон не бог, но всего лишь мраморный идол. Сам же он общался с демонами и надеялся с их помощью одолеть Иоанна. Когда все пришли к морю, Кинопс спросил у одного юноши: «Жив ли твой отец?» Тот отвечал: «В прошлом месяце он утонул вместе со своим кораблём». Кинопс сказал апостолу: «Теперь, Иоанн, покажи свою силу и сделай так, чтобы отец этого юноши явился сюда живым». Иоанн возразил: «Иисус Христос не дал мне такой силы, чтобы извлекать мёртвых из моря!» Кинопс захохотал и сказал народу: «Видите теперь, что Иоанн льстец и обманщик? Теперь посмотрите, что я могу при помощи моего бога!» С этими словами колдун бросился в волны. Вскоре он вышел на берег, держа на руках отца юноши. Все изумились, а Кинопс спросил: «Твой ли это отец?» — «Да, господин!», — обрадовался юноша. Колдун прочитал заклинание, и на диво всем утопленник ожил. Кинопс спросил у Иоанна: «Удивляешься моему могуществу?» Но Иоанн возразил: «Не удивляюсь, и говорю тебе, что во второй раз ты этого не сделаешь!»
Колдун усмехнулся и вновь прыгнул в воду. А Иоанн подбежал к берегу и стал громко молить Господа, чтобы Он лишил Кинопса жизни. В тот же миг море закипело, возмутилось и поглотило колдуна. На берег он больше никогда не вернулся. А Иоанн повернулся к ожившему утопленнику и сказал ему: «Во имя Иисуса Христа стань тем, кто ты есть на самом деле!» С того спала человеческая личина, и все увидели перед собой страшного демона. Апостол сказал людям: «Видите, с чьей помощью хотел смутить вас этот колдун? Ясно теперь, какому богу он служит?» Апостол помолился ещё раз, и бес исчез с их глаз.
Иоанн прожил на Патмосе несколько лет и благодаря многим чудесам приобрёл большую известность. Когда, после кончины императора Домициана, апостол в 96 г. получил свободу, многие на острове уже приняли христианство. Именно для нужд этой общины Иоанн написал своё знаменитое Евангелие, которое во многих местах отличалось от трёх более ранних, написанных Матфеем, Марком и Лукой, ибо оно содержало в себе рассказ о том, о чём не сообщали другие евангелисты. Напротив, многие известные факты Иоанн в своём рассказе опустил. Кроме того, четвёртому Евангелию в гораздо большей степени было свойственно догматическое ударение. В особом озарении Духа орлиному взору Иоанна открылось в истории земного служения Христова то, что было закрыто для его предшественников. У Иоанна гораздо резче, чем у других евангелистов, подчёркивается, что Христос — Сын Божий, пришедший с Небес, но в то же время Иоанн едва ли не чаще других евангелистов оттеняет Его человеческую природу, говорит о смирении Иисуса, Его дружеских чувствах, усталости, скорби, слезах. Несомненным достоинством Евангелия от Иоанна является его высокая художественная форма. Иоанн был мастер диалога и драматических картин, от которых нередко веет живыми воспоминаниями очевидца. С первых глав Евангелия Иоанн говорит об Иисусе, как начале жизни для верующих в Него. Только Иоанн приводит беседу Иисуса с Никодимом и самарянкой, а также Его учение о Хлебе Живом, где эта мысль проходит красной нитью. Своё завершение она нашла в последнем поучении Христа Его ученикам во время Тайной вечери. Здесь окончательно становится ясным, что принятие в снедь Тела и Крови Сына Человеческого является, как исполнение веры, условием жизни вечной и воскресения в последний день. Таким образом, раскрывается смысл таинства причастия.