В 13 часов Наполеону сообщили, что резервные дивизии французской кавалерии развертываются на исходных позициях, а следом за ними выстраиваются в боевой порядок две свежие дивизии из корпуса маршала Нея. Когда же, наконец, колонны Сульта и Ожеро, завершив маневр, дружно ударили по противнику с флангов, Наполеон отдал приказ к решительной атаке всеми силами, включая резервы. В генеральном наступлении французские войска опрокинули прусско-саксонские линии и обратили их в бегство. Бегство было всеобщим и паническим. Один лишь саксонский гренадерский батальон держался стойко. Он окружил князя Гогенлоэ и медленно совершал правильное отступление.
В 14 часов дня, когда битва при Иене была безвозвратно проиграна, на поле боя, наконец, появился генерал Рюхель со своими 15 тысячами человек. Однако он уже не мог исправить положение. Вместо того чтобы прикрыть отступление разбитой армии, Рюхель ринулся в бой, но через полчаса был отброшен и совершенно разбит, увеличив тем самым число прусских потерь.
Бегущих пруссаков и саксонцев преследовала французская кавалерия во главе с маршалом Мюратом. Часть армии князя Гогенлоэ бросилась к Веймару, надеясь найти спасение в городе. Но всадники Мюрата на плечах отступающих ворвались на городские улицы и, разгоряченные преследованием, рубили всех, кто попадался под руку, не слушая криков о пощаде, не беря в плен. Сотни обезумевших людей гибли под клинками французов, давили друг друга, погибали под копытами лошадей. Прусская армия была наголову разгромлена.
Часть беглецов во главе с Гогенлоэ устремилась к Наумбургу, надеясь соединиться с армией герцога Брауншвейгского. Но неожиданно под Буттельштадтом к ним присоединились толпы других беглеце кричащие о том, что армия герцога разбита. Действительно, в тот день, когда Наполеон громил Гогенлоэ, маршал Даву ушёл в Ауэрштед и наголову разбил войска герцога Брауншвейгского. Поистине, 14 октября 1806 года стал черным днем Пруссии. Ее армия, на которую возлагалось столько надежд и которая должна была «шапками закидать французов», перестала существовать в один день. Разгром был полный и совершенный.
В сражениях при Иене и Ауэрштедте пруссаки потеряли более 20 тысяч человек убитыми и ранеными и 18 тысяч пленными. 200 пушек оказались в руках французов. 20 генералов погибли, были ранены И попали в плен. (Харботл Т. Битвы мировой истории. М., 1993. С. 17 Через 13 дней после Иены и Ауэрштедта Наполеон в сопровождении четырех маршалов, конных гренадер и гвардейских егерей торжественно въехал в Берлин. А 8 ноября, то есть ровно через месяц после начала войны, французским войскам сдалась первоклассная сильная крепость Магдебург. Пруссия была покорена. Победа Наполеона в этой войне была сокрушительной и полной. После Йены и Аурштедта молниеносно проявилась растерянность прусского правительства и генералов, а так же полный отказ от сопротивления и абсолютная покорность населения. Иена, как считал сам Наполеон, была третьим, после Маренго Аустерлица, самым счастливым днем в его жизни.
Сражение при Прейсиш-Эйлау (1807 год)