Неудачи Бонапарта в Испании укрепили позиции его противник Западной Европе. В Пруссии стал поднимать голову немецкий национализм, а в Вене все отчетливей зазвучал голос военной партии. Начину весны 1808 года Австрия тайно вооружалась, готовясь к войне. Пресбургский мир, завершивший войну в 1805 году, лежал тяжелым грузом на Австрии. Габсбургская монархия не желала играть роль праздного свидетеля растущего могущества Наполеона, и поэтому военный конфликт между двумя державами был неизбежен. Австрия мечтала о реванше, и после событий в Испании эти мечты стали приобретать все более реальные очертания. Благодаря усилиям эрцгерцога Карла-Людовика австрийская армия претерпела значительные изменения. Помимо регулярных войск, стране были созданы отряды территориальной обороны, которые должны были служить резервом для основной армии.
8 февраля 1809 года партия войны одержала верх в Вене. Австрийского монарха убедили в необходимости незамедлительно воспользоваться субсидиями, которые предлагала Англия на тот случай, если Австрия начнет войну. И Австрия решилась. Были сформированы три армии — немецкая, итальянская и галицкая, на что ушли все наличные силы государства. Австрийский двор, аристократия, среднее дворянство были единодушны. Даже венгерское дворянство, всегда недоброжелательное к Габсбургам, теперь выступало с ними за одно. Война 1809 года была намного популярнее в народе, чем предыдущие войны с Наполеоном (1796/1797,1800 и 1805 годов).
Напрягая все силы, Австрия выставила против Франции войска, численностью более чем в 300 тысяч человек, разделенные на 3 армии — немецкую, под непосредственным командованием эрцгерцога Карла; итальянскую, под началом его брата эрцгерцога Б. И. Иоанна, и, наконец, галицийскую под руководством второго брата Карла — И.И.Б. эрцгерцога Фердинанда.
Общее командование тремя этими армиями осуществлял эрцгерцог Карл — опытный и талантливый военачальник. За его плечами были громкие победы над лучшими, после Бонапарта, генералами французской армии — Журданом, Моро, Массена. Все три армии были в основном сконцентрированы в Чехии, где также был сформирован добровольческий легион.
Первоначальный план кампании предполагал превентивное наступление на Рейне, которое, по мнению австрийского командования, вовлекло бы в конфликт Пруссию. Это могло спровоцировать общенациональную войну против французов. Однако в последний момент эрцгерцог Карл изменил планы и решил предпринять наступление в Баварию с целью поднять ее население против Франции. Брат Карла, эрцгерцог Иоанн, намеревался нанести поражение французам в Италии, а третья армия должна была оккупировать Варшаву. На стороне Австрии выступала только Англия, дававшая золото и обещавшая военную поддержку в виде диверсий на Пиренейском полуострове.
Наполеон прекрасно был осведомлен о планах австрийцев. В январе 1809 года он вернулся из Испании и немедленно приступил к действиям. Учитывая, что около 300 тысяч отборных солдат Великой Армии оставались на Пиренейском полуострове, император приказал произвести во Франции новый досрочный набор, дававший ему 100 тысяч человек, еще 100 тысяч солдат выставили подчиненные Наполеону государства Германии. В распоряжении армии было 300 млн. франков. Таким образом, материальные силы противоборствующих сторон были равны, но, как метко отметил русский военный историк Н. П. Михиевич «…на стороне Франции был гений Наполеона». (Михиевич Н. П. «История военного искусства с древнейших времен до начала девятнадцатого столетия». СПб., 1896. С.486.)
10 апреля 1809 года войска эрцгерцога Карла численностью в 130–150 тысяч человек вторглись в Баварию. Переправившись через р. Инн, австрийцы разбили баварские силы, но поднять население на борьбу не смогли. Эрцгерцог просчитался, Бавария осталась верна Наполеону. Дожди и перебои со снабжением остановили продвижение австрийцев, чем незамедлительно воспользовался Наполеон. Узнав о начале кампании, Наполеон выехал из Парижа в армию. 19–23 апреля в пятидневном бою под Регентсбургом австрийцы потерпели поражение. Разбитый эрцгерцог отступил на левый берег Дуная. Преследуя отступающего неприятеля, Наполеон перешел Дунай и, в бою у Эберсберга, вновь одержал победу. При этом город Эберсберг был сожжен французами дотла, и часть населения погибла во время пожара.