Афганская оппозиция активно использовала ошибки новой власти во главе с Кармалем, которая спешила с проведением аграрной реформы, занимала ошибочную позицию в отношении служителей культа, форсировала введение закона о женском равноправии, в том числе открытие школы для девочек и др. Социальной опорой оппозиции были и многочисленные беженцы, из которых на территории Пакистана формировались с помощью американских военных инструкторов отряды душманов. Большую часть вооружения эти отряды получали от США, Пакистана, Саудовской Аравии и Великобритании, в том числе ракеты «земля — воздух» М-66, миниатюрный ракета «красный глаз», минометы, огнеметы, базуки, а также химическое оружие и даже нервно-паралитическое вещество 517 Си-Эс.
Начиная с зимы 1980/81 года, оппозиция усилила диверсионно-террористическую деятельность. Вместо крупных формирований в 500-1000 человек начали действовать небольшие отряды по 30–50 человек и даже более мелкие группы, состоящие из 2–3 террористов. Объектами диверсий стали промышленные предприятия, транспорт, ирригационные и энергетические сооружения. В ходе этих действий оппозиции заметные потери стал нести советский военный контингент, который, прежде всего, и использовался для выполнения задач по охране государственных и других объектов ДРА. Если в 1979 году потери личного состава составили 86 человек, то в 1980-м — 1484, в 1981 году — 1298, в 1982 году — 1948, в 1983 году — 1446, в 1984 году 2343, в 1985 году — 1868, в 1986 году — 1333, в 1987 году — 1215, 1988 году — 759, в 1989 году — 53 человека. (Ляховский А. А. Трагедия и доблесть Афганистана. М., 1995, приложение № 14.)
Безвозмездные потери личного состава советских войск в целом за весь период афганской войны составили 13 310 человек убитыми, 35 478 — ранеными и 311 — пропавшими без вести. Ежегодно война стоила советскому народу 5 млрд. рублей. (Письмо ЦК КПСС по Афганистану от 10 мая 1988 г. Цит. по: Ляховский А. А. Трагедия и доблесть Афганистана. М., 1995, приложение № 8.) Кроме этого, в Афганистане погибло 585 сотрудников КГБ СССР, 28 сотрудников МВД СССР и 180 военных советников, переводчиков и других специалистов. (Там же, приложение № 14.)
Почти сразу же после введения советских войск начали предприниматься попытки политического решения «афганской проблемы». Однако только в 1986 году руководство ДРА выдвинуло программу политики национального примирения. На этот новый курс прямое влияние оказала начавшаяся в СССР перестройка и новое политическое мышление советского руководства во главе с М. С. Горбачевым в области внешней политики. Политика национального примирения включала в себя: переговоры с вооруженной оппозицией; создание условий для возвращения на родину всех беженцев; политическую и военную амнистию всем афганцам, прекратившим борьбу против существующего правительства, и даже формирование коалиционного правительства. В результате этой новой политики к руководству НДПА пришли новые силы, а генеральным секретарем ЦК с мая 1986 года стал М. Наджибулла. 30 ноября 1987 года в соответствии с новой конституцией Афганистана на собрании представителей всех слоев населения Наджибулла был избран президентом страны.
После этого правительство ДРА разрешило беспрепятственное возвращение на родину всем беженцам, гарантировало права и свободы всем гражданам ДРА, прекратившим вооруженную борьбу, а к октябрю 1989 года подписало соглашения о прекращении боевых действий с 2/3 всех полевых командиров афганской оппозиции.
В конце 1988 — начале 1989 года были проведены встречи между представителями СССР и афганской оппозицией, а также с представителями пакистанского, иранского руководства и бывшим королем Афганистана М. Захир Шахом о прекращении войны, восстановлении мира в стране и формировании коалиционного правительства. В рамках этих переговоров СССР подтвердил, что выполнит полностью взятые на себя в Женеве 14 апреля 1988 года обязательства по политическому урегулированию положения вокруг Афганистана. К 15 февраля 1989 года был завершен вывод советских войск из Афганистана, за которым осуществлялся контроль наблюдателями ООН.