К этому времени в Риме углубился политический кризис, обострилась борьба двух основных партий — оптиматов и популяров. Оптиматы (от опти — лучший), выражая интересы нобилитета, защищали авторитет сената, консервативные интересы римского государства. Гней Помпеи получил широкие полномочия для поддержания порядка в стране. В 52 году Помпеи впервые в римской истории был избран единственным консулом, то есть получил единоличную, фактически диктаторскую, высшую правительственную власть. Кроме того, Помпеи исполнял обязанности проконсула-наместника испанских провинций и имел большие полномочия по снабжению гима продовольствием. Такое сосредоточение разных полномочий в одних руках также практиковалось впервые в истории Римской республики. Имея под своей командой сильную армию в Испании, опираясь на содействие сената и относительное спокойствие городского плебса в Риме, Помпеи сделал первые шаги, направленные против своего соперника Гая Юлия Цезаря. Он подготавливал законопроект, по которому Цезарь должен был сложить с себя полномочия по управлению Галлией, предстать перед сенатом с отчетом о своих действиях в этой провинции и распустить свои легионы. Устранение Цезаря с политической арены привело бы Помпея к единоличной власти. И сенат, поддерживавший Помпея, и Цезарь это понимали. Но если часть сената преследовала цель победить сначала одного претендента на единоличную власть, а потом второго, то Цезарю приходилось решать очень сложный вопрос: или вовсе отказаться от политической деятельности, или начать вооруженную войну с Помпеем и поддерживающим его сенатом.
Популяры (от попула — народ) опирались на народное собрание и были партией римского плебса, принявшего сторону Цезаря. Сам Цезарь, как опытный политик, прекрасно понимал, что вооруженное выступление против коалиции Помпея и сената как верховного органа Римской республики означало начало кровопролитной гражданской войны с непредсказуемыми последствиями. Однако дело состояло не только в удовлетворении личного честолюбия Цезаря и желании захватить верховную власть в государстве, оттеснив от ее кормила коррумпированную и неспособную к управлению огромной державой римскую аристократию. За Цезарем стояла многочисленная, хотя и разнородная, политическая группировка, которая отражала интересы различных слоев римского общества — муниципальных собственников, части всадничества и даже некоторых кругов сенатской аристократии, заинтересованных в реформировании устаревшего государственного устройства.
В 49 году до н. э. истекал пятилетний срок полномочий Юлия Цезаря по управлению Галлией. Сенат не продлил эти полномочия. Оптиматы добились постановления сената о роспуске Цезарем своих легионов и сложении полномочий. Цезарь не подчинился, и сенат поручил командовать войсками против него Помпею.
10 января 49 года один из легионов Цезаря форсировал пограничную р. Рубикон, отделяющую провинцию Цизальпинская Галлия от собственно Италии. Жребий был брошен. Так началась гражданская война.
По численности военные силы Цезаря и Помпея были более или менее равными (по 12–14 легионов у каждого), но армия Цезаря была монолитной, имела большой опыт ведения войны в Галлии, была отмобилизована. Армия Помпея была раздроблена на 2 группировки: 6 легионов стояло в Африке, 8 легионов — в Испании. Свыше 10 лет армия Помпея не участвовала в крупных войнах.
План ведения войны Цезаря состоял в том, чтобы не допустить набора воинов в Италии для Помпея и захватить государственную казну, из которой затем финансировать содержание своих войск. События гражданской войны развивались именно по такому сценарию.
В результате активных действий легионов Цезаря Помпеи бежал в Грецию и обосновался во временной столице — г. Лариса. В июне 48 года армия Цезаря двинулась к Ларисе.
Решающее сражение в гражданской войне в Риме (49–45 годы до н. э.) произошло по одним сведениям 6 июня (Разин Е. А. История военного искусства. «Полигон» 1994. С. 388), по другим — 29 июня (Советская Военная Энциклопедия. В 8-и т. М., 1980. С. 249) 48 года у города Фарсала (Греция) между войсками Гая Юлия Цезаря и войсками римского сената под командованием Гнея Помпея.
Войска Помпея преградили Цезарю путь у Фарсала, заняв сильную укрепленную позицию. В нескольких километрах от нее на равнине Цезарь расположил свою армию в укрепленном лагере, почти ежедневно строя боевой порядок и вызывая противника на бой.