Здесь корабли, шедшие по Клязьме, поворачивали к княжеской резиденции, и церковь служила как бы выдвинутым вперед элементом роскошного ансамбля, его торжественным монументом. Задача, поставленная перед зодчими, была очень сложной, поскольку намеченное для постройки место лежало в заливаемой пойме. Поэтому зодчий, заложив фундамент, возвел на нем каменный цоколь высотой почти четыре метра и засыпал его землей. Получился искусственный холм, который облицевали тесаными каменными плитами. На этом цоколе, как на пьедестале, и была воздвигнута церковь.
Церковь Покрова на Нерли рождалась в беспокойное, но и светлое утро для земли Владимирской, когда в глазах современников небесный покров как будто действительно осенял державу великого князя Андрея. Поддерживаемая «мизинными людьми», крепла власть владимирского правителя над корыстным боярством, и высока была рука его на недругов. Вздыбленных барсов на щитах Андреевых ратников видели под своими стенами Киев и Новгород, и золотое солнце южных степей текло по копьям суздальских дружин.
Из далекого Вышгорода вывез князь в Залесский край знаменитую византийскую икону Богородицы с младенцем, которой суждено было стать под именем «Владимирской» настоящим палладиумом Древней Руси. Прибытие иконы ознаменовалось чудесами, в которых владимирцы могли усмотреть особое расположение к ним царицы небесной. Кони, везшие икону в Ростов, не смогли сдвинуть ее с «возлюбленного богом места», на котором позднее и вырос княжеский Боголюбовский замок. Полагали, что только милостью остались живы-здоровы неосторожные зеваки, пришедшие полюбоваться на построенные Андреем в столице Золотые ворота и погребенные под их рухнувшими полотницами. Пребывание иконы во владимирских войсках во время похода на Волжскую Болгарию (1164 год) предрешило в глазах современников его победоносный исход. В атмосфере этих чудес и возникла церковь, посвященная новому празднику в честь Богородицы – Покрову.
Инициативу создания праздника приписывают самому Андрею Боголюбскому и владимирскому духовенству, обошедшимся без санкции киевского митрополита. Появление нового богородичного праздника во Владимиро-Суздальском княжестве представляется явлением закономерным, вытекающим из политических устремлений князя Андрея. В «Слове на Покров» есть моление о том, чтобы Богородица защитила божественным покровом своих людей «от стрел, летящих во тьме разделения нашего», моление о необходимости единения русских земель.
Легенда говорит, что храм в устье Нерли был посвящен победоносному походу владимирских полков в Волжскую Болгарию в 1164 году, и болгары в качестве своего рода контрибуции якобы возили сюда камень. В благополучном исходе этого военного похода современники видели явное свидетельство покровительства Богоматери владимирскому князю и владимирской земле. Косвенным указанием на связь праздника и церкви Покрова с военными мероприятиями князя Андрея могут служить зарисованные в прошлом веке Ф.А. Солнцевым фрагменты ныне уже утраченной фресковой росписи барабана нерльского храма. В простенках между окнами здесь помещались не апостолы и не пророки, а мученики, похода «за веру христианскую». Павшие владимирские воины (и среди них княжич Изяслав, сын Андрея Боголюбского) и должны были быть сопричислены при этом лику мучеников.
Храм Покрова на Нерли так легок и светел, словно сложен не из тяжелых каменных квадр. Все конструктивные и декоративные средства выражения подчинены здесь одной цели – передаче изящной стройности здания, его устремленности ввысь.
Ритм архитектурных линий Покровской церкви можно уподобить ритму уносящихся под своды песнопений молящихся в честь Девы Марии. Это как бы материализовавшаяся в камне лирическая песнь. Недаром древние воспринимали художественный образ архитектурного сооружения как «гласы чудные от вещей», подобные гласу труб, славящих Бога и святых.
Скульптурная фигура библейского певца венчает средние закомары фасадов храма по излюбленному в средневековье принципу троичности. Своим появлением на стенах нерльской церкви она обязана, видимо, житию Андрея Юродивого. В одном из видений Андрея говорится о Давиде, который во главе сонма праведников пением славил Богородоицу в храме Софии. «Слышу Давида, поюща тебе: Приведутся девы вослед тебе, приведутся в храм царев...». Давид считался одним из пророков, предвозвестивших божественную миссию Марии. Богоматерь называли «Давидовым проречением».
Тема прославления Марии звучит и в девичьих масках, вытянувшихся в ряд над верхними окнами фасадов. Эти девичьи лики с косами есть и на фасадах других владимирских богородичных храмов, и только богородичных.
Труднее поддаются расшифровке зооморфные образы (птицы, львы, «когтящие» грифоны), окружающие Давида. Символика их, вследствие сложностей путей развития средневекового искусства, многозначна. По мнению Н.Н. Воронина, эти образы восходят к тем текстам Псалтири, «где душа псалмопевца уподобляется голубю, а враги – льву».