Думается, далеко не случайно Даниила Андреева мобилизовали в Красную армию именно во второй половине 1942 года, когда операция «Монастырь» вошла в свою активную фазу и в Москве появились курьеры абвера. Очевидно, чекисты опасались, что немцы могут направить своего агента по неизвестным НКВД каналам прямо к руководителю несуществующей в природе организации, даже не подозревающему о возложенной на него роли, и раскрыть обман. Служил же он в тыловом подразделении, санитаром в похоронной команде в блокадном Ленинграде, и при всем желании не мог перейти к немцам. Вернулся же из армии в Москву Даниил Леонидович только осенью 1944 года, когда Демьянов-«Гейне» давно уже был в Белоруссии, куда и была перенесена операция «Монастырь», превратившаяся в «Березино». А когда Судоплатов и другие руководители советской разведки решили, что «Престол» никакой пользы больше не принесет, была дана санкция на арест Даниила Андреева и членов его кружка. Это произошло в апреле 1947 года. Решением Особого совещания Андреев и некоторые другие получили по 25 лет – высшую в ту пору меру наказания, поскольку смертная казнь была на короткое время отменена. Отбывать же срок Даниилу Андрееву пришлось не в лагере, а во Владимирской тюрьме, где содержали самых опасных государственных преступников. По иронии судьбы сюда позднее угодил и генерал Судоплатов, осужденный по сфальсифицированному делу о заговоре Берии.
Обвиненный в создании антисоветской группы, антисоветской агитации и террористических намерениях, Андреев получает по приговору Особого совещания при МГБ СССР 25 лет тюрьмы (высшая мера наказания в СССР на тот момент) по статьям 19-58-8, 58–10 ч. 2, 58–11 УК РСФСР. Вместе с ним приговариваются к заключению на срок от 10 до 25 лет в исправительно-трудовых лагерях 19 его родственников и близких друзей. Все, написанное Андреевым до ареста, уничтожается МГБ.
23 августа 1956 года Комиссией Президиума Верховного Совета СССР вынесено постановление: «Считать необоснованным осуждение по статьям УК 19-58-8, 58–11, снизить меру наказания до 10 лет тюремного наказания по статье 58–10, ч. 2». 24 августа состоялось первое после ареста свидание Андреева с женой во Владимирской тюрьме. 17 ноября определением Верховного Суда СССР постановление ОСО от 30 октября 1948 года отменено и дело Д.Л. Андреева направлено на доследование.
23 апреля 1957 года Андреев освобождается из-под стражи. 21 июня Пленум Верховного Суда СССР пересматривает дело Д.Л. Андреева и отменяет обвинения в его адрес. 11 июля 1957 года Андреев был реабилитирован.
Умер Даниил Андреев 30 марта 1959 года и был похоронен на Новодевичьем кладбище рядом с могилой матери.