Здоровье Юстина, которому в это время было за 70 лет, резко ухудшалось, и реальные бразды правления все более переходили в руки Юстиниана. 1 апреля 527 года Юстин официально провозгласил его соправителем, а ровно через пять месяцев Юстиниан и Феодора были торжественно коронованы в храме св. Софии Юстиниану в это время было 45 лет. Началось его долгое и теперь уже самостоятельное правление. Как характеризовал ситуацию X. Диль, «в то время, когда Юстиниан взял в свои руки управление Восточной империей, внутреннее состояние государства было чрезвычайно затруднительно и опасно. Повсюду были источники беспорядка и смут. В Константинополе партии ипподрома терзали столицу своим соперничеством, в провинциях гибельные приемы общественного управления вызывали чувство неуверенности в своей безопасности и глубокое обнищание. Возрастающая бедность лишала империю государственных средств, налоги поступали плохо, казна была пуста… Сверх этого религиозные споры увеличивали внутреннее разделение страны и еще более обостряли опасный кризис, переживаемый государством, требовались весьма серьезные реформы. Юстиниан смело взялся за это дело».
В период правления Юстина и в первые годы правления Юстиниана был принят ряд мер к смягчению остроты социальных противоречий. Была отменена надбавка к основной земельной подати — анонне, приняты меры по ограничению ростовщического процента, подтвержден закон, запрещавший должностным лицам приобретать имущества в управляемых ими провинциях, и ряд других. Развернулись строительно-восстановительные работы: дорог, мостов, акведуков, систем водоснабжения, портовых сооружений. Немалые средства были выделены на возрождение разрушенных землетрясениями городов. Был более жестко централизован и усилен контроль за эксплуатацией и извлечением доходов от государственных, императорских владений и имуществ.
Одним из важнейших аспектов правления Юстиниана стала религиозная политика государства. Рядом указов 527–529 годов всем инаковеруюшим было предложено перейти в православие. Вне закона были поставлены все еретические культы; им запрещалось иметь свои церковные организации, духовенство, совершать таинства крещения и брака, сохранять храмы. Уклонявшиеся ущемлялись в политических и имущественных правах, лишались права занимать государственные и отчасти муниципальные должности. Как писал Юстиниан, «справедливо, чтобы православные пользовались в обществе большими преимуществами, чем еретики».
Тогда же была закрыта Платоновская Академия в Афинах. Против самаритян, отказавшихся креститься, были двинуты войска. В результате трехлетней ожесточенной войны (529–532) более 20 000 из них были убиты, еще 20 000 продано в рабство за границу, а остальные приняли насильственное крещение.
Полагают, что в Самаритянской войне погибло около 100 000 римских подданных, а плодородная провинция превратилась в пустыню, покрытую пеплом и развалинами. Огромное влияние на политику Юстиниана оказало крупнейшее ранневизантийское восстание «Ника», произошедшее в 532 году в Константинополе.
Восстание началось с конфликта между партиями, жалоб прасинов на безучастное отношение императора к их интересам и на насилия венетов во время зрелищ. Юстиниан решил не вмешиваться в конфликт, который 11 января перерос в вооруженное столкновение между венетами и прасинами, в связи с чем было арестовано 7 человек, приговоренных позже к смертной казни. Нежелание императора помиловать двух осужденных, сорвавшихся с виселицы («спасенных богом»), привело к тому, что в своем негодовании обе партии объединились и покинули ипподром.
Город пришел в движение, и вечером 13 января началось вооруженное выступление. Восставшие разгромили преторий префекта города, воинов, охранявших его, перебили. Было сожжено много государственных учреждений, здание сената, восстание стало обретать более широкий социальный характер. «Погибли, — как писал Прокопий, — многие дома богатых людей и большие богатства».
14 января недовольный молчанием императора народ поджег часть ипподрома и потребовал сместить префекта города и видных чиновников, повинных в злоупотреблениях. Император был вынужден пойти на уступки, но они уже не могли остановить нарастающего недовольства. Выступление против бунтовщиков военного отряда лишь накалило недовольство, и народ ответил на него новыми поджогами. Войскам пришлось отступить. Встал вопрос о низложении Юстиниана.
15-17 января борьба в городе продолжалась. Пришлось вызывать подкрепление из близлежащих городов. Начались ожесточенные схватки с войсками, в ходе которых сгорели остатки центра города. Ожидая осады дворца напуганный и опасавшийся измены Юстиниан приказал части сенаторов покинуть дворец. Тем самым он дал восставшим новых кандидатов на императорский трон.
В воскресенье 18 января Юстиниан вышел на ипподром, держа в руках Евангелие, и при стечении «всего народа» принял на себя вину за происшедшие события, обещая амнистию всем участникам. Однако восставшие требовали избрания другого императора.