Остановившись в Варкинге, он разослал во все местности, уже изъявившие ему покорность, своих представителей для составления точной описи собственности, общественной и частной. Все англичане, сражавшиеся на стороне Гарольда, автоматически лишались своего имущества, а их обширные земельные владения распределялись между нормандскими баронами и рыцарями. Отстроив в Лондоне мощную крепость — Тауэр, Вильгельм в 1067 году продолжил завоевание страны.
Жители Эксетера закрыли перед ним ворота Нормандцы окружили город и осаждали его 18 дней. Затем были завоеваны берега Соммерсета и Глочестера. Убежищем недовольных стал север Англии. В 1068 году Вильгельм двинулся против них, взял Оксфорд, Варвик, Лейчестер, Дерби и Ноттингем. Нормандцы овладели Линкольном и подступили к Йорку. У этого города их встретило объединенное войско англосаксов и шотландцев. Превосходство в коннице и вооружении позволило Вильгельму одержать победу. Преследуя бегущих, нормандцы ворвались в Йорк и истребили здесь всех жителей, от младенца до старика.
В 1069 году из Ирландии приплыли с небольшим войском сыновья Гарольда Эдвин и Годвин. Они высадились у Соммерсета, и сейчас же все окрестное население восстало и присоединилось к ним. Этот мятеж был жестоко подавлен. Центр борьбы против завоевателей переместился в Честер. На помощь восставшим прибыли 240 кораблей из Дании. Датчане высадились в заливе Гумбера и, поддержанные англичанами, подступили к Йорку. После упорного штурма они ворвались в город и перебили несколько тысяч нормандцев. Молодого Эдгара вновь провозгласили королем.
Узнав об этом, Вильгельм послал огромные деньги вождю датчан Осбиорну и убедил его весной отплыть обратно в Данию. Клятвами и уступками он сумел удержать от мятежа жителей южной Англии и в начале 1070 года с отборными войсками быстро подошел к Йорку. После ожесточенного штурма он взял Йорк во второй раз и двинулся на север, опустошая все вокруг: множество людей погибло, остальные в страхе разбежались по лесам и горам. Вильгельм преследовал врагов вплоть до развалин большой римской стены а затем вернулся в Йорк.
Оставалось овладеть страной, прилегавшей к Честеру. После зимы, проведенной на севере, Вильгельм отправился в поход. Он прошел считавшуюся непроходимой для конницы горную цепь, протянувшуюся от юга на север через всю Англию, и вступил победителем в Честер. Здесь и в Стаффорде он велел строить крепости и щедро раздавал награды своим войскам.
Открытых выступлений против нормандцев больше не было, правда, вспыхивали восстания, но Вильгельм их подавлял. Тогда же у короля возникли распри со старшим сыном Робертом. Все началось с того, что молодой человек потребовал у отца Нормандию, но Вильгельм отказал. Последовала жестокая ссора, во время которой младшие сыновья приняли сторону отца. Роберт бежал в Руан и попытался захватить цитадель. Ему не повезло, и он едва избежал плена. После долгих скитаний он укрылся в замке Герберуа, ставшем прибежищем всех врагов Вильгельма. В конце концов, король вынужден был осадить его. Бароны постарались примирить сына с отцом. Однако согласие между ними было недолгим. Роберт вновь уехал из Англии, а Вильгельм проклял его и лишил наследства.
В 1083 году умерла королева Матильда, не раз смягчавшая душу Завоевателя своими советами. По свидетельству древних историков, после ее кончины Вильгельм ожесточился, и свой гнев он теперь направлял на тех, кто ковал для него победу. С этого времени возникает взаимное недоверие и тайная вражда между королем и его старыми друзьями.