Большое внимание уделялось деятельности государственного аппарата. Андроник предоставил видимость политической роли синклиту, который третировали первые Комнины; было повышено жалование наместникам провинций, запрещалась продажа должностей, усиливался контроль за сборщиками налогов. Тогда даже говорили, что податные чиновники разбегаются от одного имени Андроника. Значительные перемены были произведены и в высшей церковной иерархии. Непокорного патриарха Феодосия сместили и заменили видным дипломатом Василием Каматиром, находившимся в опале в последние годы правления Мануила I. Новый патриарх тут же приступил к чистке клира и в соответствии с программой Андроника стал демагогически заигрывать с народными массами. Вместе с тем, по-видимому, правительство Андроника провело конфискацию части церковного имущества.
Еще при жизни Алексея II, в декабре 1182 года, были отменены распоряжения Мануила I, запретившего перепродавать пожалованную императором землю лицам, не принадлежащим к знати или к числу стратиотов. Вслед за тем Андроник провел через синклит постановление, отменявшее так называемое береговое право — обычай, разрешавший прибрежным жителям грабить выброшенные бурей корабли. Таким образом он попытался сбросить путы, наложенные на византийскую торговлю Алексеем I и его преемниками. Но вместе с тем Андроник нанес смертельный удар византийской торговле, капитулировав перед Венецией, он обещал освободить арестованных при Мануиле купцов, возместить убытки, понесенные венецианцами в 1171 году. Венецианские фактории вскоре стали вновь возникать в различных городах империи.
После триумфального въезда в Константинополь Андроник перестал скрывать сущность своей политики и, по признанию современника, откровенно издевался над простодушием восторженно встречавших его столичных жителей. В целом же преобразования Андроника не затрагивали сложившейся системы эксплуатации, не меняли устоявшихся классовых отношений. Кровавые репрессии, направленные против столичной знати, были обусловлены в первую очередь стремлением узурпатора обеспечить себе безраздельную власть.
Но Андроник недолго удерживал власть. В 1185 году он оказался неспособным отразить нашествие сицилийских норманнов. В том же году отпал Кипр, где утвердился другой родственник Мануила — Исаак Комнин. Андроник терял популярность в народе, у него оставалось все меньше и меньше сторонников.
В то время как он продолжал защищать себя против действительных и мнимых врагов жестокими казнями и заточениями, его приверженцы посоветовали ему попытаться открыть тайных врагов посредством магии, при помощи лиц, искусных в отгадывании будущего. Злой гений царя Стефан Агиохристофорит донес Андронику, что от 11 до 14 сентября самым опасным оказывается имя, начинающееся на «Ис». Андроник только посмеялся над оракулом, ибо подумал о «кипрском» Исааке. Но Агиохристофорит имел в виду Исаака Ангела.
Вечером 11 сентября Андроник повелел захватить этого Исаака и заключить под стражу. Но Исаак, оборояясь, нанес смертельный удар Агиохристофориту и в поисках защиты скрылся в храме св. Софии. К счастью для него, в городе не было царя и у ворот храма вскоре собралась большая толпа сочувствующих ему людей. К утру следующего дня стали высказываться пожелания, чтобы Исаак возложил на себя корону.
В городе начались беспорядки, были открыты темницы и выпущены из них заключенные.
Вооруженная толпа окружила храм св. Софии и потребовала провозглашения Исаака царем. Патриарх Василий Каматир совершил коронацию и сопровождал нового царя по улицам города в торжественной процессии. Поэтому, когда 12 сентября 1185 года Исаак Ангел призвал народ к восстанию, константинопольский плебс немедленно откликнулся на этот призыв. Андроник, видя из окон своего дворца наступающие отряды вооруженных людей, пытался бежать. Он сбросил знаки императорского достоинства и тайно укрылся на галере. Разыгравшийся шторм помешал галере выйти в море, тирана схватили и в цепях привели во дворец, где привязали к столбу. Андроника вывели на площадь, отрубили ему правую руку и бросили в темницу. Любой другой умер бы от таких мучений, но могучий организм Андроника перенес и это. Через несколько дней, в течение которых его не кормили и не поили, его вновь вытащили на солнце и выкололи глаза. Затем на верблюде провезли по улицам Константинополя. Наконец страшная процессия достигла ипподрома. Императора повесили вниз головой на перекладине, укрепленной между двумя колоннами. Говорят, что Андроник повторял разбитыми губами «За что вы так яритесь на сломанный тростник?»
Прибежали и франки, которые не забыли погром в их квартале, устроенный по наущению Андроника. Они начали пробовать остроту своих мечей на теле Андроника и спорили, чей удар сильнее. Эти удары и прекратили его страдания.
В те дни, когда изуродованный труп Андроника валялся на ипподроме, в столице отыскивали и предавали мучительной смерти всех, кто был ему верен. Были арестованы и сыновья императора. Сдержанному и умному Мануилу выкололи глаза, отчего он скончался.