После смерти Тоглук-Тимура изгнанный из Мавераннахра Ильяс-ходжа не захотел примириться со своим положением и в 1365 году с большим войском выступил в поход на Мавераннахр Хусейн и Тимур подготовились к сражению Битва, вошедшая в историю под названием «Джанг-и-лой» («Битва в болотистой местности»), состоялась между нынешним Чиназом и Ташкентом. Во время сражения начался ливень, образовалась липкая скользкая грязь, всадники теряли устойчивость и падали. Из-за несогласованности действий Тимур и Хусейн потерпели неудачу. В самый разгар сражения, когда войско Тимура добилось серьезного успеха, Хусейн не поддержал его, и это решило исход битвы. Оба эмира покинули поле боя и с остатками войска отступили сначала в сторону Самарканда, а потом на юг, к Амударье, переправившись через которую, укрылись в Балхской области.
Теперь дорога на Самарканд, оставленный без гарнизона и военачальников, была для Ильяс-ходжи открыта. Таким образом, население было брошено на произвол судьбы. К счастью для жителей, в городе в это время находилась значительная группа сарбадаров, выступавшая против эксплуаторской власти Моголистана.
Когда весть о приближении Ильяс-ходжи дошла до жителей Самарканда, Маулан-задэ, учащийся самаркандского медресе, обратился к народу с пламенной речью, призвав защищать город до конца.
Войско Ильяс-ходжи попало в умело расставленную ловушку. Захватчикам пришлось поспешно уйти, потеряв, по одним данным, 1000, а по другим, 2000 человек и огромное количество лошадей.
Весть о победе сарбадаров над Ильяс-ходжой дошла до эмиров — Хусейна и Тимура. Зиму Тимур проводил в Карши, а Хусейн — на берегу Амударьи. Весной они встретились и вместе двинулись к Самарканд. Остановились они у самого города, в местности Кан-и-Гиль. Оба эмира дали знать сарбадарам, что одобряют их действия и хотели бы с ними встретиться. Сарбадары поверили «добрым» намерениям эмиров, на приеме у которых им действительно было оказано много знаков внимания. Однако, когда на следующий день они вновь появились в ставке Хусейна и Тимура, их вероломно схватили, связали и казнили всех, за исключением Маулана-задэ, которого своим заступничеством перед Хусейном спас Тимур.
Покончив с сарбадарами и их вождями, Хусейн и Тимур весной 1366 года вновь подчинили себе Самарканд.
Между тем отношения между Тимуром и Хусейном изо дня вдень ухудшались. Оба эмира втягивали в свои распри других мавераннахрских владетелей. Однако феодальная анархия в стране не могла продолжаться бесконечно. Объединения хотели купцы, ремесленники, мусульманское духовенство и земледельцы.
Тимур лучше, чем Хусейн, понимал требования времени и группировал вокруг себя духовенство и городское население, сочувственно относившееся к его политической линии.
В конце 60-х годов Хусейн стал укреплять принадлежавший ему Балх, перестроил в нем цитадель Хиндуван и восстановил городские стены. Туда он перевез все свое имущество и много оружия. Прекрасно понимая, на что направлены приготовления Хусейна, Тимур решил опередить его.
В 1370 году, собрав хорошо вооруженное войско, он осадил Балх и ценой больших потерь овладел городом. По его приказу была разрушена цитадель и город отдан на разграбление воинам. В цитадели Тимур захватил казну. Хусейн принял смерть от руки союзника Тимура, правителя Хутталяна Кейхосрау. По словам летописцев, еще в самом начале похода на Балх Сейид Береке, родом из Мекки, предсказал Тимуру великое будущее и вручил ему символы власти — барабан и знамя.
Взятие Балха и смерть Хусейна явились решающими событиями в жизни Тимура. На курултае начальников войска (командиров туменов и тысячников) Тимур был провозглашен единым государем. Он называл себя эмиром курагани, так как женился на вдове Чингизида эмира Хусейна. Чувствуя пиетет к величию империи Чингиза, он назначил подставным ханом Чингизида Суюр-гатмыша. Влияние и авторитет Тимура были безграничны. Термезские шейхи, братья Абулмаали и Али-Акбар, носившие титул худованд-задэ (владыка) первыми поняли это. Их свидание с Тимуром в Балхе положило начало прочной связи с духовенством, которая не нарушалась в течение всего правления Тимура.
Из Балха Тимур направился в свой родной город Кеш (Шахрисабз), где занялся устройством внутренних дел государства Давуда, одного из своих сподвижников, он назначил эмиром дивана, то есть везиром. Сохранив прежнее административное деление Мавераннахра на трумены, сделанное Кебек-ханом, Тимур назначил на должности начальников туменов и тысячников новых лиц.
В 1370 году Тимур переехал в Самарканд, где приступил к вооружению городских стен, цитадели и дворца. Ему необходима была хорошо укрепленная столица — надежный оплот против оппозиционных владетелей, со стороны которых он мог ожидать вооруженного выступления против себя.